基于TCGA数据库肺鳞癌与甲基化相关基因的筛选及SOX15基因启动子甲基化研究

发布时间：2022-04-27 21:54

　　目的:利用生物信息学方法,研究TCGA数据库中肺鳞癌RNA测序数据及DNA甲基化数据,筛选肺鳞癌中与甲基化相关的基因。方法:1.使用R语言RTCGA工具包从TCGA数据库下载376例肺鳞癌患者的RNA测序（RNAseq）数据和DNA甲基化数据以及相应临床信息,分别用DESeq2软件包以及minfi软件包处理,选取差异表达基因（|log FC|>2.0,P<0.001）以及差异甲基化位点（|Δβ|>0.2,P<0.001）;2.利用m RNA表达数据与DNA甲基化数据之间的相关性分析（r>0.6）筛选出候选基因;3.通过GO、KEGG分析目的基因所参与的通路,结合文献筛选出最后的目的基因。结果:1.TCGA数据库中筛选出2581个差异表达基因和28,793个差异甲基化位点;2.共筛选出6个候选基因（SOX15、PRAME、KIF15、KCTD1、SLC6A8、OTX1）;3.GO、KEGG分析显示SOX15基因参与代谢、多细胞生物发育、免疫系统等过程,参与P53通路、PI3激酶通路、Ras通路、VEGF信号通路、TGF-β信号通路、FGF信号通路等。结论:通... 

【文章页数】：92 页

【学位级别】：硕士

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摘要
ABSTRACT
第一章：基于TCGA数据库中肺鳞癌RNA测序数据和DNA甲基化数据分析
    1.前言
    2.材料和方法
    3.结果
    4.讨论
    参考文献
第二章：qRT-PCR实验验证目的基因的表达
    1.前言
    2.实验材料、试剂及仪器
    3.实验方法
    4.实验结果
    5.讨论
    参考文献
第三章：肺鳞癌中SOX15 启动子区域甲基化水平及临床意义
    1.前言
    2.材料和方法
    3.结果
    4.讨论
    参考文献
全文总结
综述
    参考文献
附录1
附录2
致谢



本文编号：3649223