基于基因组和转录组数据的胡椒内参基因鉴定

发布时间：2022-10-04 14:17

　　为系统筛选适合胡椒基因表达模式分析的内参基因,本研究基于胡椒全基因组和转录组数据,初步筛选出62个候选基因。以胡椒主根、芽尖、叶片、花穗、不同发育时期果实以及接种辣椒疫霉菌的主蔓为材料,利用geNorm、NormFinder和BestKeeper软件系统分析候选基因在不同组织中的表达稳定性,结合目标基因的表达模式验证,鉴定稳定表达最优的内参基因为Myeloid leukemia factor 1 （Pn17.1212）。结果表明:该基因是分析胡椒果实发育、辣椒疫霉菌响应相关基因表达模式的理想内参。内参基因的选择不应仅限于持家基因,全基因组和转录组信息可提供更加全面的参考基因数据,内参基因的准确鉴定需综合转录组信息、基因表达稳定性、标记基因的表达模式验证等数据分析的结果,获得的理想内参基因可满足不同研究对表达稳定性的要求。 

【文章页数】：10 页

【文章目录】：
1 材料与方法
    1.1 材料
    1.2 方法
        1.2.1 RNA提取和c DNA合成
        1.2.2 引物设计和扩增
        1.2.3候选内参基因的表达稳定性分析
2 结果与分析
    2.1 候选内参基因的引物设计与特异性鉴定
    2.2 候选内参基因的表达稳定性分析
        2.2.1 候选内参基因的表达稳定性ge Norm分析
        2.2.2 候选内参基因的表达稳定性Norm Finder分析
        2.2.3 候选内参基因表达稳定性Best Keeper分析
    2.3 候选内参基因的鉴定与验证
3 讨论


【参考文献】：
期刊论文
[1]铝胁迫下橡胶苗实时荧光定量PCR内参基因的筛选[J]. 马小伟,安锋,刘子凡,谢贵水.  热带作物学报. 2020(05)
[2]胡椒实时荧光定量PCR内参基因的筛选[J]. 胡丽松,范睿,伍宝朵,吴刚,谭乐和,郝朝运.  热带作物学报. 2017(10)
[3]中国胡椒研究综述[J]. 邬华松,杨建峰,林丽云.  中国农业科学. 2009(07)
[4]表达谱基因芯片的可靠性验证分析[J]. 罗瑶,许宏,李瑶,韩志勇,裘敏燕,陈沁,刘三震,倪胜,谢毅,毛裕民.  遗传学报. 2003(07)



本文编号：3685184