直系同源基因的多算法协同在茶树NF-Y基因家族的应用研究
发布时间：2022-11-12 11:48
生物信息学是通过充分利用计算机结合生物学、信息学、数学、统计学等工具,对大量生物数据进行有效分析,最终获取有价值有意义的生物信息的研究领域。基于直系同源基因和多算法协同对物种的基因家族的研究一直是生物信息学的重点和热点,而根据转录组数据进行基因家族生物功能的预测同样是极其有效的分析手段。NF-Y基因是植物中的一种转录因子,在植物的生长过程和抗逆境过程中都扮演着重要的角色,而该基因在茶树中的存在形式以及拥有的生物功能并未被充分研究。基于此研究背景,本研究基于茶树的全基因组以及NF-Y直系同源基因运用多种算法的结合对茶树的NF-Y基因家族进行了多层次的研究分析,并对其生物学功能进行了有效的预测。本研究中,对茶树的基因组、全组织和多环境的转录组结合多种算法进行了 NF-Y基因家族的挖掘和鉴定,对茶树NF-Y基因家族结合多种算法的结合对其理化性质以及基因结构进行了多层次的分析。同时对茶树NF-Y基因家族的物种进化和分化时间进行了有效的分析,并根据直系同源基因所构建的进化树对茶树NF-Y基因的生物功能进行了可靠的预测。最后根据茶树多种状态下的转录组数据运用多算法协同进行了转录组数据分析,根据分析...
【文章页数】：54 页
【学位级别】：硕士
【文章目录】：
致谢
摘要
ABSTRACT
英文缩略词表(ABBREVIATION)
第一章 绪论
1.1 生物信息学基本知识
1.1.1 生物信息学的发展背景与简介
1.1.2 生物信息学研究的主要内容
1.2 直系同源基因简介
1.2.1 直系同源基因的定义
1.2.2 直系同源基因的研究意义
1.3 茶树全基因组和NF-Y基因家族简介
1.3.1 茶树研究现状
1.3.2 茶树全基因组简介
1.3.3 NF-Y基因家族简介
1.4 多算法协同应用现状
1.5 本文主要内容
第二章 多算法协同对茶树NF-Y基因家族的多组学分析
2.1 引言
2.2 材料与方法
2.2.1 数据的来源
2.2.2 实验算法介绍
2.2.3 实验方法
2.3 结果与分析
2.3.1 茶树NF-Y基因家族的候选基因
2.3.2 茶树NF-Y基因家族的保守区域和基序
2.3.3 茶树CsNF-Y基因结构的描述
2.3.4 茶树NF-Y基因家族结构特征和理化性质
2.3.5 茶树NF-Y基因蛋白质三维结构
2.3.6 茶树NF-Y基因家族的GO和KEGG富集分析
2.3.7 茶树NF-Y基因家族选择压力分析
2.3.8 直系同源NF-Y基因家族进化树
第三章 茶树NF-Y基因家族成员的差异表达分析
3.1 引言
3.2 材料与方法
3.2.1 数据来源
3.2.2 实验方法
3.3 结果与分析
3.3.1 茶树NF-Y基因家族顺式元件
3.3.2 茶树多环境差异表达基因分析
第四章 讨论
4.1 茶树NF-Y基因家族的挖掘与鉴定
4.2 茶树NF-Y基因家族理化性质及结构分析
4.3 茶树NF-Y基因家族GO和KEGG富集分析
4.4 茶树NF-Y基因家族分化时间及进化树分析
4.5 茶树NF-Y基因家族转录组分析及其功能预测
第五章 结论
参考文献
作者简介
【参考文献】：
期刊论文
[1]计算机算法在生物信息学中的应用综述[J]. 刘奇付,李静静. 软件导刊. 2017(09)
[2]植物中NF-Y转录因子的结构和功能研究进展[J]. 丁慧霞,刘凤,张利娟,余义勋,魏倩. 分子植物育种. 2017(05)
[3]利用生物信息学技术构建分析甜菜M14品系盐胁迫下参考转录组数据库[J]. 吕笑言,金英. 黑龙江大学自然科学学报. 2017(02)
[4]大豆NF-YB家族全基因组鉴定、分类和表达[J]. 郑炜君,徐兆师,冯志娟,李连城,陈明,柴守诚,马有志. 作物学报. 2012(09)
[5]高通量测序技术及其应用[J]. 王兴春,杨致荣,王敏,李玮,李生才. 中国生物工程杂志. 2012(01)
[6]基于HMM-FNN模型的复杂动态手势识别[J]. 王西颖,戴国忠,张习文,张凤军. 软件学报. 2008(09)
[7]基于段长分布的HMM语音识别模型[J]. 王作英,肖熙. 电子学报. 2004(01)
硕士论文
[1]基于轮廓特征的HMM手写数字识别[D]. 肖明.新疆大学 2010
本文编号：3706310
【文章页数】：54 页
【学位级别】：硕士
【文章目录】：
致谢
摘要
ABSTRACT
英文缩略词表(ABBREVIATION)
第一章 绪论
1.1 生物信息学基本知识
1.1.1 生物信息学的发展背景与简介
1.1.2 生物信息学研究的主要内容
1.2 直系同源基因简介
1.2.1 直系同源基因的定义
1.2.2 直系同源基因的研究意义
1.3 茶树全基因组和NF-Y基因家族简介
1.3.1 茶树研究现状
1.3.2 茶树全基因组简介
1.3.3 NF-Y基因家族简介
1.4 多算法协同应用现状
1.5 本文主要内容
第二章 多算法协同对茶树NF-Y基因家族的多组学分析
2.1 引言
2.2 材料与方法
2.2.1 数据的来源
2.2.2 实验算法介绍
2.2.3 实验方法
2.3 结果与分析
2.3.1 茶树NF-Y基因家族的候选基因
2.3.2 茶树NF-Y基因家族的保守区域和基序
2.3.3 茶树CsNF-Y基因结构的描述
2.3.4 茶树NF-Y基因家族结构特征和理化性质
2.3.5 茶树NF-Y基因蛋白质三维结构
2.3.6 茶树NF-Y基因家族的GO和KEGG富集分析
2.3.7 茶树NF-Y基因家族选择压力分析
2.3.8 直系同源NF-Y基因家族进化树
第三章 茶树NF-Y基因家族成员的差异表达分析
3.1 引言
3.2 材料与方法
3.2.1 数据来源
3.2.2 实验方法
3.3 结果与分析
3.3.1 茶树NF-Y基因家族顺式元件
3.3.2 茶树多环境差异表达基因分析
第四章 讨论
4.1 茶树NF-Y基因家族的挖掘与鉴定
4.2 茶树NF-Y基因家族理化性质及结构分析
4.3 茶树NF-Y基因家族GO和KEGG富集分析
4.4 茶树NF-Y基因家族分化时间及进化树分析
4.5 茶树NF-Y基因家族转录组分析及其功能预测
第五章 结论
参考文献
作者简介
【参考文献】：
期刊论文
[1]计算机算法在生物信息学中的应用综述[J]. 刘奇付,李静静. 软件导刊. 2017(09)
[2]植物中NF-Y转录因子的结构和功能研究进展[J]. 丁慧霞,刘凤,张利娟,余义勋,魏倩. 分子植物育种. 2017(05)
[3]利用生物信息学技术构建分析甜菜M14品系盐胁迫下参考转录组数据库[J]. 吕笑言,金英. 黑龙江大学自然科学学报. 2017(02)
[4]大豆NF-YB家族全基因组鉴定、分类和表达[J]. 郑炜君,徐兆师,冯志娟,李连城,陈明,柴守诚,马有志. 作物学报. 2012(09)
[5]高通量测序技术及其应用[J]. 王兴春,杨致荣,王敏,李玮,李生才. 中国生物工程杂志. 2012(01)
[6]基于HMM-FNN模型的复杂动态手势识别[J]. 王西颖,戴国忠,张习文,张凤军. 软件学报. 2008(09)
[7]基于段长分布的HMM语音识别模型[J]. 王作英,肖熙. 电子学报. 2004(01)
硕士论文
[1]基于轮廓特征的HMM手写数字识别[D]. 肖明.新疆大学 2010
本文编号：3706310
本文链接：https://www.wllwen.com/kejilunwen/jiyingongcheng/3706310.html
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