shRNA敲减ECEL1基因对肝癌细胞基因表达谱的影响

发布时间：2023-04-12 02:55

　　目的研究ECEL1基因敲减对肝癌细胞基因表达谱的影响。方法1.人肝癌细胞(BEL-7404)分为2组,实验组(KD组):人肝癌细胞(BEL-7404)+ECEL1基因sh RNA慢病毒感染;对照组(NC组):人肝癌细胞(BEL-7404)+阴性对照病毒感染。2.Trizol法提取中的总RNA,纯化m RNA,2组m RNA分别逆转录合成荧光标记的c DNA混合物探针。3.荧光标记的c DNA混合物探针,与Gene Chip 3’IVT Express Kit(Affymetrix)杂交,经严格洗片后,扫描仪扫描芯片荧光信号图像,计算机软件数据处理,将所得的数据进行比较,得到两者间基因表达的差异信息。4.差异基因的筛选标准为:|Fold Change|>1.5且FDR<0.05,P<0.05,进一步的显著性差异基因筛选标准为:|Fold Change|≥2且FDR<0.05,P<0.05,并基于IPA进行经典信号通路分析、上游调控分析、疾病和功能分析及调控效应分析,明确相互作用网络的变化。结果1.按|Fold Change|>1.5且FDR<0....

【文章页数】：78 页

【学位级别】：硕士

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摘要
Abstract
英文缩略词表
第1章 前言
第2章 材料与方法
    2.1 实验材料
        2.1.1 细胞株
        2.1.2 主要试剂
        2.1.3 主要仪器
    2.2 实验方法
        2.2.1 人肝癌细胞的准备(BEL-7404)
        2.2.2 慢病毒感染人肝癌细胞(BEL-7404)
        2.2.3 芯片数据获取
        2.2.4 芯片数据分析
    2.3 统计学方法
第3章 实验结果
    3.1 慢病毒感染人肝癌细胞转染效率
    3.2 RNA质检结果
    3.3 芯片数据的质量评估
        3.3.1 信号强度分布统计
        3.3.2 相对对数信号强度统计
        3.3.3 样本相关性分析
        3.3.4 主成分分析
    3.4 数据过滤
    3.5 显著性差异分析
        3.5.1 散点图
        3.5.2 火山图
        3.5.3 层次聚类分析
        3.5.4 差异基因
    3.6 显著性差异基因的生物信息分析
        3.6.1 基于IPA的经典通路分析
        3.6.2 基于IPA的上游调控分析
        3.6.3 基于IPA的疾病和功能分析
        3.6.4 基于IPA的调控效应分析
        3.6.5 基于IPA的相互作用网络分析
第4章 讨论
第5章 结论
参考文献
文献综述
    References
附录
研究生期间撰写论文情况
致谢



本文编号：3790283