小麦栽培种与野生种的转录组组装及差异基因分析

发布时间：2023-04-28 19:48

　　普通六倍体小麦(Triticum aestivum L.)是全世界的主要粮食作物之一,硬粒小麦(Triticum durum)也是西方国家制作通心粉的原材料,国内外对小麦属的进化和驯化研究一直高度重视。小麦属(Triticum)中的一粒、二粒和普通小麦都有野生种和栽培种(或原始栽培种),是研究植物驯化和多倍化难得的材料。小麦属的驯化对人类历史的发展具有重要的意义,研究小麦属驯化过程中的关键基因,可以使人们深入了解小麦的驯化。本研究对小麦属的乌拉尔图小麦(Triticum urartu)、栽培一粒小麦(Triticum mon ococcum)、野生二粒小麦(Triticum dicoccoides)、硬粒小麦、斯卑尔脱小麦(Triticum spelta)和中国春6个物种进行转录组测序,通过SNP位点和表达量方面的差异探索小麦的驯化,结果如下:(1)以乌拉尔图小麦为例,评估Trinity无参组装质量。利用blastn软件对Trinity无参组装和参考CDS序列进行比对。对blastn比对的结果统计发现:无参组装的结果中,绝大多数参考CDS序列可以在结果中找到相似的序列,但Trinity...

【文章页数】：62 页

【学位级别】：硕士

【文章目录】：
符号说明
中文摘要
Abstract
1 引言
    1.1 小麦属概述
        1.1.1 小麦属分类
        1.1.2 小麦属的进化
    1.2 作物的驯化
        1.2.1 驯化的研究现状
        1.2.2 小麦属的驯化
        1.2.3 多倍化与作物驯化
    1.3 小麦属转录组测序
        1.3.1 测序技术
        1.3.2 转录组测序组装技术
        1.3.3 小麦属参考基因组
    1.4 研究目的及意义
2 材料和方法
    2.1 实验材料
    2.2 RNA提取和质量检测
    2.3 文库构建及库检和上机测序
    2.4 测序数据过滤和组装
    2.5 栽培种和野生种差异检测
    2.6 基因功能注释
3 结果与分析
    3.1 测序与组装
        3.1.1 测序质量
        3.1.2 参考基因组质量
        3.1.3 无参组装结果评估
        3.1.4 有参组装过程和结果
    3.2 差异基因分析
        3.2.1 SNP位点深度
        3.2.2 SNP位点碱基突变方向
        3.2.3 SNP位点在各个染色体上的分布
        3.2.4 SNP位点基因功能注释
        3.2.5 表达量差异基因分析
4 讨论
    4.1 转录组组装
    4.2 差异基因分析
5 结论
参考文献
附录
致谢



本文编号：3804360