基于转录组数据分析猪獾和狗獾嗅觉基因家族的适应性进化

发布时间：2023-08-06 18:38

　　嗅觉(Olfactory)是动物最重要的感觉能力之一,对动物的生存至关重要。动物可以通过嗅觉能力直接感知外界环境变化,与其生存环境取得直接联系。动物依靠嗅觉进行寻找捕获食物、选择配偶、识别个体或群体、识别有毒物质、躲避天敌、标记领土等重要行为活动。自嗅觉受体(Olfactory receptor,OR)基因家族被发现后,便开启了对嗅觉基因家族研究的大门。目前,对嗅觉受体基因的研究主要涉及到嗅觉受体基因结构、分类、表达部位、差异性表达、表达调控、进化历程、假基因生物学作用、功能基因与假基因之间的关系和感官器官间补偿机制等众多研究领域。猪獾、狗獾同属于鼬科动物,两者栖息地类型相似,杂食,属于夜行性动物,在我国分布十分广泛,是重要的经济动物。对两者的研究主要涉及到保护、养殖技术、食性、栖息地类型、疾病、獾油利用价值等研究领域,其分子方面的研究较少,主要涉及到了免疫分子、MHC基因和苦味受体等研究领域,但未曾见到关于两者嗅觉的研究。通过探讨嗅觉适应性进化,了解OR基因与生态环境之间的关系,可以提高猪獾、狗獾野生资源的合理可持续利用,提高两者经济价值。因此,根据物种生态特征,本研究选取了猪獾、狗...

【文章页数】：65 页

【学位级别】：硕士

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摘要
Abstract
第一章 绪论
    1.1 猪獾和狗獾研究现状
        1.1.1 生态特征方面的研究
        1.1.2 分子方面的研究
        1.1.3 经济价值方面的研究
    1.2 嗅觉受体基因文献综述
        1.2.1 嗅觉受体的发现及其结构
        1.2.2 OR基因分类及其表达部位
        1.2.3 OR基因进化
    1.3 转录组与测序技术的发展
        1.3.1 转录组概念
        1.3.2 测序技术的发展
        1.3.3 转录组测序技术的应用
    1.4 研究意义
第二章 材料与方法
    2.1 材料和试剂
        2.1.1 研究对象
        2.1.2 实验试剂
        2.1.3 实验仪器设备
    2.2 实验方法
        2.2.1 总RNA的提取与检测
        2.2.2 文库的构建与上机测序
        2.2.3 测序数据处理
        2.2.4 劳亚兽总目物种的嗅觉受体功能基因筛选步骤
        2.2.5 猪獾狗獾嗅觉受体功能基因筛选步骤
        2.2.6 OR基因碱基组成分析
        2.2.7 OR基因亚型划分
        2.2.8 OR基因系统发育分析
        2.2.9 OR基因统计分析
        2.2.10 OR基因潜能预测
第三章 结果
    3.1 测序数据质量评估
    3.2 测序数据过滤
    3.3 转录本拼接
    3.4 嗅觉基因总览
    3.5 嗅觉基因家族碱基组成
    3.6 嗅觉基因家族亚型划分
    3.7 OR基因系统发育分析
    3.8 OR基因相关性分析
    3.9 嗅觉基因的PIC分析
    3.10 猪獾狗獾OR基因气味识别潜能
第四章 讨论
    4.1 OR功能基因数目特征
    4.2 OR功能基因分类
    4.3 OR功能基因统计分析
    4.4 嗅觉潜能预测
第五章 结论与展望
    5.1 结论
    5.2 展望
参考文献
致谢
附录



本文编号：3839841