结直肠癌肝转移差异表达基因的生信分析

发布时间：2023-08-17 19:39

　　背景:结直肠癌(CRC)是全世界常见的恶性肿瘤,肝转移是这种癌症的主要致死原因之一。目前,CRC肝转移的差异表达基因(DEGs)还不清楚,其分子机制还有待阐明。目的:通过对CRC肝转移灶对比原发灶的差异表达基因(DEGs)进行生物信息学分析,初步探索DEGs在CRC肝转移中的作用。方法:选择GEO数据库中的GSE41258数据集,通过GEO2R平台筛选CRC肝转移病灶相对于原发病灶的DEGs。借助FunRich软件对DEGs进行GO分析和KEGG分析,利用STRING网站构建PPI网络,并用Cytoscape软件对网络进行可视化,筛选Hub基因。此外,我们还通过GSEA软件对两组病灶中所有基因进行功能集富集分析(GSEA)。最后,利用基因表达谱数据动态分析(GEPIA)网站分析Hub基因对CRC预后的影响。结果:CRC肝转移灶相对于原发病灶共有263个DEGs。GO分析结果:DEGs富集到的Top 6细胞学组件(CC):细胞外空间、乳糜微粒、极低密度脂蛋白颗粒、外泌体、细胞外基质、血小板α颗粒;富集到的Top 6分子功能(MF):蛋白酶抑制剂活性、补体活性、转运蛋白活性、细胞外基质的结...

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前言
材料和方法
结果
讨论
结论
参考文献
附录
综述 结直肠癌转移的相关机制及研究进展
    参考文献
致谢
个人简历



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