全基因组外显子测序搜寻一例家族性进行性色素沉着和色素减退家系的致病基因

发布时间：2017-05-21 20:24

  本文关键词：全基因组外显子测序搜寻一例家族性进行性色素沉着和色素减退家系的致病基因，由笔耕文化传播整理发布。

【摘要】：研究背景家族性进行性色素沉着和色素减退症(familial progressive hyperpigmentation and hypopigmentation,FPHH)是一种外显率降低的常染色体显性遗传性色素异常性皮肤病,于1971年chernosky等人首次报道发现。临床特征为弥漫性不同程度的色素沉着、咖啡斑、较大桉树叶状色素减退斑,通常累及面、颈、躯干和四肢。患者出生时或出生几月后发病,皮损大小及数量随年龄增长而逐渐增加。有报道部分家系中患者存在智力缺陷和生长发育障碍。2011年Amyere等首次提出FPHH这个概念,并对7例伴雀斑样痣的FPHH家系(5例德国家系、1例美国家系和1例丹麦家系)进行全基因组参数与非参数多点连锁分析和单倍型分析,将其致病基因定位于染色体12q21.12-q22区域;其中4例家系中检测到KITLG基因3种突变c.107AG(p.Asn36Ser)、c.98TC(p.Val33Ala)、c.100AC(p.Thr34Pro)。目的(1)对1例常染色体显性遗传的汉族家族性进行性色素沉着和色素减退进行临床研究,探讨FPHH的临床特点。(2)进行KITLG基因突变检测,探讨是否由该基因引起该家系发病。(3)应用中华芯片进行连锁分析,确定致病基因的染色体定位。(4)选择该家系中1个患者和2个正常个体进行全基因组外显子测序,以搜寻该家系的致病基因,从而进一步阐明该家系发病分子遗传学机制。方法(1)对该家系中的所有患者进行遗传流行病学调查和体格检查。(2)采集家系中的14个样本(8例患者,6例正常对照)和200例家系外无血缘关系的正常个体对照外周抗凝血样本,采用Qiagen试剂盒提取所有样本的基因组DNA;(3)应用Primer Premier 5.0软件对已报道的FPHH致病基因KITLG基因的全部外显子及其俩侧的侧翼序列区域进行引物设计,应用降落式PCR扩增目的片段后,应用ABI3730XL测序仪将所扩增目的片段进行sanger直接测序验证有无致病突变。(4)使用Illumina中华芯片对获得DNA样本的家系中14名成员进行基因分型,获得的数据进行家系连锁定位分析,获得一段连锁区域。(5)Hi Seq2500高通量测序仪对该家系2例正常对照(III:11,III:18)和1例患者(II:I0)进行全基因外显子测序,获得数据经过过滤、比对后,结果与连锁定位区域进行比对,选择处连锁定位区域内的变异位点进行Sanger测序验证。(6)如果未在连锁定位区域内找到变异位点或未在外显子组区域验证出基因型-表型共分离位点,应将搜索范围扩大到整个外显子组,通过功能预测软件如SIFT、Poly Phen选择可能有害变异位点,应用Sanger测序验证。结果(1)常染色体显性FPHH的临床特征出生时或出生几月后发病,皮损表现为弥漫性不同程度的色素沉着、咖啡斑、较大桉树叶状色素减退斑,通常累及面、颈、躯干和四肢,且皮损大小及数量随年龄增长而逐渐增加。(2)Sanger测序结果显示KITLG基因的所有外显子和侧翼序列未发现致病性突变。(3)Illumina中华芯片连锁分析未发现与该家系相连锁的染色体区域;(4)家系中的2例正常对照(III:11,III:18)和1例病例(II:I0)进行全基因组外显子测序,所获得的全部数据在db SNP,Hapmap8等数据以及病例对照之间进行筛查,最终得到186个SNP位点和31个Indels变异。使用SIFT、Polyphen软件进行预测,获得22个可能有害的变异位点,Sanger测序未发现致病性突变。结论:(1)在该FPHH家系中未有检测到KITLG基因致病性突变,提示FPHH存在遗传异质性。(2)应用Ilumina中华bread8芯片定位该FPHH家系连锁区域,并未得到有意义的连锁信号,推测该芯片适合大规模散发病例的连锁定位研究,不适合单基因小家系的研究。(3)应用全基因组外显子测序和Sanger测序未有发现该家系的致病基因,需要采用新的研究策略进行搜寻该家系的致病基因。
【关键词】：常染色体显性色素异常性疾病 家族性进行色素沉着和色素减退突变 KITLG 基因
【学位授予单位】：安徽医科大学
【学位级别】：硕士
【学位授予年份】：2016
【分类号】：R758.4
【目录】：

• 中英文缩略对照表6-7
• 中文摘要7-9
• Abstract9-11
• 1.引言11-15
• 2.实验研究材料15-21
• 2.1 研究对象15-17
• 2.2 实验试剂17-19
• 2.3 实验仪器19-21
• 3.实验研究分析软件和电子数据库21-22
• 4.实验方法和步骤22-42
• 4.1 基因组DNA的提取22-23
• 4.2 KITLG基因引物设计、稀释和保存23-25
• 4.3 PCR反应25-28
• 4.4 PCR片段测序28-29
• 4.5 测序结果分析29-30
• 4.6 Illumina HumanOmniZhongHua-8 BeadChip芯片的连锁定位分析30-32
• 4.7 全基因组外显子测序32-41
• 4.8 全基因外显子筛查数据进行靶基因Sanger测序验证41-42
• 5.实验结果42-52
• 5.1 1 例常染色体显性的家族性进行性色素沉着和色素减退症（FPHH）的临床体征42-46
• 5.2 KITLG基因突变检测结果46-47
• 5.3 中华芯片芯片分型定位结果47-49
• 5.4 全基因外显子数据49-52
• 6. 讨论52-56
• 7.结论56-57
• 8.参考文献57-61
• 附录61-63
• 致谢63-64
• 课题综述 遗传性色素性皮肤病的研究进展64-73
• 参考文献71-73

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2 周元珂;基于人类基因连接组的视网膜色素变异致病基因预测[D];青岛大学;2015年

3 曾磊;全基因组外显子测序搜寻一例家族性进行性色素沉着和色素减退家系的致病基因[D];安徽医科大学;2016年

4 刘笑逸;基于异构网络模型的致病基因预测算法[D];西安电子科技大学;2013年

5 刘青;基于相互作用网络的致病基因预测方法研究[D];中南大学;2013年

6 高次子;一原发性开角型青光眼家系的临床特点及致病基因的筛查[D];安徽医科大学;2011年

7 郑甄甄;原发性开角型青光眼大家系致病基因筛查研究[D];福建医科大学;2014年

8 刘芳;遗传性泛发性色素异常症一家系致病基因的定位分析[D];华中科技大学;2010年

9 王春;常染色体显性遗传夜发性额叶癫痫新致病基因捕获及验证[D];南方医科大学;2013年

10 王娜;泛发性色素异常症致病基因的分离与功能分析[D];济南大学;2013年

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本文编号：384755