忍冬ICE1基因密码子偏好性分析及受体系统选择

发布时间：2024-04-21 19:23

　　为揭示忍冬(Lonicera japonica) ICE1基因密码子使用特性,运用CodonW软件、EMBOSS在线程序分析了其密码子的使用偏好性,与山茶等8种植物的ICE1基因的密码子偏好性进行比较,并进行中性绘图、ENc分析和奇偶偏好偏差分析。结果表明:忍冬ICE1基因密码子偏好以A/T结尾,且密码子使用偏好性较弱; RSCU值分析确定忍冬ICE1基因中有27个高频密码子;系统聚类发现,基于CDS的系统聚类比基于RSCU值的系统聚类更加准确;碱基成分和相关性分析发现ICE1密码子除突变影响外,选择效应也产生了一定的影响;密码子使用频率分析发现,拟南芥和烟草均可作为忍冬ICE1基因的遗传转化受体,酵母菌表达系统较大肠杆菌更适合忍冬ICE1基因的异源表达。忍冬ICE1基因密码子偏好性分析及瞬时表达验证,能够为该基因的异源表达和分子遗传研究提供一定的基础。

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【部分图文】：

图1忍冬ICE1同义密码子使用情况

9种不同植物的密码子使用偏好性分析结果如表2。不同植物ICE1基因的密码子使用指数(codonadaptationindex,CAI)值的范围为0.165～0.245,密码子偏爱指数(codonbiasindex,CBI)值的范围为-0.127～0.229,均远小于1,表....

图2基于ICE1基因RSCU值系统聚类

对不同物种ICE1密码子第三位核苷酸上的4种碱基组成情况进行分析(图6),发现不同物种ICE1基因的A3/(A3+G3)或G3/(G3+C3)值都偏离了0.5,表明突变不是影响该基因密码子使用偏好性的唯一原因,其他因素如选择压力等也产生了影响。图3基于ICE1基因CDS序列的系....

图3基于ICE1基因CDS序列的系统聚类

图2基于ICE1基因RSCU值系统聚类2.3忍冬ICE1基因受体系统的选择

图4ICE1相关基因密码子使用偏好性中性绘图

烟草、拟南芥等模式植物常常被用于基因功能的探究,大肠杆菌用于基因的原核表达系统受体,酵母菌被用于真核系统受体(表4)。然而忍冬的遗传转化体系尚未见报道,忍冬作为外源基因需要借助相应遗传转化体系进行异源表达。本研究分别对忍冬LjICE1基因与拟南芥、烟草、酵母菌和大肠杆菌基因组密码....

本文编号：3961347