前列腺癌不良预后相关差异甲基化基因筛选

发布时间：2024-05-12 16:59

　　目的识别与前列腺癌不良预后相关的差异甲基化基因,为寻找治疗靶点提供数据支持。方法利用GEO数据库的4个前列腺癌基因芯片数据集GSE46602、GSE69223、GSE6919和GSE32269进行差异基因的筛选,并与TCGA数据相比对。通过David数据库对其进行功能富集分析。采用String数据库构建了基因编码蛋白之间PPI网络,随后利用Cytoscape软件进行分析并实现可视化。通过TCGA甲基化数据,考量基因的甲基化水平,并利用临床数据观察其差异表达对预后的影响。结果 GEO数据库筛选得到差异基因600个,与TCGA数据比对后,得到差异基因301个。激活了癌症、p I3K-Akt和cGMP-PKG信号通路。构建PPI网络,分析出10个网络关键节点,进一步做差异甲基化分析,发现过表达基因EZH2、TOP2A、GTSE1和HOXC6存在启动子区低甲基化情况,低表达基因CAV1启动子区高甲基化。其中基因EZH2、GTSE1和HOXC6的过表达与前列腺癌的不良预后相关。结论选取不同平台的前列腺癌数据,通过生物信息学分析,筛选出与不良预后相关的差异甲基化基因,为前列腺癌治疗提供新的分子靶点...

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【部分图文】：

图3差异基因蛋白质互作网络

图2差异基因筛选韦恩图2.3PPI网络构建

图1差异基因筛选流程图

为选取更具特征性的差异基因，分析了原发前列腺癌GSE46602数据，得到差异表达基因1393个，其中上调表达502个，下调表达891个；GSE69223数据，得到差异表达基因1759个，其中上调表达592个，下调表达1167个，两个结果取交集得到差异基因401个。分析转移前列腺癌....

图2差异基因筛选韦恩图

对最终筛选的301个差异基因做GO分析和KEGG分析。GO分析结果显示，生物过程（biologicalprocess,BP）主要围绕聚合酶II启动子转录的负性调节、细胞增殖的调控和细胞黏附及分化；细胞组分（cellularcomponent,CC）主要表现在细胞质、质膜、胞浆....

图4关键基因甲基化水平（A:EZH2,P=6.84E-08;B:TOP2A,P=2.49E-05;C:GTSE1,P=1.62E-12;D:HOXC6,P<1.0E-12;E:CAV1,P<1.0E-12;**P<0.01)

利用TCGA临床数据评估上一步中筛选出的5个差异甲基化基因，考察其表达水平与生存时间的关系。K-M法生存曲线显示，前列腺癌患者组织中EZH2、GTSE1和HOXC6高表达组患者总生存率低于低表达组，差异具有显著性，P<0.05，详见图5。图5生存分析曲线（A:EZH2;B:GT....

本文编号：3971618