肝癌和癌栓的全基因组甲基化分析及差异基因的相关临床特征研究

发布时间：2024-05-16 21:29

　　背景和目的:原发性肝细胞肝癌(Hepatocellular carcinoma,HCC)是一类我国高发病率、高死亡率的恶性肿瘤,给我国人民健康造成了极大负担。门静脉癌栓(PVTT)是肝癌中一种常见的转移形式之一,给肝癌治疗带来极大的困难。DNA甲基化异常是肿瘤发生发展的关键机制之一,因其稳定且可以伴随疾病发展或治疗而变化,是一个潜在的理想生物标志物。本研究通过全DNA甲基化分析对门静脉癌栓特征进行分析,探索门静脉癌栓中可能存在的关键分子事件,并重点分析了DNAH17和ADRA1A两个基因在肝细胞肝癌中甲基化改变情况。实验方法:利用Infinium Human Methylation450芯片(病人数=11)对邻近正常组织(ANT)、HCC组织和PVTTs进行全基因组DNA甲基化分析。通过MTS实验和凋亡实验,以评估地西他滨(DAC)和肿瘤坏死因子相关的凋亡诱导配体(rh-TRAIL)对肝癌细胞系抑制的协同作用。在对DNAH17的研究中,主要使用Sequenom Epi TYPER法评估了163个HCC样本及其配对正常组织中DNAH17的甲基化水平,并利用Taq Man拷贝数试剂盒分析来...

【文章页数】：195 页

【学位级别】：博士

【部分图文】：

图1（A）11例肝细胞肝癌患者癌旁、癌和门静脉癌栓组织的整体甲基化水平；（B）以基因不同区域划分，不同基因区域的平均甲基化水平；（C）以相对甲基化

浙江大学博士学位论文正文第一部分结果18图1（A）11例肝细胞肝癌患者癌旁、癌和门静脉癌栓组织的整体甲基化水平；（B）以基因不同区域划分，不同基因区域的平均甲基化水平；（C）以相对甲基化岛不同区域进行划分，不同甲基化岛区域平均甲基化水平。3.2.2进一步利用配对t检验或配对秩和检....

图2所有差异位点分析，利用曼哈顿图进行表示

浙江大学博士学位论文正文第一部分结果20图2所有差异位点分析，利用曼哈顿图进行表示。横坐标代表染色体编号，纵坐标代表差异位点的-log10（P）值。共三组比较组，分别为：HCCvs.ANT;HCCvs.PVTT;PVTTvs.ANT.3.2.3差异甲基化位点热图及聚类分析笔者整理....

图3三组组织内差异甲基化位点热图

浙江大学博士学位论文正文第一部分结果21点，在三组内分别得到1771、3364和864个差异甲基化位点，进一步笔者将这些差异甲基化位点重复位点进行合并仅保留一项。进而笔者得到5499个差异甲基化位点，并制作热图（图3）。进行聚类分析，笔者发现合并之后进行聚类分析，甲基化位点主要分....

图4染色体上甲基化差异位点的分布情况（A）低甲基化差异位点在各个染色体分布情况（B）高甲基化位点在各个染色体分布情况（C）甲基化差异位点在相对甲基化岛位置的分布（D）甲基化差异位点在相对基因位置的分布

浙江大学博士学位论文正文第一部分结果23图4染色体上甲基化差异位点的分布情况（A）低甲基化差异位点在各个染色体分布情况（B）高甲基化位点在各个染色体分布情况（C）甲基化差异位点在相对甲基化岛位置的分布（D）甲基化差异位点在相对基因位置的分布3.3差异甲基化基因特征分析为进一步探究....

本文编号：3974934