PXR基因多态性与非酒精性脂肪性肝病遗传易感性的关联性研究

发布时间：2017-09-07 00:46

  本文关键词：PXR基因多态性与非酒精性脂肪性肝病遗传易感性的关联性研究

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【摘要】：背景:非酒精性脂肪性肝病(NAFLD)是近年来被人们逐渐认识的一种多因素导致的肝细胞内脂肪蓄积过多的慢性进展性病变。随着社会发展和生活方式的变化,环境污染、药物滥用的广泛存在,近年来NAFLD在全球的发病率不断攀高,对人类的健康和社会的发展构成严重危害。孕烷X受体(PXR)是核受体超家族NR1I2的成员之一,在新陈代谢、机体生长发育以及病理生理过程等方面都发挥着重要的功能,近年发现其在糖异生、脂类代谢以及胆汁平衡中也具有重要的作用。前期研究发现PXR在防御外源物侵袭,加速其体内代谢和排出的同时,也会导致肝脂肪性病变等损伤的发生。目的:通过研究,探讨PXR基因的单核苷酸多态性与NAFLD的相关性,明确PXR在NAFLD中的关键作用。方法:1、采用一代测序检查PXR外显子2中SNP,统计分析其SNP与NAFLD的关联性。收集100例临床外周血液,分为NAFLD组和健康对照组。其中NAFLD组51人,健康对照组49人。分别提取各样品DNA进行聚合酶链式反应(PCR),用1%琼脂糖凝胶电泳验证扩增得到的目的片段542bp,对PCR产物进行测序。统计分析测序结果,计算相应的基因频率和基因型频率以及各基因型分布在两组间的差异,通过Hardy-Weinberg遗传平衡检测分析样本是否具有群体代表性。2、采用一代测序检查PXR外显子4中SNP,统计分析其SNP与NAFLD的关联性。收集100例临床外周血液,分为NAFLD组和健康对照组,分组情况同上。利用东盛生物试剂盒提取各样品dna,利用超微量蛋白核酸分析仪检测提取出的dna是否符合要求。将符合要求的dna进行pcr实验,用3%琼脂糖凝胶电泳验证扩增得到的目的片段722bp,对pcr产物进行测序。计算相应基因频率和基因型频率,统计分析各基因型在两组间的分布情况,通过hardy-weinberg遗传平衡检测分析样本是否具有群体代表性。3、采用一代测序检查pxr外显子6中snp,统计分析其snp与nafld的关联性。样品来源及分组同上。实验流程与上述相似。利用试剂盒提取各样品dna后进行pcr实验,pcr产物进行3%琼脂糖凝胶电泳实验,判断pcr得到所需目的片段250bp。pcr产物测序。通过hardy-weinberg遗传平衡检测分析样本是否具有群体代表性,统计分析相应基因频率和基因型频率。4、采用一代测序检查pxr外显子8中snp,统计分析其snp与nafld的关联性。样品来源及分组同上。dna提取方法同上,提取dna后进行pcr实验,pcr产物进行3%琼脂糖凝胶电泳实验判断是否得到210bp目的片段。pcr产物测序。通过hardy-weinberg遗传平衡检测分析样本是否具有群体代表性,统计分析相应基因频率和基因型频率。5、采用一代测序检查pxr基因rs2461823位点,统计分析其与nafld的关联性。收集300例临床外周血样,其中nafld组153人,健康对照组147人。从各样品种提取dna,选择合格dna进行pcr实验,pcr产物进行3%琼脂糖凝胶电泳验证pcr产物为383bp目的片段,pcr产物测序。统计分析测序结果计算相应基因频率和基因型频率,通过hardy-weinberg遗传平衡检测分析样本是否具有群体代表性。6、采用一代测序检查pxr基因rs7643645位点,统计分析其与nafld的关联性。实验样品来源分组及dna提取、pcr方法同5。pcr产物进行3%琼脂糖凝胶电泳验证pcr产物为256bp目的片段,pcr产物测序。统计分析测序结果计算相应基因频率和基因型频率,通过hardy-weinberg遗传平衡检测分析样本是否具有群体代表性。7、基于目标区域捕获测序方法探讨pxr基因snp位点与nafld的关联性研究。收集20例临床外周血样,其中nafld组10人,健康对照组10人。从各样品种提取dna,进行目标区域捕获测序,并对pxr基因多态性位点关联分析。结果:1、在pxr基因外显子2中发现两个snp位点,称之为突变1、突变2,。结果显示突变1:两组比较其基因型总体分布差异没有统计学意义(χ2=1.77,p0.05)。经hardy-weinberg遗传平衡检验,χ2=0.29,0.75p0.9,达到遗传平衡(p0.05),说明样品具有群体代表性。突变2:两组比较其总体分布差异没有统计学意义(χ2=0.10,p0.05)。经hardy-weinberg遗传平衡检验,χ2=2.00,0.25p0.50,达到遗传平衡(p0.05),说明样品具有群体代表性。2、在pxr基因外显子4中发现1个snp位点,结果显示两组比较其总体分布差异没有统计学意义(χ2=0.58,p0.05)。经hardy-weinberg遗传平衡检验,χ2=0.12,0.90p0.95,达到遗传平衡(p0.05),说明样品具有群体代表性。3、在pxr基因外显子6及外显子8中暂时未发现突变位点。4、pxr基因rs2461823位点通过测序结果分析,两组间基因型分布比较差异显著有统计学意义(χ2=71.43,p0.05)。比较两组人群各基因型的分布,结果显示3种基因型在两组均有显著性差异cc(χ2=33.16,p0.05),tt(χ2=25.86,p0.05),ct(χ2=50.31,p0.05)。在等位基因频率分布分析中,rs2461823位点的等位基因频率分布有显著性差异(p0.0001,or=0.555,95%ci:0.399-0.773)。经hardy-weinberg遗传平衡检验,χ2=1.99,0.25p0.5,达到遗传平衡(p0.05),说明样品具有群体代表性。5、pxr基因rs7643645位点通过测序结果分析,两组间基因型分布比较差异显著有统计学意义(χ2=103.18,p0.05)。比较两组人群各基因型的分布,结果显示3种基因型在两组均有显著性差异,cc(χ2=42.27,p0.05),tt(χ2=30.72,p0.05),ct(χ2=52.91,p0.05)。经hardy-weinberg遗传平衡检验,χ2=1.51,0.25p0.50,达到遗传平衡(p0.05),说明样品具有群体代表性。6、通过高通量测序筛查到pxr中有120个snp位点,对pxr基因多态性位点关联分析,p均0.05。结论:1、在本文中发现的PXR基因外显子2及外显子4中的突变可能与NAFLD不相关。2、PXR基因rs2461823位点和rs7643645位点可能与NAFLD相关,且rs2461823位点含等位基因C的基因型(CC和CT)对于NAFLD可能是一个保护因素,为接下来深入研究PXR作为NAFLD治疗靶点以及相关药物开发奠定了基础。
【关键词】：孕烷X受体(PXR) 非酒精性脂肪性肝病(NAFLD) 单核苷酸多态性(SNP)
【学位授予单位】：广东药科大学
【学位级别】：硕士
【学位授予年份】：2016
【分类号】：R575.5
【目录】：

• 摘要7-11
• Abstract11-15
• 第一章 绪言15-20
• 1 非酒精性脂肪性肝病15-16
• 2 孕烷X受体（PXR）16-17
• 3 孕烷X受体与非酒精性脂肪性肝病联系的研究进展17-19
• 4 研究意义19
• 5 本实验的技术路线19-20
• 第二章 探讨PXR2、4、6、8 外显子中SNP与NAFLD的关联性研究20-46
• 1 PXR外显子2中SNP与NAFLD的关联性研究20-28
• 1.1 材料20-21
• 1.1.1 研究对象20
• 1.1.2 主要试剂和耗材20-21
• 1.1.3 仪器设备21
• 1.2 方法21-24
• 1.2.1 样品的采集与处理21
• 1.2.2 DNA制备21-22
• 1.2.3 引物的设计22-23
• 1.2.4 PCR扩增及产物的电泳鉴定23-24
• 1.2.5 PCR产物测序24
• 1.3 结果与讨论24-28
• 2 PXR外显子4中SNP与NAFLD的关联性研究28-34
• 2.1 材料28-29
• 2.1.1 研究对象28
• 2.1.2 主要试剂和耗材28-29
• 2.1.3 仪器设备29
• 2.2 方法29-32
• 2.2.1 样品的采集与处理29
• 2.2.2 DNA制备29-30
• 2.2.3 引物的设计30-31
• 2.2.4 PCR扩增及产物的电泳鉴定31-32
• 2.2.5 PCR产物测序32
• 2.3 结果与讨论32-34
• 3 PXR外显子6中SNP与NAFLD的关联性研究34-40
• 3.1 材料34-36
• 3.1.1 研究对象34-35
• 3.1.2 主要试剂和耗材35
• 3.1.3 仪器设备35-36
• 3.2 方法36-38
• 3.2.1 样品的采集与处理36
• 3.2.2 DNA的制备36-37
• 3.2.3 引物的设计37
• 3.2.4 PCR扩增及产物的电泳鉴定37-38
• 3.2.5 PCR产物测序38
• 3.3 结果与讨论38-40
• 4 PXR外显子8中SNP与NAFLD的关联性研究40-45
• 4.1 材料40-41
• 4.1.1 研究对象40
• 4.1.2 主要试剂和耗材40
• 4.1.3 仪器设备40-41
• 4.2 方法41-43
• 4.2.1 样品的采集与处理41
• 4.2.2 DNA制备41-42
• 4.2.3 引物的设计42
• 4.2.4 PCR扩增及产物的电泳鉴定42-43
• 4.2.5 PCR产物测序43
• 4.3 结果与讨论43-45
• 5 本章小结45-46
• 第三章 探讨PXR基因rs2461823位点与rs7643645位点与NAFLD的关联性研究46-61
• 1 PXR基因rs2461823位点NAFLD的关联性研究46-54
• 1.1 材料46-47
• 1.1.1 研究对象46
• 1.1.2 主要试剂和耗材46-47
• 1.1.3 仪器设备47
• 1.2 方法47-50
• 1.2.1 样品的采集与处理47
• 1.2.2 DNA的制备47-48
• 1.2.3 引物的设计48-49
• 1.2.4 PCR扩增及产物的电泳鉴定49-50
• 1.2.5 PCR产物测序50
• 1.3 结果与讨论50-54
• 2 PXR基因rs7643645位点NAFLD的关联性研究54-60
• 2.1 材料54-55
• 2.1.1 研究对象54
• 2.1.2 主要试剂和耗材54-55
• 2.1.3 仪器设备55
• 2.2 方法55-57
• 2.2.1 样品的采集与处理55
• 2.2.2 DNA的制备55-56
• 2.2.3 引物的设计56
• 2.2.4 PCR扩增及产物的电泳鉴定56-57
• 2.2.5 PCR产物测序57
• 2.3 结果与讨论57-60
• 3 本章小结60-61
• 第四章 基于目标区域捕获测序方法探讨PXR基因SNP位点与NAFLD的关联性研究61-72
• 1 材料61
• 1.1 研究对象61
• 1.2 主要试剂和耗材61
• 1.3 仪器设备61
• 2 方法61-62
• 2.1 样品的采集与处理61
• 2.2 DNA制备61-62
• 2.3 探针设计合成62
• 2.4 文库制备62
• 2.5 测序62
• 2.6 信息分析62
• 3 结果与讨论62-70
• 3.1 受试者信息分析62-64
• 3.2 测序结果评估与分析64-70
• 4 本章小结70-72
• 第五章 结论与展望72-74
• 参考文献74-80
• 攻读硕士学位期间发表论文80-81
• 英文简略表81-83
• 致谢83-85
• 附录85

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本文编号：806437