鸭FTO基因多态位点筛选和生物信息学分析

发布时间：2017-09-20 10:21

  本文关键词：鸭FTO基因多态位点筛选和生物信息学分析

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【摘要】：为挖掘FTO基因的SNP,为今后进一步研究该基因遗传变异奠定基础。本研究以樱桃谷鸭为试验对象,构建DNA池,对第2外显子、第4外显子和第5外显子直接测序,筛选与脂质性状相关的SNP位点。结果表明:FTO基因存在2个SNPs位点突变,在第5外显子发现1个SNP位点突变,另外一个在g.33942位点处,碱基A突变为碱基G,引起天冬氨酸(GAT)变为甘氨酸(GGT),在g.33781位点处,存在碱基T和A的突变(在内含子处,没有引起氨基酸的改变);RNA二级结构的最小自由能由-475.50 kcal/mol变为-477.40 kcal/mol。蛋白质二级结构分析发现,突变前后,α螺旋、β转角、延伸链和自由卷曲数值均有所改变。其中,α螺旋所占比例有所下降,但比重仍为最大,自由卷曲数量由原来的186个减少到185,比例由33.27%减少32.09%。突变前后多态位点导致FTO基因编码的蛋白三级结构也有所改变。FTO基因筛选出的SNP位点,引起RNA二级结构甚至是其编码的蛋白质结构的改变,可能进一步引起功能的改变。
【作者单位】： 贵州大学动物科学学院;高原山地动物遗传育种与繁殖省部共建教育部重点实验室;贵州省动物遗传育种与繁殖重点实验室;
【关键词】： FTO基因 SNP 生物信息学分析
【基金】：教育部博士点基金(20115201120004)资助
【分类号】：S834
【正文快照】： Bioinformatic Analysis and Polymorphism of FTO Gene in DuckWang Dandan1,2,3Zhang Yiyu1,2,3*Li Wangui1,2,3Luo Hualun1,2,31 College of Animal Sciences,Guizhou University,Guiyang,550025;2 Key Laboratory of Animal Genetics,Breeding and Reproduction in the Pl

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本文编号：887497