兰科植物FT基因的密码子偏性分析

发布时间：2017-09-22 05:32

  本文关键词：兰科植物FT基因的密码子偏性分析

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【摘要】：为探讨兰科植物FT(FLOWERING LOCUS T)基因同义密码子使用偏好性,鉴定出该类基因的最优密码子,本研究以拟南芥FT基因为探针,从公共数据库(NCBI,Orchidbase,Orchidstra)筛选出24条兰科植物FT基因,并深入研究其密码子偏好性。结果表明,所有基因有效密码子数(effective number of codons,ENC)大于30,其中大于55的占41.7%,表明兰科植物FT基因的密码子偏好性较弱。中性绘图分析发现,密码子第3位GC含量(GC3)与前2位平均GC含量(GC12)的相关性较低,表明突变对密码子前两位和第三位碱基组成的影响不同,第三位密码子的偏性更多来自于自然选择。ENC与GC3的关联分析显示大部分基因的ENC值远低于预测值,小部分基因落在标准曲线附近,由此可见受到碱基突变影响,但很可能选择压力仍起主要作用。奇偶性分析发现,在目标基因密码子第三位上G/C和或者A/T不成比例分布,嘧啶含量要显著高于嘌呤含量,推测兰科植物FT基因密码子的使用模式除了碱基突变外,还受到其它因素的影响,例如自然选择压力等。鉴定出UUC等22个最优密码子,以G/C结尾的有20个,由此推断出基因偏好G/C结尾的密码子。
【作者单位】： 南昌大学生命科学学院;
【关键词】： 兰科 FT基因 密码子偏性
【基金】：国家自然科学基金(31360491) 中国博士后科学基金面上项目(133471)共同资助
【分类号】：S682.31
【正文快照】： The Codon Usage Bias of FLOWERING LOCUS T Gene(FT)in OrchidaceaeLuo Huolin Zhang Ya'nan Luo Liping Xiong Dongjin Yang Boyun*College of Life Science,Nanchang University,Nanchang,330031*Corresponding author,572460991@163.com根据中心法则,基因表达分转录和翻

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本文编号：899081