甘蓝型油菜GPAT9基因克隆与生物信息学分析

发布时间：2017-10-07 00:26

  本文关键词：甘蓝型油菜GPAT9基因克隆与生物信息学分析

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【摘要】：GPAT9基因是参与植物体中油脂代谢的重要基因之一,在甘蓝型油菜中该基因还未被深入研究。为了研究甘蓝型油菜中GPAT9基因,通过查找拟南芥At GPAT9基因(At5G60620),并以At GPAT9基因编号到Brassica Database数据库检索到白菜、甘蓝GPAT9基因序列,然后对拟南芥、白菜和甘蓝GPAT9序列进行比对。根据比对结果设计出一对引物,从甘蓝型油菜湘油15中克隆得到一条长度为1 131 bp大小的GPAT9 CDs序列,将其命名为Bn GPAT9。Bn GPAT9基因共编码376个氨基酸,相对分子量为43.25 k D,等电点为8.97,不稳定系数为46.46;Bn GPAT9编码的蛋白有三个跨膜结构域,没有信号肽;该蛋白的二级结构中α螺旋为38.03%,β折叠为21.28%,β转角为9.04%,无规则卷曲为31.65%。分析表明:无论核苷酸序列还是氨基酸序列聚类均显示Bn GPAT9与拟南芥、白菜和甘蓝GPAT9亲缘关系近;Bn GPAT9具有溶血磷脂酰基转移酶(LPLAT)的结构域LPCAT1-like和GPAT9特有的活性位点。从序列分析、理化性质分析、二级结构预测、亚细胞定位和功能结构域分析等都表明克隆到的基因为甘蓝型油菜Bn GPAT9基因,属于GPAT基因家族成员。
【作者单位】： 湖南农业大学作物基因工程湖南省重点实验室;国家油料改良中心湖南分中心;
【关键词】： 甘蓝型油菜 GPAT 基因克隆 生物信息学
【基金】：国家“973”计划项目(2015CB150200) 湖南省科技计划项目(2014FJ1006-3)共同资助
【分类号】：S565.4;Q943.2
【正文快照】： *通讯作者,ndxiongene@yahoo.comCloning and Bioinformatics Analysis of GPAT9 Gene in RapeseedXing Man1,2Liu Shaofeng1Wu Xianmeng2Guan Chunyun2Xiong Xinghua1,2*1 Crop Gene Engineering Key Laboratory of Hunan Province,Hunan Agricultural University,Changsha,4，

本文编号：985903