马氏珠母贝生长与生物矿化相关基因的SNP标记开发

发布时间：2016-12-10 19:18

  本文关键词：马氏珠母贝生长与生物矿化相关基因的SNP标记开发，由笔耕文化传播整理发布。

《海南大学》 2012年

马氏珠母贝生长与生物矿化相关基因的SNP标记开发

张楠  

【摘要】：马氏珠母贝(Pinetada martensii Dunker)是我国主要的海水珍珠生产贝类。提高育珠贝的生长性状(如壳高,壳宽和壳厚、壳重和总重)和珍珠质分泌性状(如珍珠层厚度、珍珠质量等)是马氏珠母贝遗传改良的首要目标。而筛选与生长以及珍珠质分泌性状显著关联的分子标记,用于辅助选择,是马氏珠母贝生长和育珠性状进行有效选择的高效而可靠的手段与途径。在研究策略上,利用畜禽等农业动物育种中功能强大的筛选分析候选基因的“整合信息学策略”原理,系统分析我们建立和获得的马氏珠母贝ESTs序列。筛选与生长性状关联的、潜在的候选QTL Gene以及己知生物矿化基因,利用扩增重测序技术,检测其上的单核苷酸多态性(SNP)位点,开发SNP标记;并在马氏珠母贝野生群体和家系中检测其遗传特性和遗传模式,进而在分离群体中检测与生长和珍珠质分泌性状相关的SNP标记,达到辅助选育的目的。此外由于其在基因组中分布的丰富性和同一位点双等位基因的优点可使遗传作图更加精细。基于SNP的连锁图谱不仅增加了标记密度,提供与丰富基因联系的物理图谱,从而有利于遗传图谱和物理图谱的整合;而且为数量性状基因座和定位候选基因鉴定提供了精细图。 本研究对马氏珠母贝的EST数据库进行生物信息学分析,获得与生长性状关联的、潜在的候选QTL Gene或片段,以及已知生物矿化基因序列；据此设计引物174对。在马氏珠母贝6个不同地理群体的12个个体中进行扩增和扩增产物重测序,align分析测得的序列,在总计33Kb的马氏珠母贝测序基因组中,通过分析推断出354个SNP位点,平均每94bp发现一个SNP位点。在所有位点中选择40个SNP位点,针对每个SNP位点设计前后端引物,其中27对引物扩增后在聚丙烯酰胺凝胶上呈现单一条带。为这27个SNP位点设计目标SNP位点居中,长度为20-35bp的探针。PCR反应后,用非标记探针高分辨率溶解曲线(HRM)的方法检测SNP的基因型。在三个马氏珠母贝野生群体(popl：2003年采自三亚亚龙湾,pop2：2009年采自三亚安游,pop3：2010年采自三亚南山,每个群体n=48)和一个家系(n=48)中,17个SNP标记获得稳定的基因型数据。其中一个标记为单态,其余16个标记呈多态。16个多态位点中,位点act在三个野生群体中都显著偏离HWE,位点pris-2在第一和第二个群体中显著偏离HWE,位点mec-7a在第二、三个群体显著偏离HWE,位点hsp-1在第一个群体中显著偏离HWE(P0.05并经Bonferroni多重比较校正)。其中位点act和mec-7a在偏离的群体中均呈现显著地杂合子过剩(P0.01)。而位点act和pris-2在偏离的群体中均呈现显著的杂合子缺失(P0.01)。这些位点可能主要受到选择压力。16个位点在3个野生群体的绝大部分个体中都能正常扩增,且三个群体的整体平均Fst仅为0.0048。说明16个位点上三个群体间的遗传差异不显著。 16个多态位点中除两个位点(mec-7b和ben-1)外,在马氏珠母贝家系中均有分离。14个分离中,ddx-23和hsp-1两个位点显著偏离孟德尔遗传分离比(P0.05)。显示这两个位点受到选择压力。鉴于所有的SNP位点来源于与生长发育基因相关的ESTs序列和贝类生物矿化以及珍珠质蛋白基因,对这些位点进一步的与相关性状的关联分析以及在遗传连锁图谱上的定位和QTL分析都将揭示它们所在基因功能及其作用模式。为马氏珠母贝分子标记辅助育种以及功能基因的相关研究奠定基础。

【关键词】：
【学位授予单位】：海南大学
【学位级别】：硕士
【学位授予年份】：2012
【分类号】：S917.4
【目录】：

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