具有遗传性疾病和性状的遗传位点分析

发布时间：2018-05-11 11:46

  本文选题：遗传位点 + 单核苷酸多态性　； 参考：《数学的实践与认识》2017年14期

【摘要】：探究了人类遗传性疾病和性状与基因组上遗传位点的关联性,通过全基因关联分析,建立了单核苷酸多态性(SNP)与疾病的关联模型.首先,采用经典的基因位点编码的形式,把9954个位点的基因型编码成数值0,1,2,便于后续的数据分析.根据1000个样本在染色体上的9445个位点上编码后的基因型数据和表型数据,建立了1ogistic回归模型,构建疾病和SNP位点之间的关系,筛选出相关性较强的致病位点.在此基础上,利用连锁不平衡分析,推导卡方检验,得到每个基因与疾病相关联的P值,最终找出了三个可能与疾病A相关的基因.最后,采用典型相关分析,先计算1000个样本的10个表型之间的相关性,然后通过典型相关分析对10个性状与9445个SNP位点建模,最终得到了一个相关性最显著的SNP位点.
[Abstract]:The association of genetic diseases and traits with genetic loci in human genome was investigated. A model of association between SNPs and disease was established by whole gene association analysis. Firstly, the genotypes of 9954 loci were encoded into a value of 0 / 1 / 2 in the form of classical gene locus coding for subsequent data analysis. Based on the genotypic and phenotypic data of 9445 loci on chromosomes of 1000 samples, a 1ogistic regression model was established to construct the relationship between disease and SNP loci. On this basis, the linked disequilibrium analysis was used to deduce the chi-square test, and the P value of each gene associated with the disease was obtained. Finally, three genes related to disease A were identified. Finally, by using canonical correlation analysis, the correlations among 10 phenotypes of 1000 samples were calculated, and then 10 traits and 9445 SNP loci were modeled by canonical correlation analysis. Finally, a SNP locus with the most significant correlation was obtained.
【作者单位】： 华东师范大学生命科学学院;
【分类号】：O212.1

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本文编号：1873815