基于miRNA微阵列数据的归一化方法比较与加权共表达网络分析研究
发布时间：2022-02-18 14:25
MiRNA是一类长度约为18-25个核苷酸的非编码的单链RNA分子.MiRNA广泛存在于真核细胞中.近年来,研究者发现miRNA参与生物体的多种生物学过程,如细胞周期、细胞发育、细胞增殖、基因表达等.在miRNA与癌症的关系不断深入的研究过程中,发现miRNA在癌症发生的过程中起到了重要的促进或抑制作用.本文是以胃癌的miRNA表达数据为研究对象展开后续的研究分析.胃癌是全球最常见的恶性肿瘤之一.在所有癌症中,胃癌的发病率排在第五位,死亡率排在第三位.胃癌的早期临床症状不明显,患者就医时已是中晚期,并且预后效果差,治疗难度大,死亡率高.迄今为止,对于胃癌还没有有效的治疗方法,胃癌晚期患者的5年生存率不足20%.我国又是胃癌的高发区,因此研究胃癌的致病机理有利于胃癌的预防、诊断以及治疗.许多研究结果表明,miRNA与胃癌的发生紧密相关.文章的第一部分,比较和分析了六种归一化方法对miRNA微阵列表达数据的影响.由于我们获取的miRNA微阵列表达数据存在量纲上的差异和系统误差,所以在研究miRNA与胃癌的关系之前我们需要对miRNA微阵列表达数据进行归一化处理.由于归一化方法有很多种,所以...
【文章来源】：西南大学重庆市211工程院校教育部直属院校
【文章页数】：68 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
世界各地区男性与女性胃癌发生率的对比图[8].2018年的《全球癌症报告》是由世界卫生组织/国际癌症研究中心(Internation-
4西南大学硕士学位论文图1.2:2018年全球各种癌症的新发病例数与死亡病例数分别占全球所有类型癌症新发病例总数与死亡病例总数的百分比[8].S1.2.2胃癌发生的原因胃癌的病因非常复杂且多种多样,是由外部环境因素和机体自身遗传因素共同导致的一种恶性肿瘤.胃癌的发生情况根据国家、地区、年龄以及性别的不同而存在差异.迄今为止,研究表明,遗传因素、环境因素、幽门螺旋杆菌感染、饮食习惯和心理因素等多种因素,都与胃癌的发生紧密相关.1.遗传因素随着对胃癌研究的不断深入,越来越多的研究表明,遗传因素在胃癌的发生中起重要作用.有调查显示,胃癌具有家族聚集的倾向性,并且胃癌的遗传是多向性的,而不是单向性的.流行病学相关的研究资料表明,胃癌的家族史也是胃癌发生的危险因素之一.在胃癌患者中,具有明显的家族聚集性与倾向性的患者所占比例为10%15%[11,12].2.环境因素胃癌的发生存在明显的地理分布特点,主要是因为环境因素的不同.环境因素是影响胃癌的另一个重要因素[13].研究表明,胃癌的发生与地区的地质、土壤以及水质等因素关系密切.因此,根据不同地区的环境,识别影响胃癌发生的环境因素,并采取针对性的措施,是有效地减少胃癌发生的一种方法.
第一章绪论9表达基因)进行基因组学研究和功能富集分析,试图揭示这些基因所影响的分子机制,从而以临床医学角度来阐明这一系列疾病现象.基因本体(GeneOntology,GO)富集分析包括三个部分,即生物过程(BiologicalProcess,BP)、细胞组成(CellularComponent,CC)以及分子功能(MolecularFunction,MF).FunRich(FunctionalEnrichmentanalysistool)(http://www.funrich.org/)是一个独立的软件工具[40],主要用于基因和蛋白质的功能富集和相互作用网络分析.此外,分析的结果可以用韦恩图、条形图、柱形图、饼图等形式进行图形化描述.目前,FunRich软件工具设计可以用于处理各种基因/蛋白质数据集,而不考虑生物体.用户不仅可以在默认的后台数据库中进行搜索,还可以加载自定义的数据库,对其进行功能丰富性分析,如基因本体富集分析、信号通路分析以及蛋白质互作网络等.图1.3为FunRich软件的操作界面.图1.3:FunRich软件界面本研究利用FunRich软件[39]对使用加权基因共表达网络分析方法识别出的关键模块包含的miRNA进行功能富集分析与通路分析,以试图找出关键模块里面包含的miRNA所富集的通路.S1.3.3R语言软件R语言是一种开发良好的计算机程序语言,包括条件,循环,用户定义的递归函数以及输入和输出设施[40].同时,R语言也是一个开放式的软件开发平台,研究软
【参考文献】：
期刊论文
[1]利用WGCNA鉴定棉花抗黄萎病相关基因共表达网络[J]. 傅明川,李浩,陈义珍,柳展基,刘任重,王立国. 作物学报. 2020(05)
[2]胃癌新辅助治疗的研究进展[J]. 李海强,蒋小华. 临床肿瘤学杂志. 2020(01)
[3]Discovery of leaf region and time point related modules and genes in maize（Zea mays L.）leaves by Weighted Gene Co-expression Network analysis（WGCNA）of gene expression profiles of carbon metabolism[J]. WANG Jing-lu,ZHANG Ying,PAN Xiao-di,DU Jian-jun,MA Li-ming,GUO Xin-yu. Journal of Integrative Agriculture. 2019(02)
[4]雌激素与胃癌关系的研究进展[J]. 马晓娟,王兆一,刘丽江,曾思恩. 江汉大学学报(自然科学版). 2018(03)
[5]饮食习惯与胃癌发生关系的研究进展[J]. 刘富猛,颜丽萍,李弘,张旭. 广西医学. 2018(06)
[6]人肝癌组织中S1P1和AT1R蛋白及mRNA表达的初步研究[J]. 姬媛媛,王志东,陈海燕,李胜利,王宝太,杨正安,白亮,杨青青. 现代肿瘤医学. 2018(05)
[7]胃癌的治疗现状[J]. 夏斌,张义胜. 医学理论与实践. 2017(04)
[8]幽门螺杆菌与胃癌相关机制的研究进展[J]. 李斌,李玉民,郭继武,魏育才. 世界华人消化杂志. 2015(07)
[9]微小RNA与胃癌[J]. 田树波,于健春,康维明,马志强,叶欣,曹战江. 中国医学科学院学报. 2014(02)
[10]幽门螺杆菌感染与胃癌的相关性探讨[J]. 郭云霞,王郁杰,朱莹. 中华医院感染学杂志. 2014(07)
博士论文
[1]MicroRNA-216a通过抑制JAK2/STAT3信号通路抑制胃癌细胞侵袭转移及上皮间质转化[D]. 陶有茂.吉林大学 2019
硕士论文
[1]胃癌相关miRNA的表达分析及功能研究[D]. 姚文卓.东南大学 2017
本文编号：3630999
【文章来源】：西南大学重庆市211工程院校教育部直属院校
【文章页数】：68 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
世界各地区男性与女性胃癌发生率的对比图[8].2018年的《全球癌症报告》是由世界卫生组织/国际癌症研究中心(Internation-
4西南大学硕士学位论文图1.2:2018年全球各种癌症的新发病例数与死亡病例数分别占全球所有类型癌症新发病例总数与死亡病例总数的百分比[8].S1.2.2胃癌发生的原因胃癌的病因非常复杂且多种多样,是由外部环境因素和机体自身遗传因素共同导致的一种恶性肿瘤.胃癌的发生情况根据国家、地区、年龄以及性别的不同而存在差异.迄今为止,研究表明,遗传因素、环境因素、幽门螺旋杆菌感染、饮食习惯和心理因素等多种因素,都与胃癌的发生紧密相关.1.遗传因素随着对胃癌研究的不断深入,越来越多的研究表明,遗传因素在胃癌的发生中起重要作用.有调查显示,胃癌具有家族聚集的倾向性,并且胃癌的遗传是多向性的,而不是单向性的.流行病学相关的研究资料表明,胃癌的家族史也是胃癌发生的危险因素之一.在胃癌患者中,具有明显的家族聚集性与倾向性的患者所占比例为10%15%[11,12].2.环境因素胃癌的发生存在明显的地理分布特点,主要是因为环境因素的不同.环境因素是影响胃癌的另一个重要因素[13].研究表明,胃癌的发生与地区的地质、土壤以及水质等因素关系密切.因此,根据不同地区的环境,识别影响胃癌发生的环境因素,并采取针对性的措施,是有效地减少胃癌发生的一种方法.
第一章绪论9表达基因)进行基因组学研究和功能富集分析,试图揭示这些基因所影响的分子机制,从而以临床医学角度来阐明这一系列疾病现象.基因本体(GeneOntology,GO)富集分析包括三个部分,即生物过程(BiologicalProcess,BP)、细胞组成(CellularComponent,CC)以及分子功能(MolecularFunction,MF).FunRich(FunctionalEnrichmentanalysistool)(http://www.funrich.org/)是一个独立的软件工具[40],主要用于基因和蛋白质的功能富集和相互作用网络分析.此外,分析的结果可以用韦恩图、条形图、柱形图、饼图等形式进行图形化描述.目前,FunRich软件工具设计可以用于处理各种基因/蛋白质数据集,而不考虑生物体.用户不仅可以在默认的后台数据库中进行搜索,还可以加载自定义的数据库,对其进行功能丰富性分析,如基因本体富集分析、信号通路分析以及蛋白质互作网络等.图1.3为FunRich软件的操作界面.图1.3:FunRich软件界面本研究利用FunRich软件[39]对使用加权基因共表达网络分析方法识别出的关键模块包含的miRNA进行功能富集分析与通路分析,以试图找出关键模块里面包含的miRNA所富集的通路.S1.3.3R语言软件R语言是一种开发良好的计算机程序语言,包括条件,循环,用户定义的递归函数以及输入和输出设施[40].同时,R语言也是一个开放式的软件开发平台,研究软
【参考文献】：
期刊论文
[1]利用WGCNA鉴定棉花抗黄萎病相关基因共表达网络[J]. 傅明川,李浩,陈义珍,柳展基,刘任重,王立国. 作物学报. 2020(05)
[2]胃癌新辅助治疗的研究进展[J]. 李海强,蒋小华. 临床肿瘤学杂志. 2020(01)
[3]Discovery of leaf region and time point related modules and genes in maize（Zea mays L.）leaves by Weighted Gene Co-expression Network analysis（WGCNA）of gene expression profiles of carbon metabolism[J]. WANG Jing-lu,ZHANG Ying,PAN Xiao-di,DU Jian-jun,MA Li-ming,GUO Xin-yu. Journal of Integrative Agriculture. 2019(02)
[4]雌激素与胃癌关系的研究进展[J]. 马晓娟,王兆一,刘丽江,曾思恩. 江汉大学学报(自然科学版). 2018(03)
[5]饮食习惯与胃癌发生关系的研究进展[J]. 刘富猛,颜丽萍,李弘,张旭. 广西医学. 2018(06)
[6]人肝癌组织中S1P1和AT1R蛋白及mRNA表达的初步研究[J]. 姬媛媛,王志东,陈海燕,李胜利,王宝太,杨正安,白亮,杨青青. 现代肿瘤医学. 2018(05)
[7]胃癌的治疗现状[J]. 夏斌,张义胜. 医学理论与实践. 2017(04)
[8]幽门螺杆菌与胃癌相关机制的研究进展[J]. 李斌,李玉民,郭继武,魏育才. 世界华人消化杂志. 2015(07)
[9]微小RNA与胃癌[J]. 田树波,于健春,康维明,马志强,叶欣,曹战江. 中国医学科学院学报. 2014(02)
[10]幽门螺杆菌感染与胃癌的相关性探讨[J]. 郭云霞,王郁杰,朱莹. 中华医院感染学杂志. 2014(07)
博士论文
[1]MicroRNA-216a通过抑制JAK2/STAT3信号通路抑制胃癌细胞侵袭转移及上皮间质转化[D]. 陶有茂.吉林大学 2019
硕士论文
[1]胃癌相关miRNA的表达分析及功能研究[D]. 姚文卓.东南大学 2017
本文编号：3630999
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