利用EST-SSR分子标记构建小麦遗传图谱

发布时间：2020-07-05 02:32

【摘要】：遗传图谱在作物的遗传改良、加快育种进程和功能基因定位与克隆的研究中起着十分重要的作用。随着现代分子生物学的不断发展,越来越多的分子标记被开发,分子标记辅助选择育种技术给育种带来了新的方法和途径。本研究以川麦42与川农16杂交后自交获得的重组自交系群体和Syn-SAU-1与三雌蕊突变体(TP)杂交后的F_2群体为材料,采用EST-SSR分子标记技术,整合前人的分子标记,构建了两张小麦的遗传图谱,具体结果如下:1.利用585对EST-SSR引物对川麦42和川农16及其杂交后的重组自交系群体进行PCR扩增,其中有555对引物有扩增产物,有效率为94.87%;其中69对引物在两个亲本中表现出多态性,多态率为11.79%。2.通过Joinmap4.0作图,获得川麦42×川农16重组自交系群体的遗传图谱,该图谱共包含14个连锁群,由168个标记组成,包括73个FSRAP标记,75个SSR标记,20个EST-SSR标记,覆盖基因组长度1680.2cM,标记间平均距离10cM。EST-SSR标记共20个,在1B染色体上分布最多,有4个;1A,4A上各2个,3A、5A、6A、7A、2B、3B、4B、5B、3D、6D、7D上各一个。3.利用230对SSR引物对三雌蕊突变体(TP)和Syn-SAU-1及其杂交后的F_2群体进行了PCR扩增,共检测出710个等位变异位点,每对引物平均扩增出3个变异位点,具有多态性的差异位点在D组(74.0%)分布最高,B组其次(60.5%),A组最低(59.7%)。4.利用317对EST-SSR引物对三雌蕊突变体(TP)和Syn-SAU-1及其杂交后的F_2群体进行PCR扩增,其中60对引物表现多态性,占所用EST-SSR引物的18.92%。利用上述SSR标记和EST-SSR标记,以TP×Syn-SAU-1的F_2群体为作图群体构建了小麦的遗传图谱,该框架图谱包含5个连锁群,由26个标记组成,包括9个SSR标记,17个EST-SSR标记,覆盖基因组长度1023.7cM,标记间平均距离39.37cM。
【学位授予单位】：西华师范大学
【学位级别】：硕士
【学位授予年份】：2018
【分类号】：S512.1
【图文】：

图 1 小麦近年来 EST 数目情况Fig.1 EST number of Triticum aestivum in recent years表 1 NCBI 已登陆的不同谷类作物的 EST 数目Tab.1 The number of ESTs for different cereal crops that NCBI has lande物名称ame of theopESTs 数目number ofESTs作物名称Name of thecropESTs 数目number ofESTs作物名称Name of thecropESTs 数number ESTs麦iticumstivum1400744 大麦Hordeumvulgare828843 燕麦Avena sativa25370米a mays2019896 高粱Sorghumvulgare209853 黑麦Secale cereale15902稻ryza sativa1255251 粟Setaria italica66052 荞麦Fagopyrumesculentum173

图 3-1 不同重复基元类型在 EST-SSR 中分布Fig.3-1 Nucleiotied repeat motifs in the SSR site麦 42、川农 16 遗传差异分析 引物有效性分析用两个亲本川麦 42、川农 16 对合成的 585 对 EST-SSR 引物进行筛选验55 对在两个亲本中均能获得条带清晰、大小在 100-300bp 的扩增产物，标记，有效性为 94.87%；其余 30 对为无效引物，其中 22 对引物没有扩comp09、comp37、comp49、comp55、comp70、comp73、comp74、comp03、comp116、comp119、comp121、comp170、comp220、comp221、comp263、comp512、comp536、comp537、comp538、comp556），2 对引物的分子量过大（com66、comp114），6 对引物的扩增产物分子量太小（com124、comp237、comp238、comp239、comp246）。 引物多态性分析成的 585 对引物中共有 516 对引物的扩增产物条带相同，占 88.21%，其物在两个亲本中表现出多态性，将这 69 对引物在 20 个子代样本中进一

【参考文献】

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本文编号：2741953