玉米长链非编码RNA与重要农艺性状的关联分析

发布时间：2020-08-18 16:17

【摘要】：长链非编码RNA(lncRNA)是许多生物过程中的调控因子。其中,基因间lncRNA(lincRNA)是一类重要的lncRNA,但其在植物(特别是作物)中的功能研究仍然非常有限。玉米(Zea mays L)作为一种主要的经济作物,它的用途广泛,具有很高的经济价值。此外,玉米基因组极其复杂。随着基因组注释信息的不断更新,lincRNA的研究逐渐受到关注,并发现其可能在玉米生长和发育中起着重要的调控作用。本研究通过大规模RNA-Seq数据整合分析,在玉米全基因组范围内展开了lincRNA的鉴定、特征分析和功能注释研究。具体研究结果如下:1.研发出一套lincRNA的生物信息学分析流程,通过拼接145组转录组数据并整合已发表的lncRNA数据,鉴定出3,292条高置信的玉米lincRNAs。2.lincRNA与mRNA相比,长度更短,表达水平较低,且存在较明显的组织特异性。lincRNA与邻近基因的表达存在相似性。通过与拟南芥,水稻和大豆的lincRNA比对,鉴定出446条具有位置保守性的玉米lincRNAs。3.基因共表达分析发现lincRNA参与花发育、叶绿体光合作用、胁迫响应等重要生物学过程,并与bHLH,NAC,C2H2,MYB,WRKY等转录因子家族基因存在共表达关系。4.GWAS分析鉴定出8个与雄穗分枝数,穗叶长等农艺性状显著相关的SNPs,这些SNPs与16个lincRNAs相关联。
【学位授予单位】：西北农林科技大学
【学位级别】：硕士
【学位授予年份】：2018
【分类号】：S513
【图文】：

lncRNA的分类(Maetal.2013)

图 1-2 RNA-Seq 方法操作流程(Wang et al. 2009)Figure 1-2 Atypical RNA-Seq experiment(Wang et al. 2009).2 共表达分析生物过程和细胞调控网络非常复杂，涉及各种分子如蛋白质，RNA 和 DNA 的相互

图 1-3 WGCNA 方法综述(Langfelder et al. 2008)Figure 1-3 Overview of WGCNAmethodology(Langfelder et al. 2008)转录因子分子生物学中，转录因子（TF）（或序列特异性 DNA 结合因子）是通过结

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