胡麻产量和品质相关性状的全基因组关联分析

发布时间：2020-12-03 14:54

　　本研究对401份胡麻种质进行表型变异和SRAP标记的遗传多样性分析,构建了关联群体。通过全基因组重测序技术对269份胡麻关联群体进行全基因组关联分析,获得了产量和品质相关性状显著关联的SNP位点和候选基因,并NR、Swiss-port、KEGG、GO数据库进行基因功能注释。主要研究结果如下:1.401份胡麻种质的14个表型性状平均变异系数为17.87%,平均遗传多样性指数为2.132。用26对SRAP引物评价了胡麻核心种质,共扩增出234个多态性条带,多态性信息量（PIC）平均为0.60;聚类分析结果显示,将401份胡麻资源分为2大类和7个亚类,与国内外7个不同地区来源吻合。2.对269份胡麻品种进行重测序获得了 1.3684Tb的有效序列数据,与胡麻参考基因组平均比对率为96.32%,碱基GC含量平均值为38.57%。平均测序深度为 12.55。得到了 1,069,106个SNPs,分布在4037个Scaffold上。3.胡麻产量相关性状获得了 21个显著SNP位点和57个候选基因,其中株高5个SNP为scaffold9:516785、scaffold977:291500、scaff... 

【文章来源】：内蒙古农业大学内蒙古自治区

【文章页数】：148 页

【学位级别】：博士

【部分图文】：

图１－２本研究的技术路线??Ｆｉｇ．?１－２?Ｔｅｃｈｎｉｃａｌ?ｒｏｕｔｅ?ｏｆ?ｔｈｅ?ｓｔｕｄｙ??

多态性比率为６０．７７％。每对引物扩增多态位点变幅为５？１４个，平均９．００个。??Ｍ１５Ｅ７扩增的多态性位点最多，Ｍ１１Ｅ６的扩增多态性位点最少（表２－７）?？Ｍ１４Ｅ２??引物对部分胡麻品种（系）的扩增结果见图２－１。观测等位基因数为２．００，每个??位点的平均有效等位基因数为１．５８，每对引物的多态性信息量（Ｐ／Ｃ）从０．５１？??０．７６，平均为０．６０，引用的所有引物组合为高多态性ＣＰ／Ｃ＞０．５）［ｍ］。用ＰＯＰＧＥＮ??软件计算了?４０１份胡麻资源的有效等位基因数（乂＝１．５８４７?）、香农指数??（／＝０．５２３５）、Ｎｅｉ＇ｓ基因多样性指数（／／＝０．３４７９）。说明本研究供试资源材料在??物种水平上遗传多样性丰富。??７１１?．广?＂一?包＾?＾?＾??Ｍ．?ＤＬ１５００：?１￣３０依次为３０份胡麻样品??图２－１引物对Ｍ１４Ｅ２在胡麻中的扩增产物??Ｍ．?ＤＬ１５００；?１?？３０．?Ｆｌａｘ?ｓａｍｐｌｅｓ??Ｆｉｇ．?２－１?ＰＣＲ?ｐｒｏｄｕｃｔ?ｗｉｔｈ?ＳＲＡＰ?ｐｒｉｍｅｒ?Ｍ１４Ｅ２??

内蒙古?中国西北??群体?中国华北ｍ?Ｈ?ｆ?美国?加拿大?亚洲?欧洲??ｎ?，?Ｉｎｎｅｒ?ＶＴ?，?广，．?Ｎｏｒｔｈｗｅｓｔｅｒｎ?Ａ?＾?」?▲?．?ｒ??Ｐｏｐｕｌａｔｉｏｎ?Ｎｏｒｔｈｅｒｎ?Ｃｈｉｎａ?．?Ａｍｅｒｉｃａ?Ｃａｎａｄａ?Ａｓｉａ?Ｅｕｒｏｐｅ??Ｍｏｎｇｏｌｉａ?Ｃｈｉｎａ??Ｉｎｎｅｒ?Ｍｏｎｇｏｌｉａ?０．９３８９＊?０．９３６０＊?０．８９８０＊?０．９４３９＊?０．８８６５＊?０．９２２２＊??Ｎｏｒｔｈｅｒｎ?０．０６３０?０．９５７０＊?０．９１３６＊?０．９１４８＊?０．８５６６＊?０．９５０９＊??Ｎｏｒｔｈｗｅｓｔｅｒｎ?０．０６６１?０．０４３９?０．９０４８?０．９３８８?０．８５７７?０．９４１８??Ａｍｅｒｉｃａ?０．１０７６?０．０９０４?０．１００１?０．９４４０＊?０．９６０?ｆ?０．９５２７＊??Ｃａｎａｄａ?０．０５７８?０．０８９１?０．０６３１?０．０５７６?０．９３４３＊?０．９２３６＊??Ａｓｉａ?０．１２０５?０．１５４８?０．１５３５?０．０４０８?０．０６８０?０．９２０７＊??Ｅｕｒｏｐｅ?０．０８１０?０．０５０４?０．０５９９?０．０４８４?０．０７９５?０．０８２６??注：＊Ｐ＜０．０５?Ｎｏｔｅ：?＊Ｐ＜０．０５??从不同地理来源胡麻种质资源群聚类分析结果可以看出，在遗传相似系数??０．８８０处聚成２类，其中，第一类是内蒙古、加拿大、中国华北、西北、欧洲群??体组成；第二类是美国和亚洲（除了中国）群体组成。在遗传相似系数０．８９５??处聚成３类，第一类是内蒙古和加拿大群体，第

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本文编号：2896378