中国西红花主要种质资源遗传多样性评价研究

发布时间：2021-01-05 01:33

　　西红花（Crocus sativus L.）作为名贵中药材,其花的干燥柱头可入药,具有活血、安神、解毒等诸多功效,市场需求量较大。然而,西红花种植条件和技术要求较高,遗传背景尚不明确,西红花品种较为单一,不同产地的西红花品质也有一定差异,制约了西红花产业的良性发展。随着测序技术的不断发展,利用生物信息学方法分析高通量测序数据,为解析西红花遗传背景提供了有效的工具。本研究利用高通量测序技术对西红花花芽进行转录组测序,通过分析转录组测序数据搜索全基因组中各类型SSR位点,设计并合成相关SSR引物,利用非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳（PAGE）结合DNA一代测序技术检测验证我国西红花主要种质资源的SSR位点核苷酸多样性,进而研究我国西红花主要种质资源遗传多样性,为我国西红花品种选育和遗传改良提供分子依据,从而对我国西红花产业发展亦有所帮助。主要研究成果如下:1.收集了西藏、上海和浙江等西红花主产区的种植资源,共18份,建立了不同西红花种质资源的基因组DNA库。2.建立了用于西红花种质资源鉴定的SSR标记检测体系,该体系基于PCR反应程序为:94℃预变性5分钟;之后,94℃变性40秒,各引物Tm下复... 

【文章来源】：杭州师范大学浙江省

【文章页数】：74 页

【学位级别】：硕士

【部分图文】：

技术路线图

12图 2-1 番红 1 号试验种Figure 2-1 The test variety of Fanhong No.1取新鲜芽 50-100 mg，用无菌的 dd H2O 进行清洗，之后在液氮者在裂解液 RZ（50-100 mg 的叶片中加入 1 mL 裂解液 RZ，裂解液体积的 10%）中进行快速地研磨，研磨时间不超过 1好的匀浆样品转入 1.5 mL 离心管，静置 5 分钟；在 4℃的条件下离心（10 分钟，12000 rpm）后，将离心后所入到第二支离心管； 0.1 mL，氯仿 0.2 mL，盖紧管盖，涡旋或剧烈震荡 15 秒，浊溶液后，室温静置 3 分钟；

图 2-2 西红花 RNA 电泳图Figure 2-2 The electropherogram of saffron RNA提取的西红花 RNA 的 OD260/280值均在 2.0 左右，浓度在 600~为 1%的琼脂糖凝胶电泳结果图，由电泳图可知，本研究提取的污染，28S、18S、5S 三条带完整，无明显降解现象，浓度和纯度测序结果llumina HiSeq 平台对西红花花芽进行转录组高通量测序，共获得后组装得到 148,686 条 Unigene，总长度 142,177,942 bp，平均5 bp，GC 含量为 44.27 %。将 Unigene 进行注释，最终分别有,300 (NT: 32.48%)、50,495 (SwissProt: 33.96%)、59,319 (KOG: 39.87%)、17,031 (GO: 11.45%)以及 59,465 (InterPro: 39.99%)个 Un


本文编号：2957752