红豆草EST-SSR分子标记开发与遗传多样性分析
发布时间：2021-01-18 12:58
栽培型红豆草（Onobrychis viciifolia）是一种多年生豆科牧草（2n=4x=28）,为严格异花传粉植物,常被用作干草和青贮饲料。红豆草富含蛋白质和单宁等次生代谢产物。但是,于该物种缺乏详细的基因组和转录组信息,使得红豆草的遗传育种研究相对滞后。鉴于此,在本论文利用Illumina Hiseq2500测序平台对红豆草的14个不同组织分别提取RNA,然后等摩尔数混合,进行转录组测序。本研究目的是挖掘红豆草的基因资源,并开发一批多态性高的EST-SSR分子标记,为揭示豆草的遗传多样性提供分子工具。此外,对同一位点红豆草个体的EST-SSR扩增条带进行测序,进一步验证了红豆草的同源四倍特性。主要研究结果如下:1.利用Illumina测序技术,根据红豆草14个不同的组织构建一个混合cDNA文库,过滤后获得数据24,630,711 bp,NCBI数据库登录号为SRX3763386。经组装获得了77,764个unigene,利用技术发现了6,752个EST-SSR。设计了2,469对引物对,用5个野生红豆草种群对随机选取的200对引物进行筛选,最终得到61对高多态性的EST-SSR引...
【文章来源】：兰州大学甘肃省 211工程院校 985工程院校 教育部直属院校
【文章页数】：61 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
研究使用的不同组织
兰州大学硕士研究生学位论文 红豆草 EST-SSR 分子标记开发与遗传多样性分析第五个要介绍的是 Pfam 数据库，这个数据库预测蛋白质的功能的数据库，预测的原理是识别蛋白质的结构域序列。第六个要介绍的是 GO 数据库，这个数据库是基因功能分类体系的数据库，它可以对生物体中基因进行注释，进而对基因产物的功能属性注释。数据库由分子功能、细胞组分和生物学过程三类组成。第七个要介绍的是 KEGG 数据库，这个数据库对基因产物，代谢途径和基因产物功能进行系统分析的数据库。3.1.5 EST-SSR 分子标记的识别我们使用 MISA 这个软件来鉴定简单重复序列。分析 Unigene 序列，找出不同类型的 SSR。
兰州大学硕士研究生学位论文 红豆草 EST-SSR 分子标记开发与遗传多样性分析bp 高质量的测定序列，其中质量（Q 评分在 Q30 以上的占 92%左右。这些 cleanreads 总共包含 6,264,706,761 个核苷酸（nt），GC 含量大约为 45%。clean reads数据存储在美国国家生物技术信息中心（NCBI）中，NCBI 数据库登录号为SRX3763386。从这些 clean reads 中，共生成了 2,678,687 个序列，平均长度为72.26 bp，N50 长度为 69 bp。从配对端读取的 unigenes 总数为 77,764 个，其中27,437 个有不同的集群。共有 50,327 个 unigenes 具有独特的序列，这些 unigenes的总长度为 53,035,704 bp。unigene 的平均长度为 682.01 bp，N50 值为 1,209 bp。在这 77,764 个 unigenes 中，长度范围 200-500 bp 大小 unigenes 数量为 50,327，长度范围500-2,000 bp大小unigenes数量为22,096，长度高于2,000 bp的unigenes数量为 5,341（图 3.3），在 77,764 个 unigenes 中，有 36,353 个的成功进行了注释，根据 NR，Swiss-Prot，KEGG，KOG，COG 和 GO 数据库（表 3.2），有 10,387unigenes 分配给 COG 的类型。
【参考文献】：
期刊论文
[1]用于Illumina测序平台不同试剂盒制备RNA-seq文库的方法比较[J]. 何雨琦,李桂梅,周鑫,丁昭莉. 基因组学与应用生物学. 2017(11)
硕士论文
[1]老芒麦EST-SSR分子标记开发与遗传多样性分析[D]. 周强.兰州大学 2016
本文编号：2984991
【文章来源】：兰州大学甘肃省 211工程院校 985工程院校 教育部直属院校
【文章页数】：61 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
研究使用的不同组织
兰州大学硕士研究生学位论文 红豆草 EST-SSR 分子标记开发与遗传多样性分析第五个要介绍的是 Pfam 数据库，这个数据库预测蛋白质的功能的数据库，预测的原理是识别蛋白质的结构域序列。第六个要介绍的是 GO 数据库，这个数据库是基因功能分类体系的数据库，它可以对生物体中基因进行注释，进而对基因产物的功能属性注释。数据库由分子功能、细胞组分和生物学过程三类组成。第七个要介绍的是 KEGG 数据库，这个数据库对基因产物，代谢途径和基因产物功能进行系统分析的数据库。3.1.5 EST-SSR 分子标记的识别我们使用 MISA 这个软件来鉴定简单重复序列。分析 Unigene 序列，找出不同类型的 SSR。
兰州大学硕士研究生学位论文 红豆草 EST-SSR 分子标记开发与遗传多样性分析bp 高质量的测定序列，其中质量（Q 评分在 Q30 以上的占 92%左右。这些 cleanreads 总共包含 6,264,706,761 个核苷酸（nt），GC 含量大约为 45%。clean reads数据存储在美国国家生物技术信息中心（NCBI）中，NCBI 数据库登录号为SRX3763386。从这些 clean reads 中，共生成了 2,678,687 个序列，平均长度为72.26 bp，N50 长度为 69 bp。从配对端读取的 unigenes 总数为 77,764 个，其中27,437 个有不同的集群。共有 50,327 个 unigenes 具有独特的序列，这些 unigenes的总长度为 53,035,704 bp。unigene 的平均长度为 682.01 bp，N50 值为 1,209 bp。在这 77,764 个 unigenes 中，长度范围 200-500 bp 大小 unigenes 数量为 50,327，长度范围500-2,000 bp大小unigenes数量为22,096，长度高于2,000 bp的unigenes数量为 5,341（图 3.3），在 77,764 个 unigenes 中，有 36,353 个的成功进行了注释，根据 NR，Swiss-Prot，KEGG，KOG，COG 和 GO 数据库（表 3.2），有 10,387unigenes 分配给 COG 的类型。
【参考文献】：
期刊论文
[1]用于Illumina测序平台不同试剂盒制备RNA-seq文库的方法比较[J]. 何雨琦,李桂梅,周鑫,丁昭莉. 基因组学与应用生物学. 2017(11)
硕士论文
[1]老芒麦EST-SSR分子标记开发与遗传多样性分析[D]. 周强.兰州大学 2016
本文编号：2984991
本文链接：https://www.wllwen.com/nykjlw/nzwlw/2984991.html
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