基于GWAS挖掘棉花优异纤维相关位点及全基因组单体型分析

发布时间：2021-02-06 21:17

　　棉花是世界上重要的经济作物之一,其棉纤维不仅是纺织工业的原材料,而且可以作为纤维能源应用于工业发展,研究纤维发育机理对于棉纤维改良具有重要意义。本研究收集了278份棉花品系材料组成自然群体,利用简化基因组（SLAF-seq）技术开发单核苷酸多态性（SNP）标记,基于SNP标记进行全基因组关联分析（GWAS）和全基因组单体域（LD Block）及单体型（Haplotype）分析。同时结合生物信息方法学和实时荧光定量实验,分析棉花四个物种全基因组纤维素合成酶基因的进化情况及其在纤维发育过程中的表达模式,这些为进一步改良棉花纤维育种工作和解析纤维发育分子机制奠定了一定的基础。利用简化基因组测序（SLAF-seq）技术共开发到SNP标记3,464,561个,在完整度0.85,最小等位基因频率0.05水平上过滤得到SNP标记54,541个。在此基础上,分别进行了群体的群体结构、主成分分析及系统进化树,结果表明该群体可以分为三个亚群,这三个亚群在纤维强度上差异达到极显著（p<0.01）。通过全基因组关联分析,共关联（p<9.46e-8）到分别与纤维强度（FS）、纤维长度（FL）、纤维马... 

【文章来源】：中国农业科学院北京市

【文章页数】：86 页

【学位级别】：硕士

【部分图文】：

浓度为1.0%琼脂糖凝胶DNA电泳检测结果

图 2-2 SLAF-seq 技术流程（陶红霞，2015）Figure 2-2 the process of SLAF-seq technology流程识别原始数据，得到每个样品的读长。去除 reads 接的数据来评估 HaeIII+SspI-HF 的酶切效率，从而判信息学分析，在群体中开发全基因组范围的 SNP 标行群体多态性分析。具体生物信息分析流程见下图（

图 2-2 SLAF-seq 技术流程（陶红霞，2015）Figure 2-2 the process of SLAF-seq technology息分析流程l-index 识别原始数据，得到每个样品的读长。去除 reads 接头，评估照物种的数据来评估 HaeIII+SspI-HF 的酶切效率，从而判断 SLA据生物信息学分析，在群体中开发全基因组范围的 SNP 标记，利用 SNP 进行群体多态性分析。具体生物信息分析流程见下图（图 2-3）

【参考文献】：
期刊论文
[1]Population genetic structure and diversity of high value vulnerable medicinal plant Acorus calamus in India using RAPD and chloroplast microsatellite markers[J]. H. S. Ginwal,Neha Mittal,Arvind Tomar,V. K. Varshney.  Journal of Forestry Research. 2011(03)
[2]人类基因组单核苷酸多态性和单体型的分析及应用[J]. 李婧,潘玉春,李亦学,石铁流.  遗传学报. 2005(08)
[3]分子标记在食用蕈菌遗传育种中的应用[J]. 马富英,罗信昌.  菌物系统. 2002(01)

硕士论文
[1]基于SLAF标记的苹果遗传连锁图谱构建[D]. 陶红霞.西北农林科技大学 2015



本文编号：3021104