基于KASP的水稻基因组SNP标记开发及其育种应用
发布时间：2021-02-23 21:24
水稻功能基因组学的快速发展,不但为水稻遗传研究提供有力的工具,也为育种者通过分子标记定向改良水稻品种提供了可靠的信息支持。可行高效的基因定向改良需要全面地了解目标性状的遗传基础,开发DNA分子标记,筛选验证与目标性状关联的分子位点,从而精确地设计育种方案。然而,兼具高密度、高准确率、检测简便并低成本的分子标记技术体系的缺乏,阻碍了分子标记在育种中的实践应用。随着水稻基因组计划的不断深入,以SNP（单核苷酸多态性）为核心的新一代分子标记将大幅度提高分子标记育种效率。在SNP分型技术中,KASP（竞争性等位基因PCR）检测方法支持低、中、高通量SNP检测,且成本低、准确性高,具有良好的应用前景。本研究针对性地检索国际水稻基因组数据库和文献资源,获得批量的有用SNP位点,以481份广泛分布于国内外的水稻种质为材料,设计开发覆盖水稻全基因组的基于KASP基因分型技术的SNP标记体系。以与水稻产量及品质高度相关的籽粒为目标性状,展开分子标记与性状的关联研究。主要研究结果如下:1、利用WxIntron1K、Badh2-E7、ALK和Pita标记的Sang...
【文章来源】：华南农业大学广东省
【文章页数】：123 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
KASP原理示意图
绿色数据点）；为确保结果的可靠性，必须包括没有任何模板 DNA 的 KASP 反应作为阴性对照，这通常被称为空白对照或 NTC，NTC 将不产生任何荧光，因此数据点将绘制在原点（图 2 中的黑色数据点）。具有相同基因型的所有样品将产生相似水平的荧光，因此在图上所有样品都靠近在一起。基于这些簇的相对位置，可以确定所有数据点的基因型。
Wx_Intron1_K 标记针对 Wxb基因的第一个内含子+1 位点的 G/T SNP 设计而成，能够区分单碱基 G/G、T/T 和 G/T 三种基因型。利用已知基因型的材料（编号为 C286、C289、C290、C291 的材料为基因型为 T/T；编号为 C279、C280、C281 的材料基因型为 G/G；编号 C250、C251、C252、C253 的材料基因型为 T/G。对该标记进行 KASP扩增体系的检测，所得到的 KASP 分型结果如图 3-a。基因型分别为 T/T、G/G 和 T/G的材料显示了不同的荧光信号并根据其荧光信号很明显地聚集在左上角、右下角及其中间，各个基因型得到了良好的区分。为了验证 KASP 结果的准确性，将其与 Sanger测序的结果进行对比。测序结果（图 3-b、c、d）表明，纯合基因型 T/T、G/G 的材料C286、C289、C290、C291、C279、C280、C281 显示了对应的单峰，而杂合基因型T/G 的材料 C250、C251、C252、C253 则显示双峰。可见，KASP 标记 Wx_Intron1_K的分型结果与 Sanger 测序的结果完全一致。
【参考文献】：
期刊论文
[1]我国水稻分子育种研究进展[J]. 朱义旺,林雅容,陈亮. 厦门大学学报(自然科学版). 2016(05)
[2]分子标记技术在作物育种中的应用与展望[J]. 李元龙,王中华. 河南师范大学学报(自然科学版). 2016(03)
[3]植物分子标记研究进展[J]. 韩磊,孙欣. 现代农业科技. 2015(15)
[4]高分辨率熔解曲线HRM在SNP检测中的应用[J]. 王冬梅,李俊,杨红敏,石德顺,刘庆友. 基因组学与应用生物学. 2015(04)
[5]SNaPshot技术检测茶树SNP研究[J]. 张成才,谭礼强,王丽鸳,韦康,成浩. 茶叶科学. 2014(02)
[6]贵州地方水稻种质资源籼-粳遗传分化的InDel分子标记研究[J]. 冼俊龙,曾晓芳,赵德刚. 基因组学与应用生物学. 2013(04)
[7]焦磷酸测序与PCR产物直接测序在乙型肝炎病毒耐药基因检测中的敏感性比较[J]. 孙树梅,周浩,周彬. 中华医院感染学杂志. 2012(14)
[8]分子标记技术在桉树育种研究中的应用进展[J]. 刘果,谢耀坚. 世界林业研究. 2012(03)
[9]DNA分子标记及其在水稻遗传育种研究中的应用[J]. 秦延春. 广东农业科学. 2012(07)
[10]分子标记技术在禾本科作物基因定位上的研究进展[J]. 陈秋玲,高建明,罗峰,魏进招,裴忠有,孙守钧. 中国农学通报. 2010(09)
博士论文
[1]水稻种质资源重要农艺性状的全基因组关联分析[D]. 鲁清.中国农业科学院 2016
[2]真核生物翻译起始调控通路基因多态性与结直肠癌风险的关系研究[D]. 毛盈颖.浙江大学 2014
[3]水稻关联定位群体的构建及若干品质性状的关联分析[D]. 金亮.浙江大学 2009
硕士论文
[1]基于HRM技术的水稻全基因组SNP标记开发及其初步应用[D]. 郭海洋.华南农业大学 2016
[2]水稻粒型性状的遗传研究及主效QTL的精细定位[D]. 江静.浙江师范大学 2014
[3]高分辨率熔解曲线分析技术（HRM）系统的建立及其在基因多态性和突变检测方面的应用[D]. 潘登.复旦大学 2013
[4]TD70/Kasalath RIL群体遗传图谱的构建及粒型性状的QTL定位[D]. 张颖慧.南京农业大学 2011
[5]水稻粒型和粒重性状的主效QTL定位研究[D]. 张志勇.厦门大学 2008
本文编号：3048253
【文章来源】：华南农业大学广东省
【文章页数】：123 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
KASP原理示意图
绿色数据点）；为确保结果的可靠性，必须包括没有任何模板 DNA 的 KASP 反应作为阴性对照，这通常被称为空白对照或 NTC，NTC 将不产生任何荧光，因此数据点将绘制在原点（图 2 中的黑色数据点）。具有相同基因型的所有样品将产生相似水平的荧光，因此在图上所有样品都靠近在一起。基于这些簇的相对位置，可以确定所有数据点的基因型。
Wx_Intron1_K 标记针对 Wxb基因的第一个内含子+1 位点的 G/T SNP 设计而成，能够区分单碱基 G/G、T/T 和 G/T 三种基因型。利用已知基因型的材料（编号为 C286、C289、C290、C291 的材料为基因型为 T/T；编号为 C279、C280、C281 的材料基因型为 G/G；编号 C250、C251、C252、C253 的材料基因型为 T/G。对该标记进行 KASP扩增体系的检测，所得到的 KASP 分型结果如图 3-a。基因型分别为 T/T、G/G 和 T/G的材料显示了不同的荧光信号并根据其荧光信号很明显地聚集在左上角、右下角及其中间，各个基因型得到了良好的区分。为了验证 KASP 结果的准确性，将其与 Sanger测序的结果进行对比。测序结果（图 3-b、c、d）表明，纯合基因型 T/T、G/G 的材料C286、C289、C290、C291、C279、C280、C281 显示了对应的单峰，而杂合基因型T/G 的材料 C250、C251、C252、C253 则显示双峰。可见，KASP 标记 Wx_Intron1_K的分型结果与 Sanger 测序的结果完全一致。
【参考文献】：
期刊论文
[1]我国水稻分子育种研究进展[J]. 朱义旺,林雅容,陈亮. 厦门大学学报(自然科学版). 2016(05)
[2]分子标记技术在作物育种中的应用与展望[J]. 李元龙,王中华. 河南师范大学学报(自然科学版). 2016(03)
[3]植物分子标记研究进展[J]. 韩磊,孙欣. 现代农业科技. 2015(15)
[4]高分辨率熔解曲线HRM在SNP检测中的应用[J]. 王冬梅,李俊,杨红敏,石德顺,刘庆友. 基因组学与应用生物学. 2015(04)
[5]SNaPshot技术检测茶树SNP研究[J]. 张成才,谭礼强,王丽鸳,韦康,成浩. 茶叶科学. 2014(02)
[6]贵州地方水稻种质资源籼-粳遗传分化的InDel分子标记研究[J]. 冼俊龙,曾晓芳,赵德刚. 基因组学与应用生物学. 2013(04)
[7]焦磷酸测序与PCR产物直接测序在乙型肝炎病毒耐药基因检测中的敏感性比较[J]. 孙树梅,周浩,周彬. 中华医院感染学杂志. 2012(14)
[8]分子标记技术在桉树育种研究中的应用进展[J]. 刘果,谢耀坚. 世界林业研究. 2012(03)
[9]DNA分子标记及其在水稻遗传育种研究中的应用[J]. 秦延春. 广东农业科学. 2012(07)
[10]分子标记技术在禾本科作物基因定位上的研究进展[J]. 陈秋玲,高建明,罗峰,魏进招,裴忠有,孙守钧. 中国农学通报. 2010(09)
博士论文
[1]水稻种质资源重要农艺性状的全基因组关联分析[D]. 鲁清.中国农业科学院 2016
[2]真核生物翻译起始调控通路基因多态性与结直肠癌风险的关系研究[D]. 毛盈颖.浙江大学 2014
[3]水稻关联定位群体的构建及若干品质性状的关联分析[D]. 金亮.浙江大学 2009
硕士论文
[1]基于HRM技术的水稻全基因组SNP标记开发及其初步应用[D]. 郭海洋.华南农业大学 2016
[2]水稻粒型性状的遗传研究及主效QTL的精细定位[D]. 江静.浙江师范大学 2014
[3]高分辨率熔解曲线分析技术（HRM）系统的建立及其在基因多态性和突变检测方面的应用[D]. 潘登.复旦大学 2013
[4]TD70/Kasalath RIL群体遗传图谱的构建及粒型性状的QTL定位[D]. 张颖慧.南京农业大学 2011
[5]水稻粒型和粒重性状的主效QTL定位研究[D]. 张志勇.厦门大学 2008
本文编号：3048253
本文链接：https://www.wllwen.com/nykjlw/nzwlw/3048253.html
最近更新
教材专著
