水稻多倍体组蛋白修饰H3K4me3和H3K27me3与减数分裂重组位点的相关性分析

发布时间：2021-02-25 07:54

　　水稻作为世界上的主要粮食作物之一,但是随着全球范围的人口增长、气候环境的恶化,水稻的产量却没能大幅度的增长,导致了潜在的粮食危机。据有关统计显示,在植物进化过程中,多倍化事件频繁发生^[1][2][3],特别是栽培作物中更是高达75%^[4][5],而据研究表明异源基因组的结合和多倍化是植物进化的总体趋势。并且多倍体体内的蛋白质、氨基酸、碳水化合物、维生素、生物碱等营养成分以及次生代谢物质的含量都有所增加,这无疑给目前潜在的粮食危机带来了新的希望,为水稻增产提供了新思路。目前,多倍体水稻的研究已经成为相关水稻研究的热点。研究人员期望通过对多倍体水稻的研究为选育高产、优质、多抗统一的‘超级水稻’品种提供良好的理论基础。同源重组是基因组变异的重要手段,也是生物演化过程中不可或缺的步骤。目前科学家对多种生物（老鼠、人、果蝇、酵母、拟南芥等）的同源重组进行了报道,但是这些报道要么仅局限于基因组的某些特定区段,要么虽然涉及全基组,但选用的SNP Marker数量非常有限,对同源重组事件无法做出全面有效的判断。之前的研究表明,同源重组与许多因素如DSB数量、... 

【文章来源】：东北师范大学吉林省 211工程院校 教育部直属院校

【文章页数】：82 页

【学位级别】：硕士

【部分图文】：

四倍体水稻的培育

图2.3重组位点鉴定流程2.2.3染色质免疫沉淀-测序（ChIP-sequencing）数据处理1.利用FastQC对原始数据进行质量检测，并过滤掉低质量的数据。2.利用BWA软件将过滤后的测序数据回帖到日本晴参考基因组MSU7.0上，获得相应的bam文件。3.利用Samtools软件包对bam文件进行排序和删除PCR冗余生成过滤后的bam文件。4.利用MACS软件包以过滤后的bam文件为输入文件进行peakcalling以获得H3K4me3和H3K27me3的富集位点。流程如下图2.4所示：19

图2.3重组位点鉴定流程2.2.3染色质免疫沉淀-测序（ChIP-sequencing）数据处理1.利用FastQC对原始数据进行质量检测，并过滤掉低质量的数据。2.利用BWA软件将过滤后的测序数据回帖到日本晴参考基因组MSU7.0上，获得相应的bam文件。3.利用Samtools软件包对bam文件进行排序和删除PCR冗余生成过滤后的bam文件。4.利用MACS软件包以过滤后的bam文件为输入文件进行peakcalling以获得H3K4me3和H3K27me3的富集位点。流程如下图2.4所示：19

【参考文献】：
期刊论文
[1]二十一世纪水稻育种新战略Ⅱ.利用远缘杂交和多倍体双重优势进行超级稻育种[J]. 蔡得田,袁隆平,卢兴桂.  作物学报. 2001(01)



本文编号：3050678