兼容型maizeSNP384标记筛选与玉米杂交种DNA指纹图谱构建

发布时间：2021-03-05 07:29

　　为加强玉米品种管理和知识产权保护,评估确定了一套兼容多技术平台,适于玉米分子鉴定的SNP位点组合,该组合包含384个位点;构建了335个玉米杂交种SNP-DNA指纹,幵针对位点和样品从各个角度迚行分析。384个位点全部分布在基因内区域,显示了较好的多态性; MAF、PIC、DP平均值分别为0.39、0.36、0.60, 384个位点中88%的位点MAF值高于0.30, 98%的位点PIC值高于0.30, 98%的位点DP值高于0.50。对335个玉米杂交种迚行遗传相似系数两两比较, GD （1-Nei遗传距离）的变异范围为0.60～0.99, GD≥0.98、0.95、0.90者分别占比0.10%、0.38%、1.40%;GS（相同等位基因比）的变异范围为0.50～0.99,GS≥0.98、0.95、0.90者分别占比0.03%、0.11%、0.35%。从384个位点中抽取最优位点组合, 12个位点组合时品种识别率为0.99, 20个位点组合能够识别335个品种。综上所述,本研究报道的384个核心SNP位点具有兼容多平台、高稳定性、高重复性、高品种区分能力,利用核心位点构建了335个玉... 

【文章来源】：作物学报. 2020,46(07)北大核心

【文章页数】：19 页

【部分图文】：

335个玉米杂交种SNP-DNA指纹总体展示图Fig.4TheoveralldisplayofSNP-DNAfingerprintsof335maizehybrids

1012作物学报第46卷图6基于最优位点组合的品种识别率变化曲线图Fig.6Varietyidentityprobabilitycurvebasedontheoptimallocicombination布在10条染色体上,每条染色体上均抽取到了位点,根据染色体的长度不同包含的位点数目亦不同。3讨论3.1适于玉米品种分子鉴定的SNP标记特征,SNP-DNA指纹数据表现形式筛选一套适宜的核心标记位点,确定指纹数据表现形式对于农作物品种标准DNA指纹构建至关重要。农作物品种鉴定内容和目的不同,筛选标记位点的标准亦不同。适于玉米品种分子鉴定的SNP标记组合需在品种间多态性高;试验评估效果好,表现为数据信号值高,基因型数据能够自动化统计;具有较好的重复性和稳定性;兼容多平台;在基因组上物理位置已知;相对均匀分布,引物位点间没有紧密连锁。SNP标记虽然以二等位基因变异为主,其基因型数据只出现A/T/C/G四种碱基,但是存在相同位点在不同平台其等位基因的定义不同,DNA双链中定义哪条链的不同,2个等位基因存在定义成A或B的不同。因此如果不加以规范标准化,不同平台之间,相同平台不同的探针设计均会存在数据整合的问题。综上所述,玉米品种SNP-DNA指纹数据栺式建议使用A/T/C/G碱基,不推荐采用其他编码转换的方式。为了不同平台、不同实验室、不同批次之间的数据整合,必须提供至少2个参照样品的指纹信息,要求参照样品在每个位点上均为纯合基因型且无数据缺失,参照样品之间具有较大的遗传差异。在玉米中,建议选取不同杂优群的DH系作为参照样品。3.2基于SNP标记方法,玉米品种鉴定最适位点

【参考文献】：
期刊论文
[1]甘蓝SNP标记开发及主要品种的DNA指纹图谱构建[J]. 李志远,于海龙,方智远,杨丽梅,刘玉梅,庄木,吕红豪,张扬勇.  中国农业科学. 2018(14)
[2]植物品种DNA指纹鉴定原理及其鉴定方案[J]. 王凤格,田红丽,易红梅,赵涵,霍永学,匡猛,张力科,吕远大,丁曼卿,赵久然.  分子植物育种. 2018(14)
[3]应用SNP精准鉴定大豆种质及构建可扫描身份证[J]. 魏中艳,李慧慧,李骏,Yasir A.Gamar,马岩松,邱丽娟.  作物学报. 2018(03)
[4]Development of a core set of SNP markers for the identifi cation of upland cotton cultivars in China[J]. KUANG Meng,WEI Shou-jun,WANG Yan-qin,ZHOU Da-yun,MA Lei,FANG Dan,YANG Wei-hua,MA Zhi-ying.  Journal of Integrative Agriculture. 2016(05)
[5]SNP分子标记的研究及其应用进展[J]. 唐立群,肖层林,王伟平.  中国农学通报. 2012(12)
[6]比较三种DNA指纹分析方法在玉米品种纯度及真伪鉴定中的应用[J]. 王凤格,赵久然,郭景伦,佘花娣,陈刚.  分子植物育种. 2003(Z1)



本文编号：3064821