水稻环状RNA实验鉴定方法的优化及应用

发布时间：2021-03-08 17:24

　　大量的研究已经证实了环状RNA分子（circular RNA,circRNA）在动物和植物中普遍存在。已有研究表明这种环状RNA分子具有miRNA海绵体的功能,能够调控其母基因的表达,最近的研究表明环状RNA能够编码蛋白。目前,已经有大量针对环状RNA预测的生物信息学方法,同时在不同物种中预测了大量的环状RNA。但是实验验证的环状RNA仍然有限,特别是植物环状RNA验证率低下。本研究选择模式植物水稻,结合我们之前通过生物信息学方法预测的水稻环状RNA结果,探索针对水稻环状RNA实验鉴定的优化方法,并获得实验验证的水稻环状RNA。这些结果为后续植物环状RNA形成机制、功能分析打下基础,具体结果如下:（1）通过优化线性转录本消化酶RNaseR的消化过程,将RNaseR消化与现有的RNA提取试剂盒结合使用,与传统方式相比,进一步提高了环状RNA富集的浓度;将Touch down PCR程序应用于环状RNA的验证,与传统PCR程序相比,提高了环状RNA扩增过程中的特异性。（2）利用上述方法,共鉴定到128个水稻环状RNA。其中,我们获得了70个水稻环状RNA的全长,获得了 5组存在大量可变环化... 

【文章来源】：浙江大学浙江省 211工程院校 985工程院校 教育部直属院校

【文章页数】：59 页

【学位级别】：硕士

【部分图文】：

图.比翻自.

经典的剪切复合体以另夕Ｉ、一种方式行使功能。??Ｃｈｅｎ等［２９】则在Ｊｅｃｋ提出的两祌假说的基础上，提出第三种假说“再次剪切??驱动环化”（见图１．３），由于顺式剪切和反式剪切因子的存在，可能导致再次剪??切

可能在细胞转录后调控等方面发挥着重要的作用。??近几年，研究者发现，一部分环状ＲＮＡ具有“诱捕”作用，使ｍｉＲＮＡ失效??（例如，作为ｍｉＲＮＡ海绵，见图１．４）。在环状ＲＮＡ作为ｍｉＲＮＡ海绵的例子中，??最具有代表性的就是Ｍｅｍｃｚａｋ等［４］２０１３年发表在《自然》的文章中提到的??研究者发现该环状ＲＮＡ与ｍｉＲＮＡ复合物能够发生紧密地绑定，且该??环状ＲＮＡ拥有６３个保守的已知ｍｉＲＮＡ?（ｍｉＲ－７）綁定位点。进一步研究发现，??在神经元细胞中，ＣＤ／Ｗｏｓ展现出綁定ｍｉＲ－７的能力，为了深入研究该环状的功??能，研究者在中脑发育受损的斑马鱼中表达人类环状ＲＮＡ?出现与??敲除ｍｉＲ－７类似的表型，该结果暗示，似属于一种ｍｉＲＮＡ的拮抗物，与??已知的其他转录本相比，该环状ＲＮＡ与ｍｉＲＮＡ绑定能力超过前者的１０倍，该??研究为环状ＲＮＡ作为一类转录后调控因子提供了直接的证据。??７??


本文编号：3071381