棉花纤维起始相关长链非编码RNA的功能鉴定
发布时间：2021-04-16 11:01
长链非编码RNA是指长度大于200nt的非编码RNA,其分子结构同mRNA较类似,具有5’端帽子和3’端ploy A尾巴。长链非编码RNA的生物学功能较多,它可以作为信号分子、诱饵分子、引导分子、支架分子来调节基因表达。近年来,随着高通量测序的广泛运用,植物长链非编码RNA的研究也取得了较大进展。棉花纤维作为最重要的天然纤维,在国计民生中起着举足轻重的作用;棉花纤维是种皮毛,纤维素含量90%以上,作为最长的单细胞之一,是研究细胞分化和伸长,同时也是研究次生壁沉积和纤维素合成的模式细胞。而目前,关于长链非编码RNA如何影响棉花纤维发育的研究为数不多。2015年王茂军博士通过分析棉花转录组数据,鉴定出棉花纤维不同发育时期高量表达的共11个lncRNA,本研究基于王茂军的研究结果,以其中5个纤维起始期优势表达的lncRNA作为研究对象,获得了棉花RNAi转基因系,并对这些lncRNA的功能进行了初步研究。具体结果如下:1、利用公共数据库数据,对纤维起始优势表达的5个lncRNA的在陆地棉中表达模式进行分析,发现3个lncRNA在0DPA的表达量明显高于其他组织。其中GhirA
【文章来源】：华中农业大学湖北省 211工程院校 教育部直属院校
【文章页数】：65 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
1lncRNA分类(Knolletal2015)
图 2.7 RNA 测序实验流程Fig. 2.7 The process of RNA sequencing experiment将测序完成的 Clean data 与棉花陆地棉基因组进行序列比对，获得不同样因的表达量数据，进一步将转基因株系材料与阴性和野生型材料的基因数行比较获得 GFOLD Value，据此选择各组差异比较结果中共有的差异基因差异基因 1396 个，其中上调表达的 652 个，下调表达的 744 个，将这些差行 GO(Gene ontology)和 KEGG(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes。根据 GO 结合 blast2G 软件来对差异基因序列进行 GO 注释(http:logy．org/)，GO 注释结果分为三部分，分别是生物进程、细胞组分和分子用 WEGO 软件对 GO 注释结果进行分类。KEGG(http://www.genome.jp/类存储和基因的代谢功能相关信息的数据库。先利用 Trans Decoder 软件将序列翻译成蛋白序列，然后用 KAAS 软件对蛋白序列进行代谢通路分析与
本实验室王茂军博士通过分析公共数据库中棉花纤维发育各时期转录组(Wang et al 2015a)，从海岛棉转录组数据中筛选出 11 个与棉花纤维发育相关lncRNA，选择其中 5 个纤维起始相关 lncRNA 作为研究对象(在海岛棉中编号分别为Gbar_A06G015800、Gbar_D08G008660、Gbar_D10G024620、Gbar_D07G016940、Gbar_D01G000140)。接着，通过 Cotton FGD 在线工具进行检索，找到它们在陆地棉中 的同源 基因(同源度最高 的对 应基因 编号分别为 Ghir_A06G015820 、Ghir_D08G008390、Ghir_D10G024980、Ghir_A01G011040、Ghir_D01G000190)。然后，从公共数据库中提取这些 lncRNA 在陆地棉中的表达谱并制成热图(如图 3.1.1)，从图中可以看到 3 个 lncRNA 在 0 DPA 的表达量明显高于其他组织；其中Ghir_A01G011040 表达量最高，在 0 DPA 和 5 DPA 的 FPKM 值分别为 215.11、36.85；Ghir_D08G008390 表达量最低，在 0 DPA 的 FPKM 值为 0.36。因此推测这些 lncRNA可能在纤维起始期起到一定作用。
【参考文献】：
期刊论文
[1]Transcriptome analysis reveals long noncoding RNAs involved in fiber development in cotton （Gossypium arboreum）[J]. Changsong Zou,Qiaolian Wang,Cairui Lu,Wencui Yang,Youping Zhang,Hailiang Cheng,Xiaoxu Feng,Mtawa Andrew Prosper,Guoli Song. Science China（Life Sciences）. 2016(02)
[2]一个棉花类受体蛋白激酶基因的克隆与表达分析[J]. 杨郁文,何冰,张保龙,倪万潮. 棉花学报. 2011(01)
博士论文
[1]多组学数据揭示棉花纤维发育的遗传学和表观遗传学基础[D]. 王茂军.华中农业大学 2017
[2]棉花遗传转化体系的优化及突变体的创制[D]. 金双侠.华中农业大学 2006
硕士论文
[1]水稻种子发育相关的lncRNAs的鉴定及其功能研究[D]. 罗荣剑.中国农业科学院 2018
本文编号：3141302
【文章来源】：华中农业大学湖北省 211工程院校 教育部直属院校
【文章页数】：65 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
1lncRNA分类(Knolletal2015)
图 2.7 RNA 测序实验流程Fig. 2.7 The process of RNA sequencing experiment将测序完成的 Clean data 与棉花陆地棉基因组进行序列比对，获得不同样因的表达量数据，进一步将转基因株系材料与阴性和野生型材料的基因数行比较获得 GFOLD Value，据此选择各组差异比较结果中共有的差异基因差异基因 1396 个，其中上调表达的 652 个，下调表达的 744 个，将这些差行 GO(Gene ontology)和 KEGG(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes。根据 GO 结合 blast2G 软件来对差异基因序列进行 GO 注释(http:logy．org/)，GO 注释结果分为三部分，分别是生物进程、细胞组分和分子用 WEGO 软件对 GO 注释结果进行分类。KEGG(http://www.genome.jp/类存储和基因的代谢功能相关信息的数据库。先利用 Trans Decoder 软件将序列翻译成蛋白序列，然后用 KAAS 软件对蛋白序列进行代谢通路分析与
本实验室王茂军博士通过分析公共数据库中棉花纤维发育各时期转录组(Wang et al 2015a)，从海岛棉转录组数据中筛选出 11 个与棉花纤维发育相关lncRNA，选择其中 5 个纤维起始相关 lncRNA 作为研究对象(在海岛棉中编号分别为Gbar_A06G015800、Gbar_D08G008660、Gbar_D10G024620、Gbar_D07G016940、Gbar_D01G000140)。接着，通过 Cotton FGD 在线工具进行检索，找到它们在陆地棉中 的同源 基因(同源度最高 的对 应基因 编号分别为 Ghir_A06G015820 、Ghir_D08G008390、Ghir_D10G024980、Ghir_A01G011040、Ghir_D01G000190)。然后，从公共数据库中提取这些 lncRNA 在陆地棉中的表达谱并制成热图(如图 3.1.1)，从图中可以看到 3 个 lncRNA 在 0 DPA 的表达量明显高于其他组织；其中Ghir_A01G011040 表达量最高，在 0 DPA 和 5 DPA 的 FPKM 值分别为 215.11、36.85；Ghir_D08G008390 表达量最低，在 0 DPA 的 FPKM 值为 0.36。因此推测这些 lncRNA可能在纤维起始期起到一定作用。
【参考文献】：
期刊论文
[1]Transcriptome analysis reveals long noncoding RNAs involved in fiber development in cotton （Gossypium arboreum）[J]. Changsong Zou,Qiaolian Wang,Cairui Lu,Wencui Yang,Youping Zhang,Hailiang Cheng,Xiaoxu Feng,Mtawa Andrew Prosper,Guoli Song. Science China（Life Sciences）. 2016(02)
[2]一个棉花类受体蛋白激酶基因的克隆与表达分析[J]. 杨郁文,何冰,张保龙,倪万潮. 棉花学报. 2011(01)
博士论文
[1]多组学数据揭示棉花纤维发育的遗传学和表观遗传学基础[D]. 王茂军.华中农业大学 2017
[2]棉花遗传转化体系的优化及突变体的创制[D]. 金双侠.华中农业大学 2006
硕士论文
[1]水稻种子发育相关的lncRNAs的鉴定及其功能研究[D]. 罗荣剑.中国农业科学院 2018
本文编号：3141302
本文链接：https://www.wllwen.com/nykjlw/nzwlw/3141302.html
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