薏苡苗期叶片全长转录组测序、注释及SSR预测

发布时间：2021-05-24 10:38

　　为了全面获得和发掘薏苡的基因数据、功能信息以及潜在的SSR标记,本研究采用PacBio SequelTM第三代测序平台对干旱胁迫下薏苡苗期叶片进行全长转录组测序与分析,获得总计98 858条非冗余的高质量Unigenes,其平均长度为2 318 bp,1 kb以上Unigenes占91.74%。利用BLAST等软件在NR、Swiss Prot、eggNOG、GO和KEGG等公共数据中注释了90 339个Unigenes,占91.50%。NR注释表明,在90 093个被注释的Unigenes中,与之匹配数量最多是来源于高粱的序列,其次是玉米和谷子,这与它们之间在进化上的亲缘关系相一致。GO注释显示,34 765个Unigenes被注释到生物过程、细胞组分和分子功能等三大类别;eggNOG注释的89 158条Unigenes分属于25个功能聚类;KEGG代谢通路分析表明,30 579个Unigenes被注释到133条已知代谢通路,其中,1 884条Unigenes涉及信号转导和环境适应途径,包括植物激素信号转导途径、MAPK信号途径和植物-病原互作信号途径,上述代谢通路或途径均与植物响应干... 

【文章来源】：分子植物育种. 2020,18(15)北大核心CSCD

【文章页数】：16 页

【文章目录】：
1 结果与分析
    1.1 全长转录组测序与序列分析
    1.2 Unigenes功能注释与分析
        1.2.1 NR注释分析
        1.2.2 GO功能注释
        1.2.3 eggNOG功能分类
        1.2.4 KEGG代谢途径分析
    1.3 Unigenes简单重复序列(SSR)预测分析
2 讨论
3 材料与方法
    3.1 试验材料及干旱处理
    3.2 RNA提取、转录组文库构建、测序及组装
    3.3 Unigenes功能注释与分类
    3.4 SSR位点信息预测分析
作者贡献


【参考文献】：
期刊论文
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[2]不同比例大黑山薏苡草粉饲粮对生长肉兔生长性能、养分表观消化率和屠宰性能的影响[J]. 田刚,鲁院院,余冰,向素梅,曾绘锦,蔡景义,周树峰.  动物营养学报. 2018(05)
[3]植物适应逆境胁迫研究进展[J]. 何凌仙子,贾志清,刘涛,李清雪,张友焱,冯莉莉,杨凯悦,杨德福,赵雪彬.  世界林业研究. 2018(02)
[4]饲用薏苡开发及其高产栽培技术[J]. 何录秋,杨学乐,王芳.  耕作与栽培. 2017(06)
[5]薏苡的营养特性研究[J]. 谈嫚嫚,陈振林,熊善柏,赵思明,薛冰莹.  中国粮油学报. 2017(09)
[6]薏苡种质资源苗期抗旱性鉴定及抗旱指标筛选[J]. 汪灿,周棱波,张国兵,张立异,徐燕,高旭,姜讷,邵明波.  中国农业科学. 2017(15)
[7]薏苡种质资源成株期抗旱性鉴定及抗旱指标筛选[J]. 汪灿,周棱波,张国兵,张立异,徐燕,高旭,姜讷,邵明波.  作物学报. 2017(09)
[8]薏苡功能性成分研究进展[J]. 邓素芳,应朝阳,杨有泉,林忠宁,陈敏.  中国农学通报. 2017(12)
[9]植物干旱胁迫响应机制研究进展——从表型到分子[J]. 沈少炎,吴玉香,郑郁善.  生物技术进展. 2017(03)
[10]植物应答非生物胁迫的蛋白质组学研究进展[J]. 付晨熙,肖自华,高飞,周宜君.  基因组学与应用生物学. 2016(12)



本文编号：3204059