基于lncRNA测序分析K型细胞质温敏雄性不育小麦KTM3315A的育性转换分子机理
发布时间：2021-06-05 18:09
KTM3315A属于非1B/1R类型的K型小麦雄性不育系,具有粘果山羊草的细胞质背景,含有莫迦小麦1BS染色体上的T型育性恢复基因Rf3和K型育性恢复基因rfv1,其育性具有生态敏感性,属YM型小麦温敏细胞质雄性不育系,在小麦两系杂交育种中具有一定的应用潜力,已有学者对其形态及生理做出相关研究,但是其育性转换的分子机制仍然尚待研究。本实验的目的在于通过多方面分析验证,初步揭示KTM3315A的育性转换分子机理,为更有效地利用和改善KTM3315A提供理论依据,也期望为小麦温敏雄性不育系的研究有所贡献。本实验利用在不同温度条件下的不育系KTM3315A在育性转换关键时期的花药进行lncRNA测序分析,旨在通过生物信息学分析差异表达mRNA,对其进行功能富集分析,确定育性转换的候选基因和关键代谢通路;并通过分析lncRNA的测序结果,对lncRNA的靶基因进行预测,根据靶基因差异表达情况进行生物信息学分析,推测lncRNA调控育性转换的作用机制;除此之外还对三个发育时期的育性转换相关基因进行了qRT-PCR测定。获得以下研究结果:1、完成6个样品的长链非编码RNA测序,共获得72.72Gb...
【文章来源】：西北农林科技大学陕西省 211工程院校 985工程院校 教育部直属院校
【文章页数】：73 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
KTM3315A在不同育性条件下（AF：A-C，AS：D-F）植物花药和雌蕊外部形态特征的比较
5A 在不同育性条件下（AF：A-C，AS：D-F）植物花药和雌蕊外部A，D：单核晚期；B，E：二核期；C，F：三核期 Bar，0.5mmrison of plant anther and pistil external morphological characteristicsunder the different fertility condition (AF: A-C, AS: D-F) uninucleate stage；B,E： binucleate stage；C,F： trinucleate stage
2-3 不同育性条件下（AF：A-E，AS：F-J）的 KTM3315A 的花粉细胞的 DAPI 染色A，F：四分体; B，G：单核早期; C，H：单核晚期; D，I：二核期; E，J：三核期ig. 2-3 Comparison of DAPI-stained of pollen of KTM3315A under the different fertility co-E, AS: F-J). A，F：tetrad stage；B，G：early uninucleate stage；C，H： later uninucleaD，I：binucleate stage；E，J：trinucleate stage 测序质量的评估估测序质量主要根据以下几个指标：Total Reads：按单端计算的 Clean Readed Reads：比对到参考基因组上的 Reads 数目及在 Clean Reads 中占的百分比ed Reads：比对到参考基因组唯一位置的 Reads 数目及在 Clean Reads 中占C（%）：Clean Data GC 含量，是指总碱基中 G 和 C 两种碱基的百分比；N中未分辨碱基占的百分比；Q30（%）：质量值大于或等于 Q30 的碱基占比。比对效率指比对上的 Reads 占 Clean Reads 的百分比，是数据利用率。经过测序质量控制，共得到 72.72Gb Clean Data，各样品 Clean Data Gb，Q30 碱基百分比在 95.52%及以上，GC 含量范围从 53.89 到 55.06，各 与参考基因组的比对效率从 65.85%到 70.51%不等。每个样本的数据输出
【参考文献】：
期刊论文
[1]溶藻弧菌TssJ基因的原核表达及多克隆抗体制备[J]. 范雪亭,许悦,孙云,周永灿,王世锋,谢珍玉. 海南大学学报(自然科学版). 2016(02)
[2]基于改进型鱼群算法的番茄光环境调控目标值模型[J]. 胡瑾,闫柯,何东健,张海辉,辛萍萍,陶彦蓉. 农业机械学报. 2016(01)
[3]LncRNA与miRNA的交互作用及调控机制对肿瘤发生与发展过程的影响[J]. 芮强,何震宇. 医学综述. 2015(09)
[4]茉莉素调控植物生长发育的研究进展[J]. 冯孟杰,徐恒,张华,朱英. 植物生理学报. 2015(04)
[5]小麦经济价值及栽培特性分析[J]. 孙小龙. 北京农业. 2015(02)
[6]atp1基因在小麦BNS雄性不育系和自身转换系中的差异表达[J]. 赵大华,孙慧慧,于同英,李友勇. 生命科学研究. 2014(06)
[7]2013年中国植物科学若干领域重要研究进展[J]. 袁明,瞿礼嘉,王小菁,钱前,杨维才,王台,孔宏智,蒋高明,种康. 植物学报. 2014(04)
[8]植物的环境信号分子茉莉酸及其生物学功能[J]. 李梦莎,阎秀峰. 生态学报. 2014(23)
[9]花粉壁发育相关基因的研究进展[J]. 马伯军,刘程捷,陈析丰,程祝宽. 浙江师范大学学报(自然科学版). 2013(04)
[10]Draft genome of the wheat A-genome progenitor Triticum urartu[J]. Science Foundation in China. 2013(02)
博士论文
[1]电针深刺“腰突五穴”有效治疗腰椎间盘突出症的数字基因表达谱及分子网络研究[D]. 王奕力.北京中医药大学 2016
[2]GSN抑制肝癌细胞凋亡并促进肝癌细胞浸润转移的研究[D]. 周怡.广西医科大学 2014
硕士论文
[1]基于二代测序的转录组数据分析方法的比较研究[D]. 石浩然.四川农业大学 2016
[2]芥菜抗芜菁花叶病毒种质鉴定与抗性基因定位研究[D]. 马伟伟.浙江大学 2015
[3]小麦BNS温敏雄性不育相关蛋白及基因的差异表达分析[D]. 苏晴.河南科技学院 2012
[4]基于RNA-Seq技术的人转录组分析研究[D]. 陈超.中南大学 2011
[5]棉花细胞质雄性不育系线粒体基因组细菌人工染色体文库的构建及其鉴定[D]. 代培红.新疆农业大学 2007
[6]激素及其相关酶与棉花细胞质雄性不育的关系[D]. 解海岩.浙江大学 2006
[7]大豆雄性不育恢复育性相关基因AFLP差异片段的筛选、克隆和SCAR转换[D]. 王青山.华南热带农业大学 2006
本文编号：3212651
【文章来源】：西北农林科技大学陕西省 211工程院校 985工程院校 教育部直属院校
【文章页数】：73 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
KTM3315A在不同育性条件下（AF：A-C，AS：D-F）植物花药和雌蕊外部形态特征的比较
5A 在不同育性条件下（AF：A-C，AS：D-F）植物花药和雌蕊外部A，D：单核晚期；B，E：二核期；C，F：三核期 Bar，0.5mmrison of plant anther and pistil external morphological characteristicsunder the different fertility condition (AF: A-C, AS: D-F) uninucleate stage；B,E： binucleate stage；C,F： trinucleate stage
2-3 不同育性条件下（AF：A-E，AS：F-J）的 KTM3315A 的花粉细胞的 DAPI 染色A，F：四分体; B，G：单核早期; C，H：单核晚期; D，I：二核期; E，J：三核期ig. 2-3 Comparison of DAPI-stained of pollen of KTM3315A under the different fertility co-E, AS: F-J). A，F：tetrad stage；B，G：early uninucleate stage；C，H： later uninucleaD，I：binucleate stage；E，J：trinucleate stage 测序质量的评估估测序质量主要根据以下几个指标：Total Reads：按单端计算的 Clean Readed Reads：比对到参考基因组上的 Reads 数目及在 Clean Reads 中占的百分比ed Reads：比对到参考基因组唯一位置的 Reads 数目及在 Clean Reads 中占C（%）：Clean Data GC 含量，是指总碱基中 G 和 C 两种碱基的百分比；N中未分辨碱基占的百分比；Q30（%）：质量值大于或等于 Q30 的碱基占比。比对效率指比对上的 Reads 占 Clean Reads 的百分比，是数据利用率。经过测序质量控制，共得到 72.72Gb Clean Data，各样品 Clean Data Gb，Q30 碱基百分比在 95.52%及以上，GC 含量范围从 53.89 到 55.06，各 与参考基因组的比对效率从 65.85%到 70.51%不等。每个样本的数据输出
【参考文献】：
期刊论文
[1]溶藻弧菌TssJ基因的原核表达及多克隆抗体制备[J]. 范雪亭,许悦,孙云,周永灿,王世锋,谢珍玉. 海南大学学报(自然科学版). 2016(02)
[2]基于改进型鱼群算法的番茄光环境调控目标值模型[J]. 胡瑾,闫柯,何东健,张海辉,辛萍萍,陶彦蓉. 农业机械学报. 2016(01)
[3]LncRNA与miRNA的交互作用及调控机制对肿瘤发生与发展过程的影响[J]. 芮强,何震宇. 医学综述. 2015(09)
[4]茉莉素调控植物生长发育的研究进展[J]. 冯孟杰,徐恒,张华,朱英. 植物生理学报. 2015(04)
[5]小麦经济价值及栽培特性分析[J]. 孙小龙. 北京农业. 2015(02)
[6]atp1基因在小麦BNS雄性不育系和自身转换系中的差异表达[J]. 赵大华,孙慧慧,于同英,李友勇. 生命科学研究. 2014(06)
[7]2013年中国植物科学若干领域重要研究进展[J]. 袁明,瞿礼嘉,王小菁,钱前,杨维才,王台,孔宏智,蒋高明,种康. 植物学报. 2014(04)
[8]植物的环境信号分子茉莉酸及其生物学功能[J]. 李梦莎,阎秀峰. 生态学报. 2014(23)
[9]花粉壁发育相关基因的研究进展[J]. 马伯军,刘程捷,陈析丰,程祝宽. 浙江师范大学学报(自然科学版). 2013(04)
[10]Draft genome of the wheat A-genome progenitor Triticum urartu[J]. Science Foundation in China. 2013(02)
博士论文
[1]电针深刺“腰突五穴”有效治疗腰椎间盘突出症的数字基因表达谱及分子网络研究[D]. 王奕力.北京中医药大学 2016
[2]GSN抑制肝癌细胞凋亡并促进肝癌细胞浸润转移的研究[D]. 周怡.广西医科大学 2014
硕士论文
[1]基于二代测序的转录组数据分析方法的比较研究[D]. 石浩然.四川农业大学 2016
[2]芥菜抗芜菁花叶病毒种质鉴定与抗性基因定位研究[D]. 马伟伟.浙江大学 2015
[3]小麦BNS温敏雄性不育相关蛋白及基因的差异表达分析[D]. 苏晴.河南科技学院 2012
[4]基于RNA-Seq技术的人转录组分析研究[D]. 陈超.中南大学 2011
[5]棉花细胞质雄性不育系线粒体基因组细菌人工染色体文库的构建及其鉴定[D]. 代培红.新疆农业大学 2007
[6]激素及其相关酶与棉花细胞质雄性不育的关系[D]. 解海岩.浙江大学 2006
[7]大豆雄性不育恢复育性相关基因AFLP差异片段的筛选、克隆和SCAR转换[D]. 王青山.华南热带农业大学 2006
本文编号：3212651
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