巴西木薯种质资源农艺性状的GWAS分析
发布时间：2021-07-06 14:55
木薯作为一种典型的多年生灌木植物,以其高生物量、抗贫瘠、抗病虫害、耐干旱等特点,被广泛运用于食用、饲用上。而且还被广泛运用于生产加工上,如造纸、纺织、淀粉生产及生物燃料生产等。虽然目前木薯的育种体系已经较为成熟,但传统的育种手段已经不能满足生产和生活的需求。因为传统育种的育种周期长,而且由于木薯基因组具有高度杂合的特性。这种杂合性虽然增加了木薯遗传变异的丰富程度,但同时也增加了木薯培育过程的难度,所以通过分子标记辅助育种来挖掘控制优良性状的等位基因对于木薯的遗传改良有重要意义。本研究中的实验群体来源于巴西不同地方的192份栽培木薯品种,共考察了包括株高、地上部分产量、鲜薯产量、产量指数、干物质含量、淀粉产量在内的6种数量性状,进行了12个不同环境的表型鉴定,并测量和记录了表型观测值。随后,对考察的表型性状进行统计分析,并采取最佳线性无偏预测法（BLUP）对不同性状的育种值进行估算,然后利用BLUP计算过程中产生的数据对广义遗传力（H2）进行了估算。同时,提取该巴西木薯群体中的木薯基因组DNA,利用AFSM（扩增片段单核苷酸多态性和甲基化）技术对DNA进行简化测序,...
【文章来源】：广西大学广西壮族自治区 211工程院校
【文章页数】：76 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
图3-16个数量性状BLUP值的频率分布直方图
硕士学位论文巴西木薯种质资源农艺性状的GWAS分析24验使用的192份巴西栽培种木薯进行群体遗传结构的分析。当亚群数K值范围设置为1到12，计算在不同K值下的CVerror值。当K从1到2时，CVerror值迅速减小；K从2到4时，CVerror值逐渐增加；当K从4到9时，CVerror值又逐渐减小并趋于平缓；当K大于9时，CVerror值又出现一定的增幅(图3-2)。由此结果可知：当K等于9时，CVerror值最小，因此9是最恰当的亚群数，所以我们通过该结果将巴西栽培种木薯群体分为9个亚群，分别是亚群1、亚群2、亚群3、亚群4、亚群5、亚群6、亚群7、亚群8、亚群9(subgroup1-subgroup9)。图3-2ADMIXTURE软件分析得到的CVerror值Figure3-2CVerrorvalueanalyzedbyADMIXTUREsoftware通过ADMIXTURE软件计算得到的每个个体该9个亚群中的Q值，将每个个体划分至Q值最大时位于的亚群，因此确定每个亚群中的木薯材料（图3-3）。经过统计，9个亚群中包含的木薯材料分别是3份、22份、27份、6份、20份、25份、24份、12份和53份。图3-3K=9时的群体结构Figure3-3PopulationstructurebasedonK=9注：在该群体结构中，每个个体用一根带有9种不同颜色的线条表示，根据颜色的占比来推断该个体属于的亚群，红、橙、草绿、绿、蓝绿、浅蓝、深蓝、紫和紫红色分别代表亚群1-亚群9.
硕士学位论文巴西木薯种质资源农艺性状的GWAS分析24验使用的192份巴西栽培种木薯进行群体遗传结构的分析。当亚群数K值范围设置为1到12，计算在不同K值下的CVerror值。当K从1到2时，CVerror值迅速减小；K从2到4时，CVerror值逐渐增加；当K从4到9时，CVerror值又逐渐减小并趋于平缓；当K大于9时，CVerror值又出现一定的增幅(图3-2)。由此结果可知：当K等于9时，CVerror值最小，因此9是最恰当的亚群数，所以我们通过该结果将巴西栽培种木薯群体分为9个亚群，分别是亚群1、亚群2、亚群3、亚群4、亚群5、亚群6、亚群7、亚群8、亚群9(subgroup1-subgroup9)。图3-2ADMIXTURE软件分析得到的CVerror值Figure3-2CVerrorvalueanalyzedbyADMIXTUREsoftware通过ADMIXTURE软件计算得到的每个个体该9个亚群中的Q值，将每个个体划分至Q值最大时位于的亚群，因此确定每个亚群中的木薯材料（图3-3）。经过统计，9个亚群中包含的木薯材料分别是3份、22份、27份、6份、20份、25份、24份、12份和53份。图3-3K=9时的群体结构Figure3-3PopulationstructurebasedonK=9注：在该群体结构中，每个个体用一根带有9种不同颜色的线条表示，根据颜色的占比来推断该个体属于的亚群，红、橙、草绿、绿、蓝绿、浅蓝、深蓝、紫和紫红色分别代表亚群1-亚群9.
【参考文献】：
期刊论文
[1]木薯食品研究进展[J]. 易拓,黄娟,雷雅杰,宋勇. 美食研究. 2019(02)
[2]木薯种质资源在云南的形态多样性及其形态标记聚类分析[J]. 李月仙,刘倩,严炜,宋记明,段春芳,沈绍斌,张林辉,娄予强,刘光华. 华中农业大学学报. 2018(03)
[3]Core Collection of Cassava（Manihot esculenta Crantz）Germplasm[J]. Zusheng WEI,Haitian FU,Yinong TIAN. Agricultural Biotechnology. 2016(04)
[4]植物关联分析方法的研究进展[J]. 冯建英,温阳俊,张瑾,章元明. 作物学报. 2016(07)
[5]利用SSR标记分析木薯遗传多样性[J]. 王明,肖鑫辉,安飞飞,万仲卿,应东山,王琴飞,张如莲,李开绵,叶剑秋. 热带农业科学. 2015(11)
[6]中国木薯育种研究进展[J]. 严华兵,叶剑秋,李开绵. 中国农学通报. 2015(15)
[7]木薯分子标记遗传连锁图谱的构建及相关性状QTL定位[J]. 陈青,夏志强,陈新,卢诚,王宇阳,王文泉. 热带作物学报. 2013(05)
[8]中国热带作物种质资源保护研究现状与思考[J]. 李琼,陈业渊,刘建玲,何云,李洪立,孙娟,田新民. 热带作物学报. 2011(11)
[9]基于EST-SSR的木薯分子标记遗传连锁图谱的构建[J]. 孙湘来,陈新,文明富,卢诚,周玉飞,王文泉. 中国农学通报. 2011(09)
[10]木薯种质资源的遗传多样性分析与评价[J]. 齐兰,王文泉,张振文,叶剑秋,安飞飞,李开绵. 热带作物学报. 2010(10)
博士论文
[1]利用连锁和全基因组关联分析鉴定花生株型相关性状的QTLs[D]. 李丽.河北农业大学 2019
[2]木薯种质资源综合评价及主要农艺性状的全基因组关联分析[D]. 张圣奎.华中农业大学 2018
硕士论文
[1]木薯初级分子遗传图谱构建[D]. 付瑜华.华南热带农业大学 2007
本文编号：3268453
【文章来源】：广西大学广西壮族自治区 211工程院校
【文章页数】：76 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
图3-16个数量性状BLUP值的频率分布直方图
硕士学位论文巴西木薯种质资源农艺性状的GWAS分析24验使用的192份巴西栽培种木薯进行群体遗传结构的分析。当亚群数K值范围设置为1到12，计算在不同K值下的CVerror值。当K从1到2时，CVerror值迅速减小；K从2到4时，CVerror值逐渐增加；当K从4到9时，CVerror值又逐渐减小并趋于平缓；当K大于9时，CVerror值又出现一定的增幅(图3-2)。由此结果可知：当K等于9时，CVerror值最小，因此9是最恰当的亚群数，所以我们通过该结果将巴西栽培种木薯群体分为9个亚群，分别是亚群1、亚群2、亚群3、亚群4、亚群5、亚群6、亚群7、亚群8、亚群9(subgroup1-subgroup9)。图3-2ADMIXTURE软件分析得到的CVerror值Figure3-2CVerrorvalueanalyzedbyADMIXTUREsoftware通过ADMIXTURE软件计算得到的每个个体该9个亚群中的Q值，将每个个体划分至Q值最大时位于的亚群，因此确定每个亚群中的木薯材料（图3-3）。经过统计，9个亚群中包含的木薯材料分别是3份、22份、27份、6份、20份、25份、24份、12份和53份。图3-3K=9时的群体结构Figure3-3PopulationstructurebasedonK=9注：在该群体结构中，每个个体用一根带有9种不同颜色的线条表示，根据颜色的占比来推断该个体属于的亚群，红、橙、草绿、绿、蓝绿、浅蓝、深蓝、紫和紫红色分别代表亚群1-亚群9.
硕士学位论文巴西木薯种质资源农艺性状的GWAS分析24验使用的192份巴西栽培种木薯进行群体遗传结构的分析。当亚群数K值范围设置为1到12，计算在不同K值下的CVerror值。当K从1到2时，CVerror值迅速减小；K从2到4时，CVerror值逐渐增加；当K从4到9时，CVerror值又逐渐减小并趋于平缓；当K大于9时，CVerror值又出现一定的增幅(图3-2)。由此结果可知：当K等于9时，CVerror值最小，因此9是最恰当的亚群数，所以我们通过该结果将巴西栽培种木薯群体分为9个亚群，分别是亚群1、亚群2、亚群3、亚群4、亚群5、亚群6、亚群7、亚群8、亚群9(subgroup1-subgroup9)。图3-2ADMIXTURE软件分析得到的CVerror值Figure3-2CVerrorvalueanalyzedbyADMIXTUREsoftware通过ADMIXTURE软件计算得到的每个个体该9个亚群中的Q值，将每个个体划分至Q值最大时位于的亚群，因此确定每个亚群中的木薯材料（图3-3）。经过统计，9个亚群中包含的木薯材料分别是3份、22份、27份、6份、20份、25份、24份、12份和53份。图3-3K=9时的群体结构Figure3-3PopulationstructurebasedonK=9注：在该群体结构中，每个个体用一根带有9种不同颜色的线条表示，根据颜色的占比来推断该个体属于的亚群，红、橙、草绿、绿、蓝绿、浅蓝、深蓝、紫和紫红色分别代表亚群1-亚群9.
【参考文献】：
期刊论文
[1]木薯食品研究进展[J]. 易拓,黄娟,雷雅杰,宋勇. 美食研究. 2019(02)
[2]木薯种质资源在云南的形态多样性及其形态标记聚类分析[J]. 李月仙,刘倩,严炜,宋记明,段春芳,沈绍斌,张林辉,娄予强,刘光华. 华中农业大学学报. 2018(03)
[3]Core Collection of Cassava（Manihot esculenta Crantz）Germplasm[J]. Zusheng WEI,Haitian FU,Yinong TIAN. Agricultural Biotechnology. 2016(04)
[4]植物关联分析方法的研究进展[J]. 冯建英,温阳俊,张瑾,章元明. 作物学报. 2016(07)
[5]利用SSR标记分析木薯遗传多样性[J]. 王明,肖鑫辉,安飞飞,万仲卿,应东山,王琴飞,张如莲,李开绵,叶剑秋. 热带农业科学. 2015(11)
[6]中国木薯育种研究进展[J]. 严华兵,叶剑秋,李开绵. 中国农学通报. 2015(15)
[7]木薯分子标记遗传连锁图谱的构建及相关性状QTL定位[J]. 陈青,夏志强,陈新,卢诚,王宇阳,王文泉. 热带作物学报. 2013(05)
[8]中国热带作物种质资源保护研究现状与思考[J]. 李琼,陈业渊,刘建玲,何云,李洪立,孙娟,田新民. 热带作物学报. 2011(11)
[9]基于EST-SSR的木薯分子标记遗传连锁图谱的构建[J]. 孙湘来,陈新,文明富,卢诚,周玉飞,王文泉. 中国农学通报. 2011(09)
[10]木薯种质资源的遗传多样性分析与评价[J]. 齐兰,王文泉,张振文,叶剑秋,安飞飞,李开绵. 热带作物学报. 2010(10)
博士论文
[1]利用连锁和全基因组关联分析鉴定花生株型相关性状的QTLs[D]. 李丽.河北农业大学 2019
[2]木薯种质资源综合评价及主要农艺性状的全基因组关联分析[D]. 张圣奎.华中农业大学 2018
硕士论文
[1]木薯初级分子遗传图谱构建[D]. 付瑜华.华南热带农业大学 2007
本文编号：3268453
本文链接：https://www.wllwen.com/nykjlw/nzwlw/3268453.html
最近更新
教材专著
