陕A群、陕B群选育的玉米自交系遗传结构及产量的关联分析
发布时间：2021-07-07 14:52
提高产量是玉米育种工作中的首要目标,而育种的关键在于种质资源,我国玉米种质基础狭窄,限制了玉米突破性品种的选育。研究种质的遗传结构,挖掘优异的遗传变异对玉米产量的提高具有重要意义。本试验以陕A群、陕B群选育的122份自交系和4份国内外常用的自交系（PH6WC、4CV、昌7-2、郑58）为材料,对126份自交系进行了tGBS测序和田间试验,通过tGBS测序测得的基因型数据以及杨凌和榆林两点测得的产量数据进行了遗传结构及产量的关联分析旨在指导杂交选育工作及挖掘与产量相关的优异变异。主要结论有:1.通过tGBS测序,总共获得了299,598,955个原始reads,对这些reads进行比对和过滤,按照缺失率≤50%和最小等位基因频率（MAF）≥0.01等条件筛选到了46,046个SNP,平均标记密度为46.7kb,主要分布于内含子区（25%）和基因下游区域（23%）。其中31,983个SNP的MAF≥0.05,为高质量SNP,平均标记密度为65.9kb,内含子和基因下游区域的SNP分布接近50%。2.陕B群自交系比陕A群自交系有更高的平均MAF和多态性信息含量（PIC）,以及更多的特有SNP...
【文章来源】：西北农林科技大学陕西省 211工程院校 985工程院校 教育部直属院校
【文章页数】：57 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
26个自交系的SNP注释
西北农林科技大学硕士学位论文的平均 MAF 值和 PIC 值均低于陕 B 群的。由于陕 B 群自交系有 94 个，陕 A 群自系仅有 32 个，为了避免材料数目的差异对试验结果造成影响，本试验按照陕 A 群自系的材料数，对陕 B 群自交系进行了 10 次随机抽样，计算得到陕 B 群自交系的 MA为 0.161，PIC 为 0.191，仍大于陕 A 群自交系的 MAF 和 PIC 值。
和陕 B 群自交系中的 SNP 位点在染色体上的分布。红色代表色代表陕 B 群特有的 SNP，蓝色代表陕 A 群和陕 B 群共有的 ion of polymorphic loci across the genome in the ShaanAand Shaaf unique SNPs in the ShaanAand Shaan B groups is labelled in redy, and blue represents the SNPs common to the Shaan Aand Shaan 和群体结构分析26 份自交系的亲缘关系，对这些自交系进行两两间亲缘数的变化范围为 0 到 1.03。大约 61.82%的自交系间的亲系的亲缘关系系数在 0.05 到 0.5 之间，1.35%的自交系间，仅有 0.15%的自交系的亲缘关系系数超过 0.7（图4 和 116 之间的亲缘关系最近，紧接着是自交系 74 和 9亲缘关系较远，与已知的系谱一致。
【参考文献】：
期刊论文
[1]烟草乙烯转录因子ERF基因NtTOE3的克隆、载体构建及表达分析[J]. 卓维,陈倩,罗银,杨尚谕,鲁黎明,李立芹. 植物研究. 2018(05)
[2]基于SNP芯片揭示中国玉米育种种质的遗传多样性与群体遗传结构[J]. 赵久然,李春辉,宋伟,王元东,张如养,王继东,王凤格,田红丽,王蕊. 中国农业科学. 2018(04)
[3]SNP检测方法在动物研究中的应用[J]. 赵杰,游新勇,徐贞贞,陈爱亮,赵燕,何雯菁,杨曙明. 农业工程学报. 2018(04)
[4]源于陕A群、陕B群玉米自交系在不同密度条件下配合力分析[J]. 王博新,王亚辉,陈朋飞,刘徐冬雨,冯志前,郝引川,张仁和,张兴华,薛吉全. 作物学报. 2017(09)
[5]番茄GeBP转录因子家族的鉴定及其进化和表达分析[J]. 陈凯,刘金秋,宋海慧,张珍珠,陈秀玲,王傲雪. 分子植物育种. 2017(09)
[6]新疆玉米自交系群体结构和聚类分析[J]. 夏春兰,曹聪,江浩,董国蛟,王沛政. 分子植物育种. 2017(03)
[7]利用高密度SNP标记定位水稻粒形相关QTL[J]. 胡苗,孙志忠,孙学武,谭炎宁,余东,刘瑞芬,袁贵龙,丁佳,袁定阳,段美娟. 杂交水稻. 2015(05)
[8]基于SNP标记技术的糯玉米种质遗传多样性分析[J]. 史亚兴,卢柏山,宋伟,徐丽,赵久然. 华北农学报. 2015(03)
[9]基于SRAP标记的玉米自交系遗传多样性与群体结构分析[J]. 石玲艳,侯建华,张永虎,吕品,王婷婷,杨旭东. 作物杂志. 2015(03)
[10]基于SNP标记的玉米自交系遗传多样性分析[J]. 王文斌,徐淑兔,高杰,张兴华,郭东伟,李向阳,薛吉全. 玉米科学. 2015(02)
博士论文
[1]小麦JRL和DIR基因家族的鉴定与分析[D]. 宋敏.南京农业大学 2013
[2]中国玉米骨干自交系遗传多样性研究[D]. 曹文波.华中师范大学 2008
[3]玉米重要自交系遗传多样性分析及产量相关性状QTL研究[D]. 石云素.中国农业科学院 2008
硕士论文
[1]基于RNA-Seq的小麦产量性状全基因组关联分析[D]. 李洪娜.山东农业大学 2017
[2]马铃薯（Solanum tuberosum L.）试管薯形成相关SNP标记的开发与QTL分析[D]. 杨艳佩.华中农业大学 2016
[3]利用SSR和SNP标记研究玉米自交系的遗传多样性[D]. 吴金凤.吉林农业大学 2014
[4]水稻GEBP家族基因的功能初探[D]. 石蕾.华中农业大学 2013
[5]大豆抗逆相关转录因子基因GmDREB5和GmERF1的特性分析及功能鉴定[D]. 王巧燕.新疆农业大学 2006
本文编号：3269835
【文章来源】：西北农林科技大学陕西省 211工程院校 985工程院校 教育部直属院校
【文章页数】：57 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
26个自交系的SNP注释
西北农林科技大学硕士学位论文的平均 MAF 值和 PIC 值均低于陕 B 群的。由于陕 B 群自交系有 94 个，陕 A 群自系仅有 32 个，为了避免材料数目的差异对试验结果造成影响，本试验按照陕 A 群自系的材料数，对陕 B 群自交系进行了 10 次随机抽样，计算得到陕 B 群自交系的 MA为 0.161，PIC 为 0.191，仍大于陕 A 群自交系的 MAF 和 PIC 值。
和陕 B 群自交系中的 SNP 位点在染色体上的分布。红色代表色代表陕 B 群特有的 SNP，蓝色代表陕 A 群和陕 B 群共有的 ion of polymorphic loci across the genome in the ShaanAand Shaaf unique SNPs in the ShaanAand Shaan B groups is labelled in redy, and blue represents the SNPs common to the Shaan Aand Shaan 和群体结构分析26 份自交系的亲缘关系，对这些自交系进行两两间亲缘数的变化范围为 0 到 1.03。大约 61.82%的自交系间的亲系的亲缘关系系数在 0.05 到 0.5 之间，1.35%的自交系间，仅有 0.15%的自交系的亲缘关系系数超过 0.7（图4 和 116 之间的亲缘关系最近，紧接着是自交系 74 和 9亲缘关系较远，与已知的系谱一致。
【参考文献】：
期刊论文
[1]烟草乙烯转录因子ERF基因NtTOE3的克隆、载体构建及表达分析[J]. 卓维,陈倩,罗银,杨尚谕,鲁黎明,李立芹. 植物研究. 2018(05)
[2]基于SNP芯片揭示中国玉米育种种质的遗传多样性与群体遗传结构[J]. 赵久然,李春辉,宋伟,王元东,张如养,王继东,王凤格,田红丽,王蕊. 中国农业科学. 2018(04)
[3]SNP检测方法在动物研究中的应用[J]. 赵杰,游新勇,徐贞贞,陈爱亮,赵燕,何雯菁,杨曙明. 农业工程学报. 2018(04)
[4]源于陕A群、陕B群玉米自交系在不同密度条件下配合力分析[J]. 王博新,王亚辉,陈朋飞,刘徐冬雨,冯志前,郝引川,张仁和,张兴华,薛吉全. 作物学报. 2017(09)
[5]番茄GeBP转录因子家族的鉴定及其进化和表达分析[J]. 陈凯,刘金秋,宋海慧,张珍珠,陈秀玲,王傲雪. 分子植物育种. 2017(09)
[6]新疆玉米自交系群体结构和聚类分析[J]. 夏春兰,曹聪,江浩,董国蛟,王沛政. 分子植物育种. 2017(03)
[7]利用高密度SNP标记定位水稻粒形相关QTL[J]. 胡苗,孙志忠,孙学武,谭炎宁,余东,刘瑞芬,袁贵龙,丁佳,袁定阳,段美娟. 杂交水稻. 2015(05)
[8]基于SNP标记技术的糯玉米种质遗传多样性分析[J]. 史亚兴,卢柏山,宋伟,徐丽,赵久然. 华北农学报. 2015(03)
[9]基于SRAP标记的玉米自交系遗传多样性与群体结构分析[J]. 石玲艳,侯建华,张永虎,吕品,王婷婷,杨旭东. 作物杂志. 2015(03)
[10]基于SNP标记的玉米自交系遗传多样性分析[J]. 王文斌,徐淑兔,高杰,张兴华,郭东伟,李向阳,薛吉全. 玉米科学. 2015(02)
博士论文
[1]小麦JRL和DIR基因家族的鉴定与分析[D]. 宋敏.南京农业大学 2013
[2]中国玉米骨干自交系遗传多样性研究[D]. 曹文波.华中师范大学 2008
[3]玉米重要自交系遗传多样性分析及产量相关性状QTL研究[D]. 石云素.中国农业科学院 2008
硕士论文
[1]基于RNA-Seq的小麦产量性状全基因组关联分析[D]. 李洪娜.山东农业大学 2017
[2]马铃薯（Solanum tuberosum L.）试管薯形成相关SNP标记的开发与QTL分析[D]. 杨艳佩.华中农业大学 2016
[3]利用SSR和SNP标记研究玉米自交系的遗传多样性[D]. 吴金凤.吉林农业大学 2014
[4]水稻GEBP家族基因的功能初探[D]. 石蕾.华中农业大学 2013
[5]大豆抗逆相关转录因子基因GmDREB5和GmERF1的特性分析及功能鉴定[D]. 王巧燕.新疆农业大学 2006
本文编号：3269835
本文链接：https://www.wllwen.com/nykjlw/nzwlw/3269835.html
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