根际促生菌Serratia marcescens LJL-11缓解紫花苜蓿盐碱胁迫作用的分子机制研究
发布时间：2021-08-27 22:09
盐碱胁迫限制着作物生长和产量,植物根际促生菌（PGPR）通过多种方式促进植物生长发育并抵御盐碱胁迫对植物的影响。Serratia marcescens LJL-11能够在盐碱胁迫下促进紫花苜蓿的生长。本研究利用Illumina Hiseq?4000测序平台对接种或未接种S.marcescens LJL-11的紫花苜蓿（盐碱胁迫下）根组织进行了转录组测序,鉴定在此条件下起重要促生和抗逆作用的关键基因和代谢途径,旨在揭示S.marcescens LJL-11诱导紫花苜蓿盐碱耐受性的分子机制。主要研究结果如下:1.对紫花苜蓿进行转录组测序,共12个样品:3个时间点（0小时、6小时和24小时）、对照与接菌处理。每个样品质量Q30达90%以上,GC含量约41%,测序共获得320.93M reads,经过质检后拼接获得77,788条Unigenes,序列均长为949nt,N50值为1325 nt,与拟南芥和其他豆科物种的同源比对,共55,701（71.6%）条Unigenes获得注释。2.对Unigenes进行GO注释,共注释到42,607个GO条目,对Unigenes的结构进行分析,预测出43,...
【文章来源】：哈尔滨师范大学黑龙江省
【文章页数】：103 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
紫花苜蓿的培养与处理Fig.2-1Schematicpresentationofplantcultivationandtreatment
哈尔滨师范大学硕士学位论文-18-控后的序列进行无参转录组组装。最终共获得了77,788个Unigenes，平均读长为949nt，N50值为1325nt，对Unigenes序列长度进行统计，序列长度≤300nt占14.7%（11,463），300nt＜序列长度≤2000nt占75.8%（58,998），序列长度＞2000nt占9.4%（7,327），组装完整性良好，用于后续的数据分析。统计信息参见表2-3和图2-2。表2-3紫花苜蓿Unigenes的长度描述TABLE2-3SummaryofMedicagosativaUnigeneslengthdescription图2-2紫花苜蓿Unigenes的长度分布（蓝色虚线表示平均读长，粉色虚线表示N50值）Fig.2-2DistributionoftranscriptlengthsintheMedicagosativaUnigenes(Averagelength:949nt(bluedottedline)andN50length:1325nt(pinkdottedline))2.4.3Unigenes功能注释将Unigenes与O’Rourke公布的苜蓿Contigs进行BLASTn序列比对分析，发现它们的序列具有高度的相似性，表明序列组装的结果具有准确性和可靠性，如图2-4所示。此外，将组装的Unigenes进行注释，通过与模式植物拟南芥以及7种不同豆科植物的结合蛋白序列进行BLASTn序列比对，结果共有55,701个Unigene获得注释，占Unigenes总数的71.6％。另外，与拟南芥以及7种不同豆科植物分数据类型Datatype值ValueNumberofUnigenes77,788Numberofsequencesin≤300nt11,463(14.7%)Numberofsequencesin300~2000nt58,998(75.8%)Numberofsequencesin≥2000nt7,327(9.4%)N50value1325ntAveragelengthofUnigenes949nt
第二章紫花苜蓿转录组测序与分析-19-别进行BLASTn序列比对中发现，结果表明与紫花苜蓿近缘种蒺藜苜蓿匹配最高（69.6％，54,105/77,788）；与拟南芥序列匹配最低（2.7％，2,133/77,788），其他豆科植物分别为：红三叶草（49.7％，38,660/77,788）、鹰嘴豆（41.1％，31,976/77,788）、大豆（30.2％，23,472/77,788）、木豆（26.1％，20,310/77,788）、菜豆（23.9％，18,599/77,788）和百脉根（23.2％，18,046/77,788），结果参见图2-3。图2-3紫花苜蓿Unigenes与拟南芥和七种豆科植物的序列相似性比较Fig.2-3SequenceidentitydistributionofMedicagosativaUnigenestoArabidopsisthalianaandsevenleguminousplants
【参考文献】：
期刊论文
[1]土壤盐碱化的危害及改良方法[J]. 张蓉蓉. 现代农业科技. 2019(21)
[2]盐碱胁迫对植物形态和生理生化影响及植物响应的研究进展[J]. 焦德志,赵泽龙. 江苏农业科学. 2019(20)
[3]土壤盐碱化对紫花苜蓿（Medicago sativa L.）生物学特征的影响[J]. 杨洪涛,安丰华,赵丹丹,张璐,朱文东,杨帆,王志春. 土壤与作物. 2019(03)
[4]不同盐碱度对紫花苜蓿产量及品质的影响[J]. 于浩然,贾玉山,贾鹏飞,连直,卢强,李俊峰,王志军,任志花. 中国草地学报. 2019(04)
[5]紫花苜蓿耐苏打盐碱相关基因的转录组学分析[J]. 李红,李波,邬婷婷,杨曌,方志坚,焦德志,孙婴宁. 草地学报. 2019(04)
[6]东北草地野大麦对混合盐碱胁迫的生理响应及转录组分析[J]. 宋士伟,焦德志,杨允菲. 草业科学. 2019(05)
[7]东北苏打盐碱地改良技术的研究[J]. 李健,郭颖杰,王景立. 农业与技术. 2019(01)
[8]盐碱胁迫及植物耐盐碱分子机制研究[J]. 刘奕媺,于洋,方军. 土壤与作物. 2018(02)
[9]盐碱胁迫对紫花苜蓿生长、品质及光合特性的影响[J]. 赵霞,叶林. 江苏农业科学. 2017(21)
[10]Quantitative Analysis of Relationships Between Crack Characteristics and Properties of Soda-saline Soils in Songnen Plain, China[J]. REN Jianhua,LI Xiaojie,ZHAO Kai. Chinese Geographical Science. 2015(05)
博士论文
[1]甜菜适应碱性盐胁迫的生理机制及其转录组分析[D]. 邹春雷.东北农业大学 2019
[2]植物根际促生细菌的筛选及其缓解紫花苜蓿盐碱胁迫的作用研究[D]. 刘佳莉.哈尔滨师范大学 2017
硕士论文
[1]山核桃GH3家族基因的功能初步研究及其在嫁接过程中的表达分析[D]. 徐栋斌.浙江农林大学 2019
[2]蒺藜苜蓿与鹰嘴豆AAAP基因家族的全基因组分析[D]. 曲越.哈尔滨师范大学 2019
[3]NaHCO3模拟盐碱混合胁迫下野生大豆转录组研究[D]. 王洋.东北农业大学 2014
[4]GH3.9基因过表达对拟南芥生长发育的影响研究[D]. 周苹.湖南大学 2013
[5]不同盐碱胁迫条件下玉米根部基因的差异表达谱分析[D]. 曲昕宁.吉林大学 2012
[6]盐碱胁迫下羊草转录组测序及分析[D]. 孙业鹏.吉林农业大学 2012
[7]对水稻GH3基因突变体fly和大叶倾角突变体lla的初步研究[D]. 曹佳.河北师范大学 2008
本文编号：3367187
【文章来源】：哈尔滨师范大学黑龙江省
【文章页数】：103 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
紫花苜蓿的培养与处理Fig.2-1Schematicpresentationofplantcultivationandtreatment
哈尔滨师范大学硕士学位论文-18-控后的序列进行无参转录组组装。最终共获得了77,788个Unigenes，平均读长为949nt，N50值为1325nt，对Unigenes序列长度进行统计，序列长度≤300nt占14.7%（11,463），300nt＜序列长度≤2000nt占75.8%（58,998），序列长度＞2000nt占9.4%（7,327），组装完整性良好，用于后续的数据分析。统计信息参见表2-3和图2-2。表2-3紫花苜蓿Unigenes的长度描述TABLE2-3SummaryofMedicagosativaUnigeneslengthdescription图2-2紫花苜蓿Unigenes的长度分布（蓝色虚线表示平均读长，粉色虚线表示N50值）Fig.2-2DistributionoftranscriptlengthsintheMedicagosativaUnigenes(Averagelength:949nt(bluedottedline)andN50length:1325nt(pinkdottedline))2.4.3Unigenes功能注释将Unigenes与O’Rourke公布的苜蓿Contigs进行BLASTn序列比对分析，发现它们的序列具有高度的相似性，表明序列组装的结果具有准确性和可靠性，如图2-4所示。此外，将组装的Unigenes进行注释，通过与模式植物拟南芥以及7种不同豆科植物的结合蛋白序列进行BLASTn序列比对，结果共有55,701个Unigene获得注释，占Unigenes总数的71.6％。另外，与拟南芥以及7种不同豆科植物分数据类型Datatype值ValueNumberofUnigenes77,788Numberofsequencesin≤300nt11,463(14.7%)Numberofsequencesin300~2000nt58,998(75.8%)Numberofsequencesin≥2000nt7,327(9.4%)N50value1325ntAveragelengthofUnigenes949nt
第二章紫花苜蓿转录组测序与分析-19-别进行BLASTn序列比对中发现，结果表明与紫花苜蓿近缘种蒺藜苜蓿匹配最高（69.6％，54,105/77,788）；与拟南芥序列匹配最低（2.7％，2,133/77,788），其他豆科植物分别为：红三叶草（49.7％，38,660/77,788）、鹰嘴豆（41.1％，31,976/77,788）、大豆（30.2％，23,472/77,788）、木豆（26.1％，20,310/77,788）、菜豆（23.9％，18,599/77,788）和百脉根（23.2％，18,046/77,788），结果参见图2-3。图2-3紫花苜蓿Unigenes与拟南芥和七种豆科植物的序列相似性比较Fig.2-3SequenceidentitydistributionofMedicagosativaUnigenestoArabidopsisthalianaandsevenleguminousplants
【参考文献】：
期刊论文
[1]土壤盐碱化的危害及改良方法[J]. 张蓉蓉. 现代农业科技. 2019(21)
[2]盐碱胁迫对植物形态和生理生化影响及植物响应的研究进展[J]. 焦德志,赵泽龙. 江苏农业科学. 2019(20)
[3]土壤盐碱化对紫花苜蓿（Medicago sativa L.）生物学特征的影响[J]. 杨洪涛,安丰华,赵丹丹,张璐,朱文东,杨帆,王志春. 土壤与作物. 2019(03)
[4]不同盐碱度对紫花苜蓿产量及品质的影响[J]. 于浩然,贾玉山,贾鹏飞,连直,卢强,李俊峰,王志军,任志花. 中国草地学报. 2019(04)
[5]紫花苜蓿耐苏打盐碱相关基因的转录组学分析[J]. 李红,李波,邬婷婷,杨曌,方志坚,焦德志,孙婴宁. 草地学报. 2019(04)
[6]东北草地野大麦对混合盐碱胁迫的生理响应及转录组分析[J]. 宋士伟,焦德志,杨允菲. 草业科学. 2019(05)
[7]东北苏打盐碱地改良技术的研究[J]. 李健,郭颖杰,王景立. 农业与技术. 2019(01)
[8]盐碱胁迫及植物耐盐碱分子机制研究[J]. 刘奕媺,于洋,方军. 土壤与作物. 2018(02)
[9]盐碱胁迫对紫花苜蓿生长、品质及光合特性的影响[J]. 赵霞,叶林. 江苏农业科学. 2017(21)
[10]Quantitative Analysis of Relationships Between Crack Characteristics and Properties of Soda-saline Soils in Songnen Plain, China[J]. REN Jianhua,LI Xiaojie,ZHAO Kai. Chinese Geographical Science. 2015(05)
博士论文
[1]甜菜适应碱性盐胁迫的生理机制及其转录组分析[D]. 邹春雷.东北农业大学 2019
[2]植物根际促生细菌的筛选及其缓解紫花苜蓿盐碱胁迫的作用研究[D]. 刘佳莉.哈尔滨师范大学 2017
硕士论文
[1]山核桃GH3家族基因的功能初步研究及其在嫁接过程中的表达分析[D]. 徐栋斌.浙江农林大学 2019
[2]蒺藜苜蓿与鹰嘴豆AAAP基因家族的全基因组分析[D]. 曲越.哈尔滨师范大学 2019
[3]NaHCO3模拟盐碱混合胁迫下野生大豆转录组研究[D]. 王洋.东北农业大学 2014
[4]GH3.9基因过表达对拟南芥生长发育的影响研究[D]. 周苹.湖南大学 2013
[5]不同盐碱胁迫条件下玉米根部基因的差异表达谱分析[D]. 曲昕宁.吉林大学 2012
[6]盐碱胁迫下羊草转录组测序及分析[D]. 孙业鹏.吉林农业大学 2012
[7]对水稻GH3基因突变体fly和大叶倾角突变体lla的初步研究[D]. 曹佳.河北师范大学 2008
本文编号：3367187
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