贵紫麦1号转录组EST-SSR标记发掘与应用

发布时间：2021-09-07 10:34

　　为了开发新的小麦分子标记,利用前期小麦品种贵紫麦1号的转录组测序结果,对所得序列进行EST-SSR（Expressed sequence tags-simple sequence repeat）标记开发,并对开发的标记进行了染色体定位、多态性筛选。结果表明,在119 572条总Unigenes序列中得到8 749条含SSR位点的EST序列,占7.3%,平均每8.04 kb就会出现1个SSR;EST序列中SSR类型的分布特点为三核苷酸重复类型最多,而五、六核苷酸重复类型出现频次很少,单核苷酸重复以A/T出现频次最多,二核苷酸重复以AG/CT出现频次最多,三核苷酸重复以CCG/CGG出现频次最多;对含SSR位点的EST序列进行引物设计,成功设计出引物的序列有5 503条,占总EST序列的62.9%,从中筛选到341对有效性EST-SSR引物;以中国春为对照,利用16份中国春缺体-四体系材料对341对EST-SSR引物进行染色体定位,共定位153对引物、201个位点,涉及除3A、5A、3B、4B及1D外的16条染色体,其中5B染色体定位引物对最多,达23对;筛选出53对多态性EST-SSR引... 

【文章来源】：河南农业科学. 2020,49(05)北大核心

【文章页数】：16 页

【部分图文】：

部分EST-SSR引物有效性检测的电泳结果

表5 EST-SSR位点分布情况Tab.5 The distribution of EST-SSR sites个 同源群Homologous group 染色体组 Chromosome set 总计 Total A B D 1 21 18 — 39 2 12 12 7 31 3 — — 11 11 4 11 — 9 20 5 — 23 9 32 6 4 11 15 30 7 15 8 15 38 总计 Total 63 72 66 2012.3 52份小麦材料的EST-SSR遗传多样性分析

选用53对在贵紫麦1号和ZY96-3间具有多态性的EST-SSR引物,对52份小麦材料进行PCR扩增检测(图3),能够在52份小麦材料中扩增出稳定清晰且具多态性条带的EST-SSR引物18对(多态率为34%)。由表6可知,18对EST-SSR引物在52份小麦材料中检测到100个等位基因位点,变幅为3～10个,平均等位基因数5.6个;PIC值为0.303～0.791,平均为0.568。引物GZES652的等位基因位点最多,达10个,其PIC值也较高,为0.663;引物GZES529的PIC值最高,达0.791,等位基因位点也较多;引物GZES040的PIC值最低,为0.303,仅3个等位基因位点。

【参考文献】：
期刊论文
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硕士论文
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本文编号：3389391