草木樨属EST-SSR遗传多样性分析及miRNA的鉴定
发布时间：2021-10-20 11:17
草木樨（Melilotus spp.）是重要的豆科牧草,但该草属内的进化、种间关系和遗传多样性等分子水平的研究较少。在植物生长、发育和其他生物过程中,miRNA在转录后的基因表达中起重要的调节作用。本文首次借助草木樨高通量测序数据开发EST-SSR分子标记和研究该引物的通用性,并分析了草木樨属18个种的遗传多样性和种群结构;此外,以香豆素含量差异的白花草木樨（M.albus）种质为材料进行高通量测序,鉴定miRNA以及miRNA差异表达分析。主要研究结果如下:1.利用草木樨EST序列设计得到了18182对SSR引物,根据碱基重复类型、预期片段大小和退火温度等条件筛选出550对EST-SSR引物。在15份白花草木樨种质中评价引物的多态性,共有114对引物表现出了较高的多态性,多态信息含量介于0.160.92之间,平均值为0.79。进一步研究新开发的114对EST-SSR引物在草木樨属18个种的通用性,发现共有70对引物在18个种之间表现出较高的多态性,其通用率为61.4%。基于UPGMA聚类分析,草木樨属18个种可分为三个集群,集群I、II和III分别包含了10、4...
【文章来源】：兰州大学甘肃省 211工程院校 985工程院校 教育部直属院校
【文章页数】：79 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
四个EST-SSR位点（引物21、31、61和392）在不同白花草木樨种质中的电泳分析
18图 2.2 15 份白花草木樨种质基于 114 个 EST-SSR 标记的聚类图Figure 2.2 Dendrogram of 15 M. albus accessions based on 114 EST-SSR markers2.3.5 草木樨属不同种 EST-SSR 引物的通用性分析以 18 个草木樨属物种为研究对象，对新开发的具有高多态性的 114 对白花草木樨 EST-SSR 引物进行引物转移性的研究。结果表明，共有 70 对白花草木樨EST-SSR 引物能够在草木樨属 18 个种中通用，通用率为 61.4%（附表 2），并且具有明显的多态性。由表 2.5 可以看出，具有多态性的 70 对白花草木樨 EST-SSR引物在草木樨属 18 个种 54 个单株中共获得了 411 个等位基因，每对 EST-SSR引物产生 2-11（平均值为 5.87）个等位基因。此外，这 70 个白花草木樨 EST-SSR位点的观测杂合度 HO、期望杂合度 HE和多态信息含量 PIC 的范围分别为 0~1、0.10~0.88 和 0.10~0.87，其平均值分别为 0.11、0.72 和 0.69（表 2.5）。以上结果证明基于白花草木樨 EST 序列数据开发的 SSR 引物具有很好的通用性，可用于
兰州大学硕士研究生学位论文 草木樨属 EST-SSR 遗传多样性分析及 miRNA 的鉴定续表 2.6 利用 70 个 EST-SSR 标记检测草木樨属 18 个种的遗传多样性信息Continue table 2.6 Genetic diversity of 18 Melilotus species detected by 70 EST-SSR markers种Species多态性位点数The numberofpolymorphicloci多态性位点百分比（%）Thepercentage ofpolymorphicloci (%)观测等位基因数Observednumberof alleles有效等位基因数Effectivenumberof allelesNei 基因多样性Nei's(1973)genediversityShannon 信息指数Shannon'sInformationindexM. speciosus15 3.65% 1.037 1.026 0.015 0.021M. spicatus113 27.49% 1.275 1.166 0.100 0.150M. suaveolens34 8.27% 1.083 1.058 0.033 0.048M. sulcatus1 0.24% 1.002 1.002 0.001 0.002M. tauricus40 9.73% 1.097 1.069 0.039 0.057M. wolgicus18 4.38% 1.044 1.030 0.017 0.025
【参考文献】：
期刊论文
[1]基于系谱和SSR标记的高山杜鹃杂交种亲缘关系分析[J]. 张露,王继华,解玮佳,蔡艳飞,宋杰,彭绿春,李树发,李世峰. 西北植物学报. 2016(12)
[2]利用EST-SSR通用性和EST数据库筛选三叶草EST-SSR分子标记[J]. 高雪,王秀华,石香雪,李家丽,赵岩. 中国草地学报. 2016(06)
[3]饲肥兼用草木樨栽培技术要点及利用方式[J]. 唐红琴,李忠义,何铁光,蒙炎成,王瑾. 中国园艺文摘. 2016(08)
[4]植物MicroRNA研究进展[J]. 郑海泽,张红芳. 山西林业科技. 2015(03)
[5]优质牧草、绿肥草木樨的研究进展[J]. 景春梅,刘慧,席琳乔,马春晖. 草业科学. 2014(12)
[6]19份草木樨种质农艺学与品质性状初步评价[J]. 骆凯,狄红艳,张吉宇,王彦荣,李治钱. 草业科学. 2014(11)
[7]大豆种质对花叶病毒病和疫霉根腐病抗病性的SSR标记辅助鉴定[J]. 韩英鹏,赵雪,李修平,滕卫丽,李文滨. 大豆科学. 2014(01)
[8]基于ITS和trnL-trnF序列的草木樨种群遗传多样性研究[J]. 狄红艳,骆凯,张吉宇,段珍,霍雅馨,王彦荣. 西北植物学报. 2014(02)
[9]俄罗斯黄花草木樨开发与利用研究[J]. 林年丰,刘岩岩,汤洁,卞建民,李昭阳,梁爽. 湖北农业科学. 2014(01)
[10]新疆冬小麦套种草木樨效益浅析[J]. 席琳乔,刘慧,马春晖. 草食家畜. 2013(06)
博士论文
[1]基于cpDNA单倍型和SSR分析的银杏群体遗传结构和谱系地理学研究[D]. 闫小玲.浙江大学 2010
硕士论文
[1]草木樨属植物形态学和分子系统进化研究[D]. 狄红艳.兰州大学 2015
[2]偃麦草和中间偃麦草抗旱鉴定及其分子标记辅助筛选[D]. 李雪莲.新疆农业大学 2005
本文编号：3446812
【文章来源】：兰州大学甘肃省 211工程院校 985工程院校 教育部直属院校
【文章页数】：79 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
四个EST-SSR位点（引物21、31、61和392）在不同白花草木樨种质中的电泳分析
18图 2.2 15 份白花草木樨种质基于 114 个 EST-SSR 标记的聚类图Figure 2.2 Dendrogram of 15 M. albus accessions based on 114 EST-SSR markers2.3.5 草木樨属不同种 EST-SSR 引物的通用性分析以 18 个草木樨属物种为研究对象，对新开发的具有高多态性的 114 对白花草木樨 EST-SSR 引物进行引物转移性的研究。结果表明，共有 70 对白花草木樨EST-SSR 引物能够在草木樨属 18 个种中通用，通用率为 61.4%（附表 2），并且具有明显的多态性。由表 2.5 可以看出，具有多态性的 70 对白花草木樨 EST-SSR引物在草木樨属 18 个种 54 个单株中共获得了 411 个等位基因，每对 EST-SSR引物产生 2-11（平均值为 5.87）个等位基因。此外，这 70 个白花草木樨 EST-SSR位点的观测杂合度 HO、期望杂合度 HE和多态信息含量 PIC 的范围分别为 0~1、0.10~0.88 和 0.10~0.87，其平均值分别为 0.11、0.72 和 0.69（表 2.5）。以上结果证明基于白花草木樨 EST 序列数据开发的 SSR 引物具有很好的通用性，可用于
兰州大学硕士研究生学位论文 草木樨属 EST-SSR 遗传多样性分析及 miRNA 的鉴定续表 2.6 利用 70 个 EST-SSR 标记检测草木樨属 18 个种的遗传多样性信息Continue table 2.6 Genetic diversity of 18 Melilotus species detected by 70 EST-SSR markers种Species多态性位点数The numberofpolymorphicloci多态性位点百分比（%）Thepercentage ofpolymorphicloci (%)观测等位基因数Observednumberof alleles有效等位基因数Effectivenumberof allelesNei 基因多样性Nei's(1973)genediversityShannon 信息指数Shannon'sInformationindexM. speciosus15 3.65% 1.037 1.026 0.015 0.021M. spicatus113 27.49% 1.275 1.166 0.100 0.150M. suaveolens34 8.27% 1.083 1.058 0.033 0.048M. sulcatus1 0.24% 1.002 1.002 0.001 0.002M. tauricus40 9.73% 1.097 1.069 0.039 0.057M. wolgicus18 4.38% 1.044 1.030 0.017 0.025
【参考文献】：
期刊论文
[1]基于系谱和SSR标记的高山杜鹃杂交种亲缘关系分析[J]. 张露,王继华,解玮佳,蔡艳飞,宋杰,彭绿春,李树发,李世峰. 西北植物学报. 2016(12)
[2]利用EST-SSR通用性和EST数据库筛选三叶草EST-SSR分子标记[J]. 高雪,王秀华,石香雪,李家丽,赵岩. 中国草地学报. 2016(06)
[3]饲肥兼用草木樨栽培技术要点及利用方式[J]. 唐红琴,李忠义,何铁光,蒙炎成,王瑾. 中国园艺文摘. 2016(08)
[4]植物MicroRNA研究进展[J]. 郑海泽,张红芳. 山西林业科技. 2015(03)
[5]优质牧草、绿肥草木樨的研究进展[J]. 景春梅,刘慧,席琳乔,马春晖. 草业科学. 2014(12)
[6]19份草木樨种质农艺学与品质性状初步评价[J]. 骆凯,狄红艳,张吉宇,王彦荣,李治钱. 草业科学. 2014(11)
[7]大豆种质对花叶病毒病和疫霉根腐病抗病性的SSR标记辅助鉴定[J]. 韩英鹏,赵雪,李修平,滕卫丽,李文滨. 大豆科学. 2014(01)
[8]基于ITS和trnL-trnF序列的草木樨种群遗传多样性研究[J]. 狄红艳,骆凯,张吉宇,段珍,霍雅馨,王彦荣. 西北植物学报. 2014(02)
[9]俄罗斯黄花草木樨开发与利用研究[J]. 林年丰,刘岩岩,汤洁,卞建民,李昭阳,梁爽. 湖北农业科学. 2014(01)
[10]新疆冬小麦套种草木樨效益浅析[J]. 席琳乔,刘慧,马春晖. 草食家畜. 2013(06)
博士论文
[1]基于cpDNA单倍型和SSR分析的银杏群体遗传结构和谱系地理学研究[D]. 闫小玲.浙江大学 2010
硕士论文
[1]草木樨属植物形态学和分子系统进化研究[D]. 狄红艳.兰州大学 2015
[2]偃麦草和中间偃麦草抗旱鉴定及其分子标记辅助筛选[D]. 李雪莲.新疆农业大学 2005
本文编号：3446812
本文链接：https://www.wllwen.com/nykjlw/nzwlw/3446812.html
最近更新
教材专著
