甘蔗着丝粒DNA序列组成及进化分析
发布时间：2021-11-06 03:45
着丝粒是真核生物染色体重要的结构元件。在细胞有丝分裂和减数分裂时期,着丝粒精确调控染色体的配对与分离并维持染色体结构的稳定。植物着丝粒DNA序列主要由卫星序列和反转录转座子构成。着丝粒功能极其保守,但物种间DNA序列的变异性较大,呈现一种快速进化的模式。甘蔗是重要的糖料作物,其糖产量约占全球的四分之三。目前,甘蔗野生种割手密（Saccharum spontaneum）的全基因组测序工作已启动。然而,甘蔗基因组的结构和组成比较复杂,重复序列含量较高,尤其是富含重复序列的着丝粒区域,严重阻碍了其序列拼接和组装工作。我们利用基于序列相似性的重复序列聚类分析方法,获得了甘蔗割手密SES208的全基因组重复序列组成信息。这些信息对甘蔗基因组序列的组装与全面解析具有一定的参考价值。本研究以甘蔗割手密SES208为对象,利用染色质免疫共沉淀并高通量测序技术和生物信息学方法发掘甘蔗着丝粒DNA序列,并借助分子细胞遗传学技术进行序列鉴定。我们获得了割手密SES208着丝粒区域特异的五条DNA序列,揭示了甘蔗着丝粒区域的DNA序列组成,并分析了甘蔗不同种中着丝粒特异DNA序列的分布和演化特征。分析证实,甘...
【文章来源】：福建农林大学福建省
【文章页数】：88 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
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【参考文献】：
期刊论文
[1]端粒与着丝粒——染色体上的高度重复序列区域[J]. 樊起傅,付钰. 科学通报. 2017(27)
[2]高等生物着丝粒序列更新与进化的研究进展[J]. 夏薇,杨耀东,肖勇,周丽霞,李静,马子龙. 江西农业学报. 2014(07)
[3]甘蔗属起源及其与近缘属进化关系研究进展[J]. 方静平,阙友雄,陈如凯. 热带作物学报. 2014(04)
[4]高等植物着丝粒序列的结构与特征研究[J]. 夏薇,李静,周丽霞,杨耀东,肖勇,马子龙. 安徽农业科学. 2014(10)
[5]着丝粒及其在减数分裂中的作用研究进展[J]. 张峰,林娟,赵军. 生物技术进展. 2013(04)
[6]植物着丝粒区串联重复序列的研究进展[J]. 郝薇薇,周岩. 中国农业科技导报. 2013(02)
博士论文
[1]莲藕（Nelumbo nucifera Gaertn.）着丝粒蛋白NnCenH3和着丝粒DNA序列研究[D]. 朱之轩.武汉大学 2015
[2]偃麦草属着丝粒序列组成分析及小麦—十倍体长穗偃麦草广谱抗锈易位系的鉴定[D]. 郝薇薇.中国农业科学院 2012
硕士论文
[1]水稻第8染色体着丝粒区域基因-DCL的功能分析[D]. 郭瑞.扬州大学 2017
[2]川桑着丝粒与端粒重复序列及染色体定位[D]. 王圣.西南大学 2016
[3]小麦及偃麦草属植物着丝粒区功能序列分析[D]. 汤才国.南京农业大学 2014
本文编号：3479099
【文章来源】：福建农林大学福建省
【文章页数】：88 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
图１－３着丝粒卫星序列与反转录转座子起源关系模型［３５］??Ｆｉｇ．?１－３?Ａ?Ｍｏｄｅｌ?ｏｆ?Ｃｅｎｔｒｏｍｅｒｅ?Ｅｖｏｌｕｔｉｏｎ?ｉｎ?ｐｏｔａｔｏ??
图１－４茄属着丝粒进化模型??Ｆｉｇ．?Ｉ?－４?Ｍｏｄｅｌｓ?ｏｆ?ｃｅｎｔｒｏｍｅｒｅ?ｅｖｏｌｕｔｉｏｎ?ｉｎ?ｓｏｌａｎｕｍ?ｓｐｅｃｉｅｓ＾１２３＾??植物４号染色体袓先着丝粒由单拷贝或低拷贝的序列组成，包括低密度的铃薯４号染色体着丝粒主要维持了这种组成。然而在马铃薯野生种（Ｓ＿）中卫星序列（黄色）侵入了?４号染色体着丝粒，并且将原始的着丝粒序列区域。（Ｂ）茄属植物２号染色体祖先着丝粒仅包含单拷贝或低拷贝序列。这种的后代中侵入了不同的卫星重复序列。??ａｎｃｅｓｔｒａｌ?ｃｅｎｔｒｏｍｅｒｅ?ｏｆ?ｃｈｒｏｍｏｓｏｍｅ?４?ｏｆ?Ｓｏｌａｎｕｍ?ｓｐｅｃｉｅｓ?ｃｏｎｔａｉｎｅｄ?ｏｎｌｙ?ｓｉｎｇｌｅ－?ａｕｅｎｃｅｓ，?ｉｎｃｌｕｄｉｎｇ?ｌｏｗ?ｄｅｎｓｉｔｙ?ｏｆ?ｇｅｎｅｓ?（ｒｅｄ?ｖｅｒｔｉｃａｌ?ｂａｒｓ）．?Ｐｏｔａｔｏ?Ｃｅｎ４?ｈａｓｅｄ?ｔｈｉｓ?ＤＮＡ?ｃｏｍｐｏｓｉｔｉｏｎ．?Ｈｏｗｅｖｅｒ，?ａ?ｓａｔｅｌｌｉｔｅ?ｒｅｐｅａｔ?（ｙｅｌｌｏｗ）?ｈａｓ?ｉｎｖａｄｅｄ?ｔｈｅ?Ｃ?ｖｅｒｒｉｉｃｏｓｕｍ，?ｗｈｉｃｈ?ｐｕｓｈｅｄ?ｔｈｅ?ｏｒｉｇｉｎａｌ?ｃｅｎｔｒｏｍｅｒｉｃ?ｓｅｑｕｅｎｃｅｓ?ｉｎｔｏ?ｔｈｅ?ｐｃｒｉｃｃｎｔｒ（Ｂ）?Ｔｈｅ?ａｎｃｅｓｔｒａｌ?ｃｅｎｔｒｏｍｅｒｅ?ｏｆ?ｃｈｒｏｍｏｓｏｍｅ?２?ｏｆ?Ｓｏｌｃｍｕｍ?ｓｐｅｃｉｅｓ?ｃｏｎｔａｉｎｅｄ?ｏｎｌｙｃｏｐｙ?ｓｅｑｕｅｎｃｅｓ．?Ｔｈｉｓ?ｃｅｎｔｒｏｍｅｒｅ?ｈａｓ?ｂｅｅｎ?ｉｎｖａｄｅｄ?ｂｙ?ｄｉｆｆｅｒｅｎｔ?ｓａｔｅｌｌｉｔｅ?ｒｅｐｅａｔｓ?着丝粒和双着丝粒??
序列比对的工具ＣｌｕｓｔａｌＸ以及图像编辑工具Ａｄｏｂｅ?Ｐｈｏｔｏｓｈｏｐ。??２．４．３分析流程??本实验对于甘蔗ＳＥＳ２０８着丝粒ＤＮＡ序列的基本分析流程如图２－２所示。??首先对甘蔗ＳＥＳ２０８着丝粒ＣｈＩＰ和Ｉｎｐｕｔ?ＤＮＡ进行建库测序获得原始数据，并??进行数据质量评价以及质控。然后对甘蔗ＳＥＳ２０８全基因组重复序列进行聚类。??本研宄采用改进的两步法［３５ＨＲ别着丝粒重复序列。第一步，按照一定比例随机选??取?Ｉｎｐｕｔ?ｒｅａｄｓ?利用?ＲｅｐｅａｔＥｘｐｌｏｒｅｒ?（ｈｔｔｐ：／／ｒｅｐｅａｔｅｘｐｌｏｒｅｒ．ｕｍｂｒ．ｃａｓ．ｃｚ／，参数均为??默认值）平台进行重复序列图形聚类分析［１％剛。基于序列相似性将重叠ｒｅａｄｓ组??装成为Ｃｏｎｔｉｇｓ，然后将这些Ｃｏｎｔｉｇｓ聚类成为Ｃｌｕｓｔｅｒｓ，以进行后续分析。第二??２２??
【参考文献】：
期刊论文
[1]端粒与着丝粒——染色体上的高度重复序列区域[J]. 樊起傅,付钰. 科学通报. 2017(27)
[2]高等生物着丝粒序列更新与进化的研究进展[J]. 夏薇,杨耀东,肖勇,周丽霞,李静,马子龙. 江西农业学报. 2014(07)
[3]甘蔗属起源及其与近缘属进化关系研究进展[J]. 方静平,阙友雄,陈如凯. 热带作物学报. 2014(04)
[4]高等植物着丝粒序列的结构与特征研究[J]. 夏薇,李静,周丽霞,杨耀东,肖勇,马子龙. 安徽农业科学. 2014(10)
[5]着丝粒及其在减数分裂中的作用研究进展[J]. 张峰,林娟,赵军. 生物技术进展. 2013(04)
[6]植物着丝粒区串联重复序列的研究进展[J]. 郝薇薇,周岩. 中国农业科技导报. 2013(02)
博士论文
[1]莲藕（Nelumbo nucifera Gaertn.）着丝粒蛋白NnCenH3和着丝粒DNA序列研究[D]. 朱之轩.武汉大学 2015
[2]偃麦草属着丝粒序列组成分析及小麦—十倍体长穗偃麦草广谱抗锈易位系的鉴定[D]. 郝薇薇.中国农业科学院 2012
硕士论文
[1]水稻第8染色体着丝粒区域基因-DCL的功能分析[D]. 郭瑞.扬州大学 2017
[2]川桑着丝粒与端粒重复序列及染色体定位[D]. 王圣.西南大学 2016
[3]小麦及偃麦草属植物着丝粒区功能序列分析[D]. 汤才国.南京农业大学 2014
本文编号：3479099
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