棉花多倍体化进程中非编码RNA的变化

发布时间：2021-11-11 21:39

　　多倍体化不仅给植物基因组带来丰富的遗传变异,而且能增强植物对环境的适应能力,从而促进植物的进化。世界上广为栽培的陆地棉（Gossypium hirsutum）属于锦葵科（Malvaceae）棉属（Gossypium spp.）,是重要的纤维和油料作物,也是仅次于大豆的植物蛋白来源。其基因组组成为AADD,为异源四倍体,由产生较短纤维的A基因组棉种与不产生纺织可用纤维的D基因组野生种雷蒙德氏棉（Gossypium raimondii）多倍化后再经长期进化而形成的,是研究植物基因组多倍体化的模式生物。长链非编码 RNA（Long non-coding RNA,lncRNA）和环状 RNA（Circular RNA,circRNA）是两种广泛存在于动、植物基因组中的非编码RNA,不具备蛋白质编码功能,广泛参与基因组转录后调控。近年来的研究发现,lncRNA和circRNA在维持动植物生长发育、逆境响应和维持基因组稳定等方面发挥重要作用。随着高通量测序技术的发展,大量非编码RNA在不同物种中得到鉴定。非编码RNA正成为功能基因组学研究的热点,然而非编码RNA在植物杂交和多倍体中的动态变化和功能... 

【文章来源】：南京农业大学江苏省 211工程院校 教育部直属院校

【文章页数】：121 页

【学位级别】：博士

【部分图文】：

图１－２陆地棉的进化（Ｚｈａｎｇ，?ｅｔａｌ．?２０１５）??陆地棉栽培种ＴＭ－１，野生类型尤卡坦棉以及两个最近的二倍体祖先供体非洲棉和雷蒙德氏棉的纤??维表型

）两个软件同时拼接。转??录本长度大于２００?ｎｔ。转录本至少需要３个读长支持。使用Ｃｕｆｆｌｉｎｋ软件子程序??ｃｕｆｆｃｏｍｐａｒｅ?（Ｔｒａｐｎｅｌｌ，?ｅｔａｌ．?２０１２）与基因组的注释文件进行比较，鉴定出转录自基因的??间区，基因的反向互补链或者基因的内含子区的转录本，这些转录本分别对应??Ｃｕｆｆｃｏｍｐａｒｅ?（Ｔｒａｐｎｅｌｌ，ｅｔａｌ．?２０１２）的分类?ＩＤ?是“ｕ”，“Ｘ”，”ｉ”。转录本不具备蛋白质编??码活性，ＩｎｃＲＮＡ候选转录本提交??ｌ??辱??图２－１?ＬｎｃＲＮＡ预测流程??Ｆｉｇ．?２－１?Ｔｈｅ?ｓｃｈｅｍａｔｉｃ?ｃｈａｒｔ?ｆｏｒ?ｔｈｅ?ｗｏｒｋ?ｆｌｏｗ?ｏｆ?ＩｎｃＲＮＡ?ｃａｎｄｉｄａｔｅ?ａｓｓｅｍｂｌｉｎｇ．??２３??

中最高的唯一比对率为??８１．５５％?（表２－２），表明采用１２５?ｂｐ的双端读长可以分辨异源四倍体来自ＡＴ，ＤＴ亚??基因组的同源区段。??ａ?ｂ??ｉｎｔｒｏｎｉｃ?ＲＮＡ?ＢＮＡＴ?ｌｉｎｃＲＮＡ??Ｇ．?ａｒｂｏｒｅｕｍ?＼?／?Ｇ．?ｒａｉｍｏｎｄｉｉ??（Ｇａ，?ＡＡ）?（Ｇｒ，?ＤＤ）?删??Ｆ１?ｐ?５０００－??（ＡＤ）?．?呈??、一２５００－??Ｇ．?ｈｉｒｓｕｔｕｍ??（Ｇｈ，?ＡＡＤＤ）?＿?麵?鱷?麵??Ｇａ?Ｇｒ?Ｆ１?Ｇｈ??图２－２鉴／ｅ棉属亚洲棉（Ｇａ）、雷象德氏棉（Ｇｒ）、亚洲棉ｘ雷蒙德氏棉杂种Ｆ丨和陆地棉（Ｇｈ）?ＩｎｃＲＮＡ。??（ａ）本研究所用材料：亚洲棉（Ｇ．＾ｒＺ）〇ｍ／ｗ（Ｇａ＾ＡＡ））雷蒙德氏棉（Ｇ．ｍ／ｍ舰／／／（Ｇｒ，?ＤＤ））和杂??交产生Ｆ＾ＡＤ），陆地棉Ｇ．?（Ｇｈ，ＡＡＤＤ）ｏ（ｂ）四个材料中预测到的ＩｎｃＲＮＡ位点数．ＬｎｃＲＮＡ??分成内含子ＲＮＡ?（ｉｎｔｒｏｎｉｃ?ＲＮＡ），天然反义转录本（ＮＡＴ）和基因间ＩｎｃＲＮＡ?（ｌｉｎｃＲＮＡ）。??Ｆｉｇ．?２－２?Ｉｄｅｎｔｉｆｉｃａｔｉｏｎ?ｏｆ?ＩｎｃＲＮＡ?ｉｎ?Ｇｏｓｓｙｐｉｕｍ?ｓｐｐ．，?Ｇ．?ａｒｂｏｒｅｕｍ，?Ｇ．?ｒａｉｍｏｎｄｉｉ，?（Ｇ．?ａｒｂｏｒｅｕｍ?ｘ?Ｇ．??ｒａｉｍｏｎｄｉｉ）?Ｆｉ?ａｎｄ?Ｇ．?ｈｉｒｓｕｔｕｍ??（ａ）?ｓｃｈｅｍａｔｉｃ?ｃｈａｒｔ?ｏｆ?ｔｈｅ?ｐｌａｎｔ?ｍａｔｅｒｉａｌｓ?ｕｓｅｄ?ｉｎ?ｔｈｉｓ?ｓｔｕｄｙ．?Ｄｉｐｌｏｉｄ?ｓｐｅｃｉｅｓ，?Ｇ．?ａｒｂｏｒｅｕｍ?（Ｇａ，?ＡＡ）?ａｎｄ??Ｇ．?ｒａｉｍｏｎｄｉｉ?


本文编号：3489575