PEG胁迫下玉米转录组差异性分析
发布时间：2021-11-21 20:04
为了明确玉米响应PEG胁迫的关键表达基因,比较PEG胁迫下玉米基因表达的差异,本实验利用RNA-seq对正常灌溉和干旱胁迫的玉米进行转录本测序和数据分析,共获得12 358个差异表达基因,其中5 275个基因为上调表达,7 083个基因为下调表达。对差异表达基因进行COG功能分类,共得到23个不同的COG功能,其中翻译后修饰,蛋白质转换,伴随蛋白681个,占7.74%;信号传导机制功能有转录本675个,占7.67%;转录506个,占5.75%。KEGG通路显著富集到光合作用-天线蛋白、光合生物的固碳作用、卟啉和叶绿素代谢、脂肪酸降解、精氨酸和脯氨酸代谢、磷酸肌醇信号等生命代谢途径。
【文章来源】：种子. 2020,39(02)北大核心
【文章页数】：6 页
【部分图文】：
转录本组装长度分布统计
表3 差异表达基因COG功能分类 Category Functional description number CELLMLARPROCESSESANDSIGNALING Posttranslational modification,protein turnover,chaperones 681 Signal transduction mechanisms 675 IntracellμLar trafficking, secretion,and vesicμLar transport 391 Cytoskeleton 125 Cell wall/membrane/envelope biogenesis 120 Cell cycle control, cell division, chromosome partitioning 79 Defense mechanisms 54 Nuclear structure 1 Cell motility 1 METABOLISM Carbohydrate transport and metabolism 315 Amino acid transport and metabolism 265 Inorganic ion transport and metabolism 185 Energy production and conversion 178 Lipid transport and metabolism 166 Coenzyme transport and metabolism 99 Secondary metabolites biosynthesis,transport and catabolism 73 Nucleotide transport and metabolism 56 INFORMATIONSTORAGEANDPROCESSING Transcription 506 Translation, ribosomal structure and biogenesis 356 Replication, recombination and repair 279 Chromatin structure and dynamics 79 RNA processing and modification 76 POORLYCHARACTERIZED Function unknown 4 0392.5 干旱胁迫下玉米差异表达基因的分析
采用软件Goatools对干旱胁迫处理后玉米的差异表达基因集中的转录本进行GO功能富集分析。结果见图3,可以看出,玉米转录组差异表达基因富集在生物过程、细胞成分、分子功能三大类;差异表达基因富集的前20亚类中生物过程大类中有6个亚类,分别是光合作用、mRNA加工、tRNA代谢过程、ncRNA代谢过程、细胞表面受体信号通路、代谢过程。还富集在细胞成分大类中的8个亚类,分别为叶绿体、质体、细胞质、质体部分、叶绿体的部分、胞质部分、细胞内的部分、细胞部分。分子功能大类的6个亚类得到富集,分别是GTP活性、核糖核酸结合、三磷酸鸟苷结合和鸟苷核糖核苷酸结合、鸟苷核苷酸结合、嘌呤核苷绑定。2.5.2 玉米转录组差异表达基因KEGG功能富集分析
【参考文献】：
期刊论文
[1]河南夏玉米苗期抗旱性评价体系的建立[J]. 刘延波,唐艳彦,王肖行,赵志军,孙西玉,潘春梅. 种子. 2019(09)
[2]基于生理生化指标的玉米杂交种苗期抗旱性评价[J]. 贾晓艳,赵永锋,王亚卿,祝丽英. 种子. 2019(08)
[3]干旱胁迫下过表达TaER小麦的转录组及光合特性分析[J]. 李慧娟,杨阳,常平,郑甲成,陈亮,胡银岗. 麦类作物学报. 2019(08)
[4]杜仲内生拮抗细菌DZSY21诱导玉米抗病基因表达变化的转录组学研究[J]. 王其,陈小洁,顾双月,张欣悦,杭天露,丁婷. 浙江农业学报. 2019(03)
[5]玉米自交系响应花粒期高温胁迫差异表达基因的分析[J]. 李川,乔江方,朱卫红,代书桃,黄璐,张美微,刘京宝. 华北农学报. 2019(01)
[6]玉米抗旱生理生化指标的研究进展[J]. 徐建霞,郑常祥. 农技服务. 2018(04)
[7]水分胁迫下马铃薯叶片光合特性的变化及其响应机制研究[J]. 刘素军,蒙美莲,陈有君,焦瑞枣. 西北农林科技大学学报(自然科学版). 2018(08)
[8]木薯叶片响应干旱胁迫的磷酸化蛋白质组差异分析[J]. 常丽丽,王力敏,郭安平,杨倩,王旭初. 植物生理学报. 2018(01)
[9]转录组的测序方法及应用研究概述[J]. 姚娜,刘秀明,董园园,王南,孟璐璐,李海燕. 北方园艺. 2017(12)
[10]玉米抗旱性功能基因研究进展[J]. 高志勇,谢恒星,王志平,刘史力. 作物研究. 2016(06)
博士论文
[1]高温和干旱胁迫下茶树转录组分析及Histone H1基因的功能鉴定[D]. 王伟东.南京农业大学 2016
[2]香蕉SOD基因家族的全基因组鉴定及功能分析[D]. 冯新.福建农林大学 2016
[3]土壤盐分影响棉花（Gossypium hirsutum L.）生长的生理机制研究[D]. 张国伟.南京农业大学 2011
硕士论文
[1]基于转录组测序技术研究五子衍宗丸对NTDs细胞模型凋亡途径的调控作用[D]. 李瑞雪.山西中医药大学 2019
[2]番茄SYTA的功能及其与Fd Ⅰ互作研究[D]. 潘琪.西南大学 2018
[3]木薯二倍体SC5与其有性四倍体叶片蛋白组学及相关抗逆性比较研究[D]. 孙琪.海南大学 2018
[4]香蕉响应盐胁迫转录组及蛋白质组分析[D]. 吉福桑.海南大学 2017
[5]玉米K305ms突变体花药败育的细胞学观察和差异表达基因分析[D]. 谷荣欢.四川农业大学 2017
本文编号：3510148
【文章来源】：种子. 2020,39(02)北大核心
【文章页数】：6 页
【部分图文】：
转录本组装长度分布统计
表3 差异表达基因COG功能分类 Category Functional description number CELLMLARPROCESSESANDSIGNALING Posttranslational modification,protein turnover,chaperones 681 Signal transduction mechanisms 675 IntracellμLar trafficking, secretion,and vesicμLar transport 391 Cytoskeleton 125 Cell wall/membrane/envelope biogenesis 120 Cell cycle control, cell division, chromosome partitioning 79 Defense mechanisms 54 Nuclear structure 1 Cell motility 1 METABOLISM Carbohydrate transport and metabolism 315 Amino acid transport and metabolism 265 Inorganic ion transport and metabolism 185 Energy production and conversion 178 Lipid transport and metabolism 166 Coenzyme transport and metabolism 99 Secondary metabolites biosynthesis,transport and catabolism 73 Nucleotide transport and metabolism 56 INFORMATIONSTORAGEANDPROCESSING Transcription 506 Translation, ribosomal structure and biogenesis 356 Replication, recombination and repair 279 Chromatin structure and dynamics 79 RNA processing and modification 76 POORLYCHARACTERIZED Function unknown 4 0392.5 干旱胁迫下玉米差异表达基因的分析
采用软件Goatools对干旱胁迫处理后玉米的差异表达基因集中的转录本进行GO功能富集分析。结果见图3,可以看出,玉米转录组差异表达基因富集在生物过程、细胞成分、分子功能三大类;差异表达基因富集的前20亚类中生物过程大类中有6个亚类,分别是光合作用、mRNA加工、tRNA代谢过程、ncRNA代谢过程、细胞表面受体信号通路、代谢过程。还富集在细胞成分大类中的8个亚类,分别为叶绿体、质体、细胞质、质体部分、叶绿体的部分、胞质部分、细胞内的部分、细胞部分。分子功能大类的6个亚类得到富集,分别是GTP活性、核糖核酸结合、三磷酸鸟苷结合和鸟苷核糖核苷酸结合、鸟苷核苷酸结合、嘌呤核苷绑定。2.5.2 玉米转录组差异表达基因KEGG功能富集分析
【参考文献】：
期刊论文
[1]河南夏玉米苗期抗旱性评价体系的建立[J]. 刘延波,唐艳彦,王肖行,赵志军,孙西玉,潘春梅. 种子. 2019(09)
[2]基于生理生化指标的玉米杂交种苗期抗旱性评价[J]. 贾晓艳,赵永锋,王亚卿,祝丽英. 种子. 2019(08)
[3]干旱胁迫下过表达TaER小麦的转录组及光合特性分析[J]. 李慧娟,杨阳,常平,郑甲成,陈亮,胡银岗. 麦类作物学报. 2019(08)
[4]杜仲内生拮抗细菌DZSY21诱导玉米抗病基因表达变化的转录组学研究[J]. 王其,陈小洁,顾双月,张欣悦,杭天露,丁婷. 浙江农业学报. 2019(03)
[5]玉米自交系响应花粒期高温胁迫差异表达基因的分析[J]. 李川,乔江方,朱卫红,代书桃,黄璐,张美微,刘京宝. 华北农学报. 2019(01)
[6]玉米抗旱生理生化指标的研究进展[J]. 徐建霞,郑常祥. 农技服务. 2018(04)
[7]水分胁迫下马铃薯叶片光合特性的变化及其响应机制研究[J]. 刘素军,蒙美莲,陈有君,焦瑞枣. 西北农林科技大学学报(自然科学版). 2018(08)
[8]木薯叶片响应干旱胁迫的磷酸化蛋白质组差异分析[J]. 常丽丽,王力敏,郭安平,杨倩,王旭初. 植物生理学报. 2018(01)
[9]转录组的测序方法及应用研究概述[J]. 姚娜,刘秀明,董园园,王南,孟璐璐,李海燕. 北方园艺. 2017(12)
[10]玉米抗旱性功能基因研究进展[J]. 高志勇,谢恒星,王志平,刘史力. 作物研究. 2016(06)
博士论文
[1]高温和干旱胁迫下茶树转录组分析及Histone H1基因的功能鉴定[D]. 王伟东.南京农业大学 2016
[2]香蕉SOD基因家族的全基因组鉴定及功能分析[D]. 冯新.福建农林大学 2016
[3]土壤盐分影响棉花（Gossypium hirsutum L.）生长的生理机制研究[D]. 张国伟.南京农业大学 2011
硕士论文
[1]基于转录组测序技术研究五子衍宗丸对NTDs细胞模型凋亡途径的调控作用[D]. 李瑞雪.山西中医药大学 2019
[2]番茄SYTA的功能及其与Fd Ⅰ互作研究[D]. 潘琪.西南大学 2018
[3]木薯二倍体SC5与其有性四倍体叶片蛋白组学及相关抗逆性比较研究[D]. 孙琪.海南大学 2018
[4]香蕉响应盐胁迫转录组及蛋白质组分析[D]. 吉福桑.海南大学 2017
[5]玉米K305ms突变体花药败育的细胞学观察和差异表达基因分析[D]. 谷荣欢.四川农业大学 2017
本文编号：3510148
本文链接：https://www.wllwen.com/nykjlw/nzwlw/3510148.html
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