药用野生稻高温、高盐胁迫转录组分析
发布时间：2021-12-10 08:59
药用野生稻（Oryza officinalis）为我国本土野生稻之一,蕴含大量优良农艺性状,是重要的水稻种质资源库。本研究通过对药用野生稻幼苗高温及盐胁迫处理下的转录组数据分析,得到的结果如下。对高温、高盐胁迫及对照组高通量转录组测序,共获得30.28Gb Clean Data,各样品Clean Data均达到3.08Gb以上,Q30在86.06%及以上。对转录组测序所得的7701307条Conting拼接,共得到93339条Transcript和50233条Unigene。长度大于1000的Transcript的数有41159条占Transcript总数的44.09%。长度大于1000的Unigene数有14304条占总数的28.55%,Transcript与Unigene的N50分别为1878bp和1443bp。GO数据库共注释成功26139个Unigene,占Unigene总数的52.04%。其中大于300bp的Unigene个数为21979,占长度大于300bp Unigene总数的62.16%;大于1000bp的Unigene个数为11589占长度大于1000bp Unige...
【文章来源】：华南农业大学广东省
【文章页数】：71 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
药用野生稻高温处理1d至4d表型图
图 2 药用野生稻高盐处理下 1d 至 4d 表型图A、B、C、D 分别为处理 1d、2d、3d、4d 后试验组与对照组幼苗表型图；A、B、C、D瓶中幼苗为处理组，右侧锥形瓶中幼苗为对照组。2 药用野生稻在高温、高盐胁迫下生理指标数据变化分析药用野生稻幼苗在高温、高盐胁迫处理下，蛋白质含量均表现降，其中高盐下的蛋白质含量下降显著（p<0.05）。药用野生稻在高温、高盐胁迫下，其可量、SOD 活力、POD 活力、丙二醛含量及脯氨酸含量均表现上升趋势，其迫、高盐胁迫下的可溶性糖含量及脯氨酸含量相比对照组均极显著升高，高理下的丙二醛含量相比对照组也为极显著增加；药用野生稻幼苗在高温、高 SOD 活力相比对照组显著升高（表 4）。表 4 药用野生稻高温、高盐处理下生理指标测量指标 CK 高温处理 高盐处理
GO 注释分为分子功能（Molecular Function）、细胞组分（Cellular Component）和物学过程（Biological Process）三大类，这三大类中又包括 48 个功能亚类。鉴于同功能可能会被多个 Unigene 注释，而同一 Unigene 又可能注释到多个功能类。GO据库共注释成功 26139 个 Unigene，占 Unigene 总数的 52.04%。其中大于 300bp 的nigene 个数为 21979，占长度大于 300bp Unigene 总数的 62.16%；大于 1000bp 的nigene 个数为 11589 占长度大于 1000bp Unigene 总数的 81.19%。（图 3、4 和 5）。分功能中注释到 Unigene 数量最多的两个个亚类为催化活性（catalytic activity）和结（binding），其所占比例总和明显超过总数的 50%；细胞成分中注释到 Unigene 总排名靠前的三个亚类是细胞组成（cell part）、细胞器（organelle）及细胞（cell），所占比例均明显超过注释到该分类的 10%；而生物过程中成功注释数量前三的亚类细胞途径（cellular process）、代谢途径（metabolic process）以及单有机体过程single-organism process）。
【参考文献】：
期刊论文
[1]植物NAC转录因子功能研究新进展[J]. 陈娜,蒋晶,曹必好,雷建军,陈长明. 分子植物育种. 2015(06)
[2]大豆转录组测序研究进展综述[J]. 刘佳伟,姚丹,赵东海,石放放. 安徽农学通报. 2015(08)
[3]植物非生物胁迫相关的WRKY转录因子研究进展[J]. 冉昆,王少敏,魏树伟,王宏伟. 青岛农业大学学报(自然科学版). 2014(03)
[4]利用广西普通野生稻创新选育抗白叶枯病优质水稻三系不育系[J]. 冯锐,郭辉,秦学毅,邓国富,岑贞陆,刘百龙,张晓丽,邓小翔. 作物杂志. 2014(04)
[5]利用拟南芥鉴定双孢蘑菇Hsp20和Adcs基因的耐温功能[J]. 邓立新,卢钟磊,沈月毛,宋思扬. 厦门大学学报(自然科学版). 2014(02)
[6]野生稻优良基因资源的研究与应用进展[J]. 李莉萍,应东山,张如莲. 热带农业科学. 2014(01)
[7]小分子热激蛋白的研究进展[J]. 郭虹霞,王创云,赵丽,王陆军,王晋,侯雅静,郭晶心. 山西农业科学. 2013(12)
[8]野生稻优良基因资源的发掘、种质创新及利用[J]. 金杰,李绍清,谢红卫,李能武,黄文超,胡骏,王坤,朱仁山,朱英国. 武汉大学学报(理学版). 2013(01)
[9]长雄野生稻（Oryza longistaminata）全基因组Fosmid文库构建[J]. 李丽娟,蔡晶,张石来,王荔,胡凤益. 分子植物育种. 2012(04)
[10]普通野生稻中增产相关QTL的发掘[J]. 吴比,韩忠民,李志新,邢永忠. 遗传. 2012(02)
博士论文
[1]水稻重组自交系的基因型鉴定及栽培稻和药用野生稻基因组序列比较分析[D]. 冯旗.上海交通大学 2010
[2]高温对水稻产量与品质的影响及其生理机制[D]. 曹云英.扬州大学 2009
[3]小盐芥C2H2类锌指蛋白基因ThZF1的克隆及其功能研究[D]. 许守明.中国农业大学 2005
[4]粳稻全基因组物理图谱及非洲野生稻BIBAC/TAC文库的构建[D]. 李亚宁.河北农业大学 2004
[5]药用野生稻基因组文库构建与大片段DNA转化[D]. 何瑞锋.武汉大学 2003
硕士论文
[1]药用野生稻抗逆相关基因的克隆及功能研究[D]. 李红梅.华南农业大学 2016
[2]水稻C2H2型锌指蛋白家族转基因材料的获得及耐冷相关性状分析[D]. 陈莫军.吉林大学 2015
[3]水稻抗稻瘟病基因rbr2的分离和抗白叶枯病基因Xa25（t）的精细定位[D]. 杨红.华中农业大学 2008
[4]江西东乡普通野生稻抗旱渗入系的构建及抗旱基因定位[D]. 周少霞.中国农业大学 2005
本文编号：3532297
【文章来源】：华南农业大学广东省
【文章页数】：71 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
药用野生稻高温处理1d至4d表型图
图 2 药用野生稻高盐处理下 1d 至 4d 表型图A、B、C、D 分别为处理 1d、2d、3d、4d 后试验组与对照组幼苗表型图；A、B、C、D瓶中幼苗为处理组，右侧锥形瓶中幼苗为对照组。2 药用野生稻在高温、高盐胁迫下生理指标数据变化分析药用野生稻幼苗在高温、高盐胁迫处理下，蛋白质含量均表现降，其中高盐下的蛋白质含量下降显著（p<0.05）。药用野生稻在高温、高盐胁迫下，其可量、SOD 活力、POD 活力、丙二醛含量及脯氨酸含量均表现上升趋势，其迫、高盐胁迫下的可溶性糖含量及脯氨酸含量相比对照组均极显著升高，高理下的丙二醛含量相比对照组也为极显著增加；药用野生稻幼苗在高温、高 SOD 活力相比对照组显著升高（表 4）。表 4 药用野生稻高温、高盐处理下生理指标测量指标 CK 高温处理 高盐处理
GO 注释分为分子功能（Molecular Function）、细胞组分（Cellular Component）和物学过程（Biological Process）三大类，这三大类中又包括 48 个功能亚类。鉴于同功能可能会被多个 Unigene 注释，而同一 Unigene 又可能注释到多个功能类。GO据库共注释成功 26139 个 Unigene，占 Unigene 总数的 52.04%。其中大于 300bp 的nigene 个数为 21979，占长度大于 300bp Unigene 总数的 62.16%；大于 1000bp 的nigene 个数为 11589 占长度大于 1000bp Unigene 总数的 81.19%。（图 3、4 和 5）。分功能中注释到 Unigene 数量最多的两个个亚类为催化活性（catalytic activity）和结（binding），其所占比例总和明显超过总数的 50%；细胞成分中注释到 Unigene 总排名靠前的三个亚类是细胞组成（cell part）、细胞器（organelle）及细胞（cell），所占比例均明显超过注释到该分类的 10%；而生物过程中成功注释数量前三的亚类细胞途径（cellular process）、代谢途径（metabolic process）以及单有机体过程single-organism process）。
【参考文献】：
期刊论文
[1]植物NAC转录因子功能研究新进展[J]. 陈娜,蒋晶,曹必好,雷建军,陈长明. 分子植物育种. 2015(06)
[2]大豆转录组测序研究进展综述[J]. 刘佳伟,姚丹,赵东海,石放放. 安徽农学通报. 2015(08)
[3]植物非生物胁迫相关的WRKY转录因子研究进展[J]. 冉昆,王少敏,魏树伟,王宏伟. 青岛农业大学学报(自然科学版). 2014(03)
[4]利用广西普通野生稻创新选育抗白叶枯病优质水稻三系不育系[J]. 冯锐,郭辉,秦学毅,邓国富,岑贞陆,刘百龙,张晓丽,邓小翔. 作物杂志. 2014(04)
[5]利用拟南芥鉴定双孢蘑菇Hsp20和Adcs基因的耐温功能[J]. 邓立新,卢钟磊,沈月毛,宋思扬. 厦门大学学报(自然科学版). 2014(02)
[6]野生稻优良基因资源的研究与应用进展[J]. 李莉萍,应东山,张如莲. 热带农业科学. 2014(01)
[7]小分子热激蛋白的研究进展[J]. 郭虹霞,王创云,赵丽,王陆军,王晋,侯雅静,郭晶心. 山西农业科学. 2013(12)
[8]野生稻优良基因资源的发掘、种质创新及利用[J]. 金杰,李绍清,谢红卫,李能武,黄文超,胡骏,王坤,朱仁山,朱英国. 武汉大学学报(理学版). 2013(01)
[9]长雄野生稻（Oryza longistaminata）全基因组Fosmid文库构建[J]. 李丽娟,蔡晶,张石来,王荔,胡凤益. 分子植物育种. 2012(04)
[10]普通野生稻中增产相关QTL的发掘[J]. 吴比,韩忠民,李志新,邢永忠. 遗传. 2012(02)
博士论文
[1]水稻重组自交系的基因型鉴定及栽培稻和药用野生稻基因组序列比较分析[D]. 冯旗.上海交通大学 2010
[2]高温对水稻产量与品质的影响及其生理机制[D]. 曹云英.扬州大学 2009
[3]小盐芥C2H2类锌指蛋白基因ThZF1的克隆及其功能研究[D]. 许守明.中国农业大学 2005
[4]粳稻全基因组物理图谱及非洲野生稻BIBAC/TAC文库的构建[D]. 李亚宁.河北农业大学 2004
[5]药用野生稻基因组文库构建与大片段DNA转化[D]. 何瑞锋.武汉大学 2003
硕士论文
[1]药用野生稻抗逆相关基因的克隆及功能研究[D]. 李红梅.华南农业大学 2016
[2]水稻C2H2型锌指蛋白家族转基因材料的获得及耐冷相关性状分析[D]. 陈莫军.吉林大学 2015
[3]水稻抗稻瘟病基因rbr2的分离和抗白叶枯病基因Xa25（t）的精细定位[D]. 杨红.华中农业大学 2008
[4]江西东乡普通野生稻抗旱渗入系的构建及抗旱基因定位[D]. 周少霞.中国农业大学 2005
本文编号：3532297
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