基于转录组的竹节参皂苷合成相关基因的克隆与生物信息学分析

发布时间：2021-12-30 03:42

　　竹节参Panax japonicus C.A.Mey为五加科多年生草本植物,其主要化学成分为三萜皂苷。竹节参作为人参属中的重要药材,在我国民族医药中应用十分广泛。随着生物科学的快速发展,相比于传统化药观点,站在微观分子角度看待现象和事物已成为新的切入点。本课题以竹节参根状茎为研究试材,基于Illumina Hi Seq 2000测序平台得到了完整的竹节参转录组数据,完成了原始数据前处理、代谢和功能归类,并发掘整理出参与竹节参皂苷合成代谢的相关功能基因;进一步采用分子克隆方法从竹节参根状茎中真实还原出基因序列,并进行序列重复性比对、蛋白质基本特征、多级结构、遗传进化,定量表达等方面的分析。实验结果如下:1、竹节参转录组原始数据19.6Gbp,初始短读序为66,084,088条,通过质量控制筛选后得到有效短读序52,199,221条,平均长度为76.94bp。使用不参照任何现有序列信息的De novo方法对短读序列进行拼接获得66,404条Unigenes。其中有34,639条和19,739条Unigenes与NR和Swiss Prot数据库中的序列信息相匹配;有26,909条和10,63... 

【文章来源】：武汉轻工大学湖北省

【文章页数】：77 页

【学位级别】：硕士

【部分图文】：

全部Unigene的序列长度区段

GC含量频率分布

GO注释

【参考文献】：
期刊论文
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本文编号：3557405