水稻杂种劣势相关亲本的全基因组重测序及其遗传变异分析

发布时间：2022-10-18 16:10

　　杂种劣势是在产量、生物量以及其它一些农艺性状表现与杂种优势相反的一种现象,而在杂种劣势的相关分子机理研究方面很少受到关注。为了解析杂种劣势的相关分子机理,本研究旨在利用杂种劣势相关的3个粳稻品种‘Aranghyangchalbyeo’（CH7）、‘Sanghaehyangheolua’（CH8）和‘Shinseonchalbyeo’（CH9）进行全基因组重测序,分析全基因组序列变异,解析杂种劣势的遗传基础。通过与粳稻品种‘日本晴’参考基因组的比对分析,在CH7、CH8和CH9基因组中分别获得了574 551个、1 026 428个和792 465个变异位点,包括SNPs和In Dels变异位点。同时,基于基因组的拷贝数变异（CNVs）检测,在CH7、CH8和CH9基因组中分别获得了5 698个、6 872个和6 133个拷贝数变异位点。此外,本研究也发现CH7、CH8和CH9基因组的变异位点在水稻的12条染色体上的分布是不均匀的。这些结果明确了相关基因组中的变异位点信息,为进一步研究杂种劣势的遗传机理提供了基础。 

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【文章目录】：
1 结果与分析
    1.1 全基因组重测序
    1.2 基因组DNA的多态性检测
    1.3 基因组SNP的检测与分析
    1.4 基因组InDel检测与分析
    1.5 基因组CNV检测与分析
    1.6 基因组序列变异在各染色体的分布
2 讨论
3 材料与方法
    3.1 试验材料
    3.2 基因组DNA的提取和文库构建
    3.3 全基因组DNA重测序
    3.4 测序原始数据的过滤以及序列回贴
    3.5 基因组的变异检测和注释
作者贡献



本文编号：3692637