青篱柴转录组高通量测序分析及SSR分子标记的开发

发布时间：2022-12-04 03:45

　　青篱柴具有很好的观赏价值和药用价值,但其基因组信息相对缺乏,导致其分子生物学和基因功能的研究受到限制。为了获得和挖掘青篱柴的基因数据和功能,本研究首次利用新一代高通量测序技术平台Illumina Hi SeqTM2000对青篱柴转录组进行测序,经de novo组装后共得到66755条Unigene。进一步利用七大公共数据库进行Blast同源比对,注释了50339条Unigene。研究发现,558个基因参与了青篱柴次生物质的合成和代谢,其中在甜菜红碱、芥子油苷、类黄酮、单菌霉素和苯丙素生物合成途径中的Unigene分别有2个、18个、44个、70个和231个,这些基因很可能参与了青篱柴药用活性物质的生物合成。对测序结果进行Unigene基因结构分析,共有69388条Unigene获得了CDS预测。同时,转录因子分析结果也为青篱柴的喀斯特环境适应性机制提供了初步线索。为了探讨青篱柴转录组中SSR位点信息,开发青篱柴分子标记技术,采用生物信息学分析软件MISA对所有的Unigene进行SSR位点数据挖掘。共计搜索出22542个SSR位点,分布在18972条Unigene中,出现频率为33.7... 

【文章页数】：71 页

【学位级别】：硕士

【文章目录】：
摘要
Abstract
第一章 文献综述
    1.1 青篱柴及其研究进展
    1.2 高通量转录组测序相关背景介绍
        1.2.1 转录组定义
        1.2.2 测序技术的发展
        1.2.3 转录组测序
    1.3 遗传标记研究进展
        1.3.1 遗传标记
        1.3.2 SSR标记研究进展
    1.4 研究背景、目的及意义
        1.4.1 研究背景
        1.4.2 研究目的和意义
第二章 青篱柴转录组生物信息学分析
    2.1 研究材料
        2.1.1 植物材料
        2.1.2 实验试剂
        2.1.3 实验仪器
    2.2 研究方法
        2.2.1 青篱柴总RNA提取
        2.2.2 总RNA检测
        2.2.3 测序文库构建
        2.2.4 转录组测序
        2.2.5 转录组数据的组装
        2.2.6 转录组数据的分析
    2.3 结果与分析
        2.3.1 RNA提取及质量检测
        2.3.2 转录组测序与组装
        2.3.3 转录组序列的功能注释
        2.3.4 KOG分类
        2.3.5 GO分类
        2.3.6 KEGG代谢通路分析
        2.3.7 编码蛋白框(CDS)预测
        2.3.8 基因转录因子分析
        2.3.9 基因表达水平分析
        2.3.10 SSR分析
    2.4 讨论
第三章 青篱柴SSR分子标记的开发
    3.1 研究材料
        3.1.1 植物材料
        3.1.2 实验试剂
        3.1.3 实验仪器
    3.2 研究方法
        3.2.1 青篱柴DNA提取
        3.2.2 DNA质量的检测
        3.2.3 青篱柴SSR引物合成
        3.2.4 SSR引物筛选与PCR扩增反应
        3.2.5 PCR产物的聚丙烯酰胺凝胶电泳检测
        3.2.6 数据记录和统计分析
    3.3 结果与分析
        3.3.1 DNA提取结果
        3.3.2 青篱柴SSR产物有效性检测
        3.3.3 SSR多态性分析
    3.4 讨论
第四章 全文结论
参考文献
致谢
攻读硕士研究生期间发表论文


【参考文献】：
期刊论文
[1]金钗石斛转录组SSR位点信息分析[J]. 李清,李标,郭顺星.  中国中药杂志. 2017(01)
[2]菠菜转录组SSR位点分析及其分子标记的开发[J]. 潜宗伟,陈海丽,崔彦玲.  农业生物技术学报. 2016(11)
[3]基于转录组测序的茄子SSR标记开发[J]. 魏明明,陈钰辉,刘富中,张映,连勇.  植物遗传资源学报. 2016(06)
[4]菜薹转录组中SSR信息与可用性分析[J]. 李荣华,王直亮,陈静芳,夏岩石,郭培国,张华,Kadambot Siddique.  园艺学报. 2016(09)
[5]下一代基因测序技术新进展[J]. 张小珍,尤崇革.  兰州大学学报(医学版). 2016(03)
[6]鱼腥草转录组SSR位点信息分析及其多态性研究[J]. 黎晓英,刘胜贵,王丹,黄豪兰,龙强,蒋玉红,郭文博,魏麟.  中草药. 2016(10)
[7]蓝靛果忍冬转录组SSR信息分析及其分子标记开发[J]. 张庆田,李晓艳,杨义明,范书田,艾军.  园艺学报. 2016(03)
[8]印度南瓜转录组SSR信息分析及其多态性研究[J]. 王洋洋,单文琪,徐文龙,崔崇士,屈淑平.  园艺学报. 2016(03)
[9]基于ISSR标记的海南油茶种质资源遗传多样性分析[J]. 刘扬,彭赟,贺瑞,李连胜,唐光华,王辰尧,徐敏,曾灿彬,汤华.  分子植物育种. 2016(02)
[10]‘芙蓉李’转录组SSR信息分析与分子标记开发[J]. 方智振,叶新福,周丹蓉,姜翠翠,潘少霖.  果树学报. 2016(04)

硕士论文
[1]棉花染色体细胞学标记的开发及其着丝粒DNA序列的分析[D]. 单文波.福建农林大学 2017
[2]青篱柴（Tirpitzia sinensis）的化学成分研究[D]. 谷荣辉.中央民族大学 2015
[3]柳树转录组高通量测序及SSR标记开发研究[D]. 郑纪伟.南京林业大学 2013
[4]菊花栽培品种遗传多样性的AFLP分析及SSR分子标记的开发[D]. 刘路贤.河南大学 2013
[5]不同海拔天山云杉居群的EST-SSR遗传多样性研究[D]. 籍新波.河北农业大学 2012
[6]落叶松体细胞胚全长cDNA文库构建及转录组研究[D]. 栗婷.中国林业科学研究院 2011
[7]拟南芥种子发育过程转录组深度测序数据的分析[D]. 张琳.福建农林大学 2011
[8]大白菜雄性核不育的细胞学观察及基因定位和AFLP分子标记[D]. 袁鹤.河北农业大学 2009
[9]黑叶猴的觅食生物学和营养分析[D]. 蔡湘文.广西师范大学 2004



本文编号：3707541