棉花SSR与SNP分子标记开发及陆地棉重要性状全基因组关联分析

发布时间：2022-12-25 12:53

　　棉花是世界上最主要的天然纤维来源,也是重要的油料作物。其中陆地棉产量最高,占世界棉花总产量的90%,海岛棉占5-8%。通常认为亚洲棉（A基因组）和雷蒙德氏棉（D基因组）是异源四倍体棉种的两个供体。虽然在棉花中已经进行了很多SSR标记鉴定和引物开发的研究,但由于缺少完整的参考基因组序列,SSR在棉花基因组中的分布仍然不明确,这限制了 SSR标记在棉花基因组研究和分子标记辅助选择育种中的应用。作物中的自然变异主要来源于野生祖先种的自然选择和人工选择,能够适应各种不同环境条件的棉花品种是棉花遗传改良的宝贵资源。我国作为世界上重要的纺织品生产国和消费国,棉花产业在我国国民经济中发挥着无可替代的作用。除了经济价值,陆地棉也是研究多倍化、植物细胞伸长和纤维素合成的模式系统。但是陆地棉的遗传多样性和在品种改良过程中发生的遗传变异并不清楚。随着棉花参考基因组序列的完成,利用高通量基因分型技术可以快速和准确地对大量棉花品种进行重测序,检测棉花表型变异的遗传基础,开展棉花复杂性状的全基因组关联分析和进化研究。理解棉花表型变异的遗传基础和棉花的驯化过程,可以帮助我们更加有效地利用这些多样性的种质资源进行棉花... 

【文章页数】：116 页

【学位级别】：博士

【文章目录】：
摘要
ABSTRACT
主要缩略词表
第一章 文献综述
    1. 棉花分子标记研究进展
        1.1 SSR分子标记研究进展
        1.2 SNP分子标记研究进展
    2. 全基因组关联分析研究进展
        2.1 棉属的分类和进化
        2.2 作物基因组测序研究进展
        2.3 高通量基因分型研究进展
        2.4 作物中的连锁作图
        2.5 全基因组关联分析研究进展
        2.6 自然变异和作物驯化
    3. 本研究的目的与意义
第二章 棉花SSR分子标记发掘及引物开发
    1. 材料与方法
        1.1 数据来源
        1.2 SSR的鉴定
        1.3 统计分析
        1.4 引物设计
        1.5 电子PCR
        1.6 引物多态性评估
    2. 结果与分析
        2.1 SSR开发
        2.2 SSR在基因组中的分布
        2.3 全基因组SSR引物开发
        2.4 SSR引物的验证
    3. 讨论
        3.1 SSR定义标准对结果的影响
        3.2 全基因组SSR标记的应用价值
        3.3 海陆多态性引物
第三章 陆地棉SNP变异检测及重要性状全基因组关联分析
    1. 材料与方法
        1.1 材料的选择和表型调查
        1.2 文库构建和测序
        1.3 SNP鉴定和基因分型
        1.4 SNP准确性验证
        1.5 群体结构分析
        1.6 群体遗传学分析
        1.7 GWAS分析
        1.8 候选基因的鉴定
        1.9 IBD分析
        1.10 Indel和CNV鉴定
    2. 结果与分析
        2.1 SNP变异检测
        2.2 群体结构分析
        2.3 遗传多样性分析
        2.4 全基因组关联分析
        2.5 棉花中的遗传变异
    3. 讨论
        3.1 多性状关联位点
        3.2 我国陆地棉品种的遗传多样性
        3.3 未来棉花种质资源的利用
        3.4 优异等位变异的传递和演化
全文结论
创新点
附录
参考文献
攻读博士学位期间发表的论文
致谢


【参考文献】：
期刊论文
[1]Draft genome of the wheat A-genome progenitor Triticum urartu[J].   Science Foundation in China. 2013(02)
[2]海岛棉EST-SSRs分布特征及新标记的开发与利用[J]. 吕远大,蔡彩平,王磊,林绍艳,赵亮,田亮亮,吕俊宏,张天真,郭旺珍.  科学通报. 2010(19)
[3]雷蒙德氏棉EST-SSRs分布特征及开发与利用[J]. 王长彪,郭旺珍,蔡彩平,张天真.  科学通报. 2006(03)
[4]论我国棉花育种的基础种质[J]. 杜雄明,刘国强,陈光.  植物遗传资源学报. 2004(01)
[5]棉花SRAP遗传连锁图构建[J]. 林忠旭,张献龙,聂以春,贺道华,吴茂清.  科学通报. 2003(15)
[6]建国以来我国棉花品种遗传基础的分子标记分析[J]. 刘文欣,孔繁玲,郭志丽,张群远,彭惠茹,付小琼,杨付新.  遗传学报. 2003(06)
[7]用AFLP技术构建棉花雄性不育三系及其杂种F1的DNA指纹图谱[J]. 朱云国,王学德,李悦有.  棉花学报. 2001(03)
[8]利用RFLP、SSR和RAPD标记构建陆地棉分子标记连锁图（英文）[J]. 左开井,孙济中,张献龙,聂以春,刘金兰,冯纯大.  华中农业大学学报. 2000(03)



本文编号：3726661