马铃薯全基因组转录因子鉴定及cDNA文库构建

发布时间：2023-02-26 05:53

　　马铃薯是重要的粮食作物,但由于多种胁迫的影响全球马铃薯的平均产量远低于理想产量。当马铃薯遭受不利的环境影响时会诱导其体内大量转录因子表达。转录因子是一类具有转录活性的蛋白质,它们可以直接与靶基因启动子区域顺式作用元件结合或与其他蛋白质相互作用形成聚合体,结合在靶基因启动子区域,从而实现激活或抑制靶基因的转录,对靶基因进行精确调控,进而形成转录调控网络,减轻植物在胁迫下的伤害。因此转录因子在植物生长发育和环境适应性过程中起着关键调控作用,明确植物在逆境胁迫下转录因子如何参与多种通路调节马铃薯生长发育,在生产中具有重要意义。马铃薯中虽有关于转录因子研究的零散报道,但均未从全基因组水平对马铃薯转录因子进行研究和解析。为此本研究建立了一个马铃薯全基因组转录因子cDNA文库,首先对马铃薯全基因组转录因子进行鉴定分析,结果表明马铃薯中共有1736个基因编码得到2405个转录因子,根据其结构域序列特征分为56个家族,可知一个基因可能编码2个及以上转录因子,本研究每个基因仅保留一个代表转录因子。以ARF家族为例,ARF家族成员共有33个转录因子,共由18个基因编码得到,其中有10个基因编码了2个及以上...

【文章页数】：120 页

【学位级别】：硕士

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摘要
Abstract
缩略词表
1 前言
    1.1 课题的提出
    1.2 文献综述
        1.2.1 转录因子分类
        1.2.2 转录因子功能相关研究
    1.3 研究目的
2 材料与方法
    2.1 实验材料
        2.1.1 植物材料
        2.1.2 菌株与载体
        2.1.3 引物
    2.2 试验方法
        2.2.1 生物信息学分析
        2.2.2 基因克隆
        2.2.3 载体构建
3 结果与分析
    3.1 马铃薯全基因组转录因子分析
        3.1.1 马铃薯ARF家族转录因子成员鉴定
        3.1.2 马铃薯ARF转录因子染色体定位
        3.1.3 不同物种ARF家族转录因子蛋白系统发生树分析
        3.1.4 马铃薯ARF家族转录因子结构分析
        3.1.5 马铃薯ARF家族转录因子结构域分析
        3.1.6 马铃薯ARF家族转录因子表达模式分析
    3.2 马铃薯全基因组转录因子家族分析
        3.2.1 马铃薯全基因组转录因子概况
        3.2.2 只含有一个结合结构域类家族
        3.2.3 含有辅助结构域或多个结合结构域类家族
        3.2.4 含有结合结构域但不含有禁止结构域类家族
    3.3 马铃薯转录因子文库构建
        3.3.1 马铃薯全基因组转录因子克隆
        3.3.2 马铃薯全基因组转录因子载体构建
        3.3.4 马铃薯全基因组转录因子测序结果比对分析
        3.3.5 马铃薯全基因组转录因子文库构建结果汇总
4 讨论
    4.1 马铃薯全基因组转录因子克隆
    4.2 马铃薯转录因子可变剪切
    4.3 马铃薯全基因组转录因子文库
    4.4 未来研究展望
参考文献
附录
    附图1 StbHLH115基因克隆的不同转录本序列比对分析
    附图2 StbHLH23基因克隆的不同转录本序列比对分析
    附图3 StbHLH63 基因克隆的不同转录本序列比对分析
    附图4 StbHLH11 基因克隆的不同转录本序列比对分析
    附图5 StbHLH110 基因克隆的不同转录本序列比对分析
    附表6 马铃薯全基因组转录因子文库构建完成结果
    附表1 马铃薯ARF家族基因定量引物
    附表2 马铃薯ARF家族基因CDS全长克隆引物序列
    附表3 马铃薯全基因组转录因子文库构建完成结果
    附件清单
致谢



本文编号：3749954