基于怀山药转录组测序的SSR分子标记的开发与应用

发布时间：2023-03-05 13:05

　　怀山药(Dioscorea oppostia Thunb.)是著名的四大怀药之一,铁棍山药乃是怀山药中的优质品种,具有独特的营养价值,但是目前市场上山药品种繁多。从分子水平对山药种质资源进行多样性研究,有助于山药种质资源的分类和山药品种的鉴定。基因组中存在大量的简单重复序列(Simple Sequence Repeat,SSR),该分子标记具有数目多、多态性高、共显性遗传等特点。本研究基于怀山药转录组测序数据采用20种山药材料对SSR分子标记进行开发,并应用开发出的5个分子标记运用相关的生物信息学软件对22种山药进行遗传多样性分析。研究结果如下:1.怀山药转录组中SSR的分布怀山药转录组中SSR的种类丰富,被检测的71739个Unigene中有17405个含SSR位点(发生频率为24.26%),总SSR位点为22425个(出现频率为31.26%),其中单碱基占54.01%、二碱基占23.04%、三碱基占20.90%四碱基以上所占比例较少。以10次重复的序列数最多,占26.82%。2.基于怀山药转录组的SSR分子标记的开发从转录组数据中随机筛选出100对SSR引物,对20个山药品种进行多...

【文章页数】：76 页

【学位级别】：硕士

【文章目录】：
摘要
ABSTRACT
缩略语表(Abbreviation)
1 前言
    1.1 山药简介及研究概况
    1.2 转录组学
    1.3 DNA分子标记
    1.4 SSR分子标记的开发与应用
        1.4.1 SSR分子标记的开发
        1.4.2 SSR分子标记的应用
    1.5 DNA分子标记在山药应用中的研究进展
    1.6 本研究的内容、目的和意义
2 材料与方法
    2.1 试验材料
        2.1.1 植物材料
        2.1.2 引物合成
        2.1.3 主要试剂及药品
        2.1.4 主要仪器设备
        2.1.5 主要试剂配制
    2.2 试验方法
        2.2.1 怀山药叶片基因组DNA的提取及检测
        2.2.2 怀山药转录组SSR序列
        2.2.3 怀山药的SSR序列扩增
        2.2.4 非变形聚丙烯酰胺凝胶电泳
        2.2.5 SSR引物的应用
    2.3 数据统计分析
        2.3.1 数据的采集
        2.3.2 数据软件的分析
3 结果与分析
    3.1 怀山药转录组测序的SSR序列的生物信息学分析
        3.1.1 怀山药转录组序列中SSR重复单元的分布
        3.1.2 怀山药转录组序列中SSR基元类型重复次数分布
    3.2 怀山药转录组SSR分子标记的筛选、应用及分析
        3.2.1 怀山药转录组SSR引物的筛选
        3.2.2 怀山药SSR分子标记的应用
        3.2.3 不同山药品种的聚类分析
        3.2.4 不同山药品种的遗传多样性分析
4 讨论
    4.1 基于转录组测序的SSR分子标记的开发
    4.2 怀山药SSR分布特点
    4.3 不同DNA分子标记对山药品种聚类分析比较
    4.4 基于SSR分子标记的山药遗传多样性分析
5 结论
参考文献
致谢
攻读硕士学位期间发表论文及参加的项目



本文编号：3756248