基于高通量测序精细定位水稻斑点叶基因Spl34(t)
发布时间：2023-04-08 00:34
水稻斑点叶突变体是一类特殊的遗传材料,对探究水稻细胞程序性死亡、过敏性反应及抗病调控机理等具有重要意义。水稻斑点叶突变体Spl34(Spotted leaf 34)是从两个正常绿叶材料粤晶丝苗2号和H4的F2群体中获得的自然突变体。前人已对突变体Spl34进行了遗传分析和基因初步定位,表明Spl34斑点叶表型受一个显性基因Spl34(t)调控,利用F2(02428/Spl34)群体将其初步定位于第11号染色体19.84-22.48Mb区间。在此基础上,本研究进一步对突变体Spl34的农艺性状和理化指标进行鉴定,并利用SSR/InDel标记及高通量测序对斑点叶基因进行精细定位,同时对定位区间的序列进行比较研究。所取得的主要结果如下:1、突变体Spl34主要农艺及品质性状未受到斑点性状的不利影响。以F8代Spl34单株分离的无斑点植株为对照(CK),田间表型调查发现Spl34与CK相比未出现早衰现象,两者农艺性状没有明显差异。稻米品质分析发现,突变体Spl34和CK的整精米率在0.01水平上差异显著,其他指标没有显著差异。种...
【文章页数】：71 页
【学位级别】：硕士
【文章目录】：
摘要
abstract
英文缩写词与英汉对照表
1 前言
1.1 水稻斑点叶的研究进展
1.1.1 水稻斑点叶突变体的来源
1.1.2 水稻斑点叶突变体的一般表型
1.1.3 水稻斑点叶突变体抗病性机理
1.1.4 水稻斑点叶突变体基因功能研究
1.2 基于基因组少量分子标记的基因定位
1.2.1 基因定位的原理
1.2.2 基于基因组少量DNA分子标记的基因定位
1.3 基于高通量测序的基因定位
1.3.1 Sanger测序技术
1.3.2 NGS测序技术
1.3.3 单分子测序技术
1.3.4 基于BSA-seq法基因定位
1.4 本研究的目的意义
2 材料与方法
2.1 供试材料
2.2 技术路线
2.3 试验方法
2.3.1 突变体Spl34田间表型及农艺性状
2.3.2 突变体Spl34对紫外光的反应
2.3.3 突变体Spl34的SPAD和可溶性蛋白测定
2.3.4 突变体Spl34光合速率测定
2.3.5 突变体Spl34中H2O2和O2
-的检测
2.3.6 遗传分析及定位群体的构建
2.3.7 基于SSR/InDel标记的基因定位方法
2.3.8 基于BSA-seq法的基因定位
2.3.9 突变体Spl34的单分子测序及数据分析
3 结果与分析
3.1 突变体Spl34农艺及品质性状的鉴定
3.2 突变体Spl34的生理生化指标
3.2.1 突变体Spl34对紫外光的反应
3.2.2 SPAD(代表叶绿素程度)测定
3.2.3 可溶性蛋白测定
3.2.4 光合速率测定
3.2.5 H2O2和O2
-的检测
3.3 基于SSR/InDel标记的基因定位
3.3.1 遗传分析及定位群体的构建
3.3.2 基于SSR/InDel的斑点叶基因Spl34(t)精细定位
3.3.3 定位区间候选基因分析
3.4 基于高通量测序进行BSA-seq的基因定位
3.4.1 混合池测序数据统计
3.4.2 比对到日本晴的关联分析
3.4.3 基于单分子测序从头组装序列的关联分析
3.4.4 定位区间内序列比较分析
4 讨论与结论
4.1 讨论
4.1.1 水稻斑点叶突变体的相关研究
4.1.2 斑点叶突变对水稻农艺性状的影响
4.1.3 基于测序的基因定位
4.1.4 基于SSR/InDel和BSA-seq的Spl34(t)的定位比较
4.2 结论
4.2.1 突变体Spl34的农艺性状鉴定
4.2.2 突变体Spl34生化指标鉴定
4.2.3 基于SSR/InDel的定位结果
4.2.4 基于测序比对到日本晴的定位结果
4.2.5 基于单分子测序进行从头组装的精细定位研究
4.3 后续研究设想
致谢
参考文献
附录A：相关试剂的配制方法
附录B：相关InDelDel标记序列
附录C：相关SSR标记序列
附录D：研究图片
本文编号：3785643
【文章页数】：71 页
【学位级别】：硕士
【文章目录】：
摘要
abstract
英文缩写词与英汉对照表
1 前言
1.1 水稻斑点叶的研究进展
1.1.1 水稻斑点叶突变体的来源
1.1.2 水稻斑点叶突变体的一般表型
1.1.3 水稻斑点叶突变体抗病性机理
1.1.4 水稻斑点叶突变体基因功能研究
1.2 基于基因组少量分子标记的基因定位
1.2.1 基因定位的原理
1.2.2 基于基因组少量DNA分子标记的基因定位
1.3 基于高通量测序的基因定位
1.3.1 Sanger测序技术
1.3.2 NGS测序技术
1.3.3 单分子测序技术
1.3.4 基于BSA-seq法基因定位
1.4 本研究的目的意义
2 材料与方法
2.1 供试材料
2.2 技术路线
2.3 试验方法
2.3.1 突变体Spl34田间表型及农艺性状
2.3.2 突变体Spl34对紫外光的反应
2.3.3 突变体Spl34的SPAD和可溶性蛋白测定
2.3.4 突变体Spl34光合速率测定
2.3.5 突变体Spl34中H2O2和O2
-的检测
2.3.6 遗传分析及定位群体的构建
2.3.7 基于SSR/InDel标记的基因定位方法
2.3.8 基于BSA-seq法的基因定位
2.3.9 突变体Spl34的单分子测序及数据分析
3 结果与分析
3.1 突变体Spl34农艺及品质性状的鉴定
3.2 突变体Spl34的生理生化指标
3.2.1 突变体Spl34对紫外光的反应
3.2.2 SPAD(代表叶绿素程度)测定
3.2.3 可溶性蛋白测定
3.2.4 光合速率测定
3.2.5 H2O2和O2
-的检测
3.3 基于SSR/InDel标记的基因定位
3.3.1 遗传分析及定位群体的构建
3.3.2 基于SSR/InDel的斑点叶基因Spl34(t)精细定位
3.3.3 定位区间候选基因分析
3.4 基于高通量测序进行BSA-seq的基因定位
3.4.1 混合池测序数据统计
3.4.2 比对到日本晴的关联分析
3.4.3 基于单分子测序从头组装序列的关联分析
3.4.4 定位区间内序列比较分析
4 讨论与结论
4.1 讨论
4.1.1 水稻斑点叶突变体的相关研究
4.1.2 斑点叶突变对水稻农艺性状的影响
4.1.3 基于测序的基因定位
4.1.4 基于SSR/InDel和BSA-seq的Spl34(t)的定位比较
4.2 结论
4.2.1 突变体Spl34的农艺性状鉴定
4.2.2 突变体Spl34生化指标鉴定
4.2.3 基于SSR/InDel的定位结果
4.2.4 基于测序比对到日本晴的定位结果
4.2.5 基于单分子测序进行从头组装的精细定位研究
4.3 后续研究设想
致谢
参考文献
附录A：相关试剂的配制方法
附录B：相关InDelDel标记序列
附录C：相关SSR标记序列
附录D：研究图片
本文编号：3785643
本文链接：https://www.wllwen.com/nykjlw/nzwlw/3785643.html
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