基于RNA-seq测序技术糜子转录组分析以及糜子叶绿体基因组密码子使用模式分析

发布时间：2023-04-09 01:42

　　糜子(Panicum miliaceum L.),也称为黍、稷,是最古老的和首批被驯化作物之一,主要分布在亚洲和欧洲的半干旱地区。作为短日照C4作物,糜子具有很多优异农艺性状,比如高产,生长季比较短,需水量低,适合在各种土壤上生长,尤其是在贫瘠的沙壤土上,因此能够很好地适应比较极端环境。RNA-seq主要是基于NGS(Next generation sequencing)技术,可以高质量、高数量地普查所有转录元件(如转录组),包括mRNAs,小RNAs(small RNAs)和其他非编码RNAs(non-coding RNAs)。其转录组数据普查结果为不同生理状态下的器官、组织或者是细胞基因表达模式和调节原件等情况及时作出描述,这对进一步了解生物发展和病害发生过程十分重要。密码子使用偏好性(CUB)是由于同义密码子在机体内外的使用频率存在差异,其是生物体重要的进化特征,对研究物种进化、基因功能及其外源基因表达具有重要意义。本研究将提取的Yumi 2和Yumi 3 RNA样品进行RNA-seq测序,对数据进行过滤、分析,对部分候选差异表达基因还进行RT-PCR验证。与此同时,还利用Mob...

【文章页数】：68 页

【学位级别】：硕士

【文章目录】：
摘要
Abstract
第一章 文献综述
    1.1 糜子概述
        1.1.1 糜子栽培历史及其分布
        1.1.2 糜子糯性以及丰富营养含量
        1.1.3 糜子遗传多样性研究
        1.1.4 糜子抗逆性研究进展
    1.2 转录组研究进展
        1.2.1 研究转录组基因方法
        1.2.2 RNA-seq基本原理及其优势
        1.2.3 RNA-seq测序平台
        1.2.4 RNA-Seq主要用途
        1.2.5 RNA-seq生物信息学分析过程（无参考基因组）
        1.2.6 RNA-Seq面临的挑战与展望
        1.2.7 研究意义和目的
    1.3 叶绿体基因组密码子使用偏好型研究
        1.3.1 密码子偏好性概述
        1.3.2 密码子偏好性理论基础
        1.3.3 研究密码子偏好性的参数
        1.3.4 研究意义
第二章 基于RNA-seq测序的糜子转录组学研究
    2.1 实验材料和方法
        2.1.1 实验材料准备
        2.1.2 组织样品总RNA提取
        2.1.3 文库构建及Illumina测序
        2.1.4 序列数据分析及从头组装
        2.1.5 功能注释
        2.1.6 SSRs和SNPs标记筛选
        2.1.7 差异表达基因注释及分析
        2.1.8 qRT-PCR分析
    2.2 结果
        2.2.1 转录组数据测序和组装
        2.2.2 糜子转录组注释和功能特征
        2.2.3 SSRs和SNPs位点鉴定
        2.2.4 差异表达基因鉴定与发现(DEGs)
        2.2.5 差异表达基因qRT-PCR验证
    2.3 讨论
第三章 糜子叶绿体基因组密码子使用偏好性分析
    3.1 实验材料和方法
        3.1.1 编码序列的获得
        3.1.2 密码子使用偏好性参数
        3.1.3 统计分析工具
    3.2 结果
        3.2.1 糜子叶绿体基因核苷酸含量分布
        3.2.2 糜子叶绿体基因组相对同义密码子使用度分析
        3.2.3 基于ENC值密码子偏好性分析
        3.2.4 PR2绘图分析
        3.2.5 对应性分析
        3.2.6 最优密码子
    3.3 讨论
第四章 结论与展望
参考文献
附录
致谢
作者简介



本文编号：3786836