谷子TCP转录因子家族成员鉴定与生物信息学分析

发布时间：2023-05-12 23:39

　　【目的】鉴定谷子TCP转录因子家族成员,并进行生物信息学及组织表达特性分析,为探究谷子TCP转录因子在植物生长发育、激素信号途径和生物胁迫中的生物学功能提供理论依据。【方法】通过HMMER构建隐马尔可夫模型,在谷子蛋白数据库中搜索含有TCP特征性结构域的TCP蛋白,对其理化性质、保守基序和系统发育进化进行分析,并对其基因结构、启动子顺式作用元件及组织表达特性进行分析。【结果】从谷子蛋白数据库中共鉴定出23个TCP转录因子(编号SiTCP1～SiTCP23),氨基酸数量为95～451个,分子量为9743.9～46502.6 Da,理论等电点(pI)为4.2682～11.8710,其编码基因在9条染色体上呈不均匀方式分布。23个谷子TCP蛋白被分为3个亚族,其中Group Ⅰ和Group Ⅲ中各有10个TCP蛋白,Group Ⅱ有3个TCP蛋白。谷子TCP蛋白保守基序的组成存在一定差异,但亲缘关系较近的蛋白具有相同的保守基序,部分谷子TCP蛋白含有特殊的基序;除SiTCP5、SiTCP20、SiTCP18和SiTCP22外,其余TCP蛋白均含有保守Motif 1和Motif 2。除SiTC...

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【文章目录】：
0 引言
1 材料与方法
    1.1 试验材料
    1.2 谷子TCP转录因子家族成员鉴定
    1.3 谷子TCP基因染色体定位及基因结构分析
    1.4 谷子TCP蛋白保守基序分析
    1.5 谷子TCP蛋白系统发育进化分析
    1.6 谷子TCP基因组织表达特性分析
    1.7 谷子TCP基因启动子顺式作用元件分析
2 结果与分析
    2.1 谷子TCP转录因子家族成员鉴定与染色体定位分析结果
    2.2 谷子TCP转录因子的系统发育进化分析结果
    2.3 谷子TCP蛋白保守基序分析结果
    2.4 谷子TCP基因结构分析结果
    2.5 谷子TCP基因启动子顺式作用元件分析结果
    2.6 谷子TCP基因的组织特异性表达分析结果
3 讨论
4 结论



本文编号：3814861