利用WGCNA鉴定玉米株高和穗位高基因共表达模块

发布时间：2023-11-05 09:54

　　株高和穗位高是玉米株型的重要影响因子,与产量性状紧密相关。加权基因共表达网络分析(weightedgene co-expression network analysis, WGCNA)是探索基因网络与特定性状间关联关系的重要方法,为株高和穗位高相关基因的挖掘提供新途径。本研究利用郑58、掖478、昌7-2和黄早四及其组配的杂交种郑单958、安玉5号、郑58/黄早四和掖478/黄早四,结合其在45,000株hm^–2和67,500株hm^–2条件下的转录组数据,采用WGCNA构建了2种密度条件下的共表达网络,分别得到24个和21个共表达模块,并鉴定到与株高和穗位高显著且高度相关(相关系数的绝对值>0.50)的共表达模块15个,其中两性状相同的模块共6个。基因功能富集分析结果表明,株高和穗位高共表达模块主要参与生长发育、光合作用、响应光刺激、植物激素、碳水化合物合成/代谢等重要活动。根据模块内基因的连接度,发现乙烯响应因子EREB14、硫胺素酶TENA2、磷酸甘油酸激酶PGK、谷胱甘肽转移酶GST2和琥珀酸脱氢酶SUDH7等是模块内的核心基因。...

【文章页数】：10 页

【文章目录】：
1 材料与方法
    1.1 材料和转录组测序数据
    1.2 加权基因共表达网络分析
    1.3 株高和穗位高显著关联模块的鉴定和基因功能分析
2 结果与分析
    2.1 两种密度条件下8个材料株高和穗位高的表现
    2.2 基因共表达网络的构建
    2.3 株高和穗位显著相关的共表达模块及其功能注释
    2.4 显著共表达模块的核心基因和已报道株高基因的基因网络
3 讨论
4 结论



本文编号：3860798